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（一）审计范围存在一定的局限性。从现有财政体制来讲，地方预算收入主要由国家税务局、地方税务局、财政局组织完成。国税部门负责征收的增值税25%部分，是地方税收收入的主体，在地方预算收入中占有举足轻重的地位。然而，基层国家税务局不属于基层审计机关的审计对象，因此无权对其实施审计监督。有管辖权的国家审计署受各种因素的制约，基层国家税务局长期没有进行审计，造成了上级审计机关无法审计，基层审计机关无权审计的状况。这一矛盾，致使基层预算执行审计不同程度地存在审计结果不完整、不真实的问题。
（二）审计手段和方法相对落后。目前，预算执行审计所涉及的审计对象，信息化建设都处在较高水平，而基层审计机关信息化建设都处在较低水平。同时，预算执行审计领域还未开发出通用的审计软件，无法与财政、税务、国库等部门计算机系统联网，从而影响了预算执行审计的效率。
（三）审计执法力度未完全到位。由于受现行体制、机制等各种因素的影响，基层审计机关大都不能正确履行审计监督职责，存在审计执法不能完全到位的情况。审计处理大多是采取大事化小，小事化了的办法，避重就轻，形成的审计报告大都是点到为止，不痛不痒，尤其是影响到本级政府或政府部门利益的重大问题，很难如实反映到同级人大常委会。即使处罚也只是象征性的，在客观上起到了庇护纵容的作用，致使有些单位违纪违法问题屡禁不止，屡查屡犯。
（一）现行审计体制的弊端制约预算执行审计的执法力度。目前，我国地方各级审计机关实行由本级人民政府和上级审计机关双重领导的体制，审计机关的人、财、物都掌握在政府手中。财政预算虽然是财政部门负责编制和组织实施，但重大事项是经过政府研究决定的。所以，审计预算执行情况，实际上是在审计政府。因此，审计的独立性必然受到影响。同时，审计预算执行情况必然对财政部门进行审计，但审计机关的审计经费由财政部门安排和拨付，这种相互制约的关系影响了审计的执法力度。
（二）审计法律法规滞后制约预算执行审计职能的发挥。一是预算执行审计立法滞后。随着各项财政改革措施的陆续出台，1995年1月颁布施行的《预算法》，部分内容已经过时，包括与预算执行审计有关的规定，亟待修改。二是预算执行审计处罚规定滞后。《财政违法行为处罚处分条例》已颁布施行6年，但至今没有出台实施细则，对财政违法行为进行处罚不具有可操作性。三是预算执行审计规范化建设滞后。目前与预算执行审计有关的审计准则、评价指标体系、审计工作规程等尚未建立健全。
（三）审计人员素质和结构不合理制约预算执行审计的成效。不少审计人员难以摆脱传统的思维定势，预算执行审计仍然侧重于真实性、合法性审计，效益性审计的理念尚未贯穿到审计的全过程。同时，人员的知识储备明显不足，难以满足预算执行审计的需要。此外，审计人员结构也不尽如人意。行政管理人员多，专业审计人员少；年龄偏大者多，年轻人少；业务单一型人员多，开拓复合型人才少。加上受编制的限制，高素质的人才进不来，不适合干审计的又出不去。
（一）改革现行审计体制，扩大基层审计机关的审计范围。为确保审计执法的独立性，必须研究改革现行审计体制。建议审计署将基层国家税务局的审计权限授权或下放给基层审计机关审计。为进一步提高预算执行审计的控制力和执行力，建议修改和完善有关预算管理的法律、法规，将审计切入点前移，对预算编制、部门决算实行审计审签制度。
（二）加大审计执法力度，有效发挥预算执行审计的作用。力求做到有章可循，有法可依。对于预算执行审计中查出的问题，要在实事求是、客观公正的原则下，真正做到有法必依，执法必严，违法必究。
（三）创新审计技术方法，不断提高预算执行审计的效率。要充分利用现代化信息手段，尝试将审计机关的计算机网络与财政、税务、国库等部门的计算机网络联网，从单一现场审计转变为现场审计与远程审计相结合，变事后审计为适时监控，提高审计效率。同时，要以数字化为基础，积极推进计算机审计，总结推广先进的审计技术方法，进一步探索和完善信息化环境下的审计方式。认真研究以网络为基础的计算机辅助审计手段，积极开发预算执行审计的实用软件，全面推行计算机辅助审计。
（四）加强审计队伍建设，尽快提高审计监督人员的素质。要采取多渠道、分层次、全方位的方式开展业务技能培训，引导审计人员掌握新知识、新技术，提高驾驭现代审计手段的能力。基层审计机关应把好人才引进关，按照公开、公平、择优的原则，严格人员的招录聘用程序，真正引进一批高素质、复合型的审计人才，充实基层审计队伍。