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我国证券市场始于1981年的国库券的重新发行。1991年、1992年深市和沪市的建立，使证券市场日益活跃起来。证券市场上的经济活动必然产生经济利益，而经济利益必然包含有一定量的税收。其时我国税收立法滞后，没有任何一个现存的税种能够覆盖这项税源，鉴于印花税于1988年恢复征收，90年代初成为一个日益成熟的税种，国家税务总局授权上海、深圳二市对股权转让书据征收印花税。
很明显，印花税在证券市场上是一个临时性的税种，它是对经济活动和经济交往中的书立、领受的凭证征收的一种行为税，因由纳税人自行粘贴印花税票完税而得名。虽然目前的汇贴纳税方法不须粘贴印花，由税务机关在凭证上加注完税标记代替贴花，但应税凭证是真实存在的。随着科学技术的发展和电子计算机的普遍运用，证券交易早已实现了无纸化操作，所谓的股权转让书据只是电脑中的一笔记录，若继续对此课征印花税，难免令人费解。1994年税制改革提出将证券交易印花税改为证券交易税，鉴于当时条件不够成熟，《工商税制改革方案》做出"缓一步出台"的决定。随着证券市场的日益发展，证券税制需要进一步深化和完善，证券交易税的正式实施显得越来越迫切。然而，是简单的税种名称的改变，还是吻合经济发展作一个大的调整和完善？笔者认为，在证券交易税拟议出台的过程中，有一些问题需要认真考虑。
一、证券交易税的性质界定
我们通常将我国目前的税种划分为五大税类：流转税、所得税、财产税、资源税和行为税。印花税一直是划入行为税的一个税种，如果以证券交易税取代印花税，是维持原来印花税的性质抑或是改变它的性质？虽然是一个理论上的问题，却毫无疑问地将会影响到一个税种的税制设计。
有人认为，有价证券是一种特殊的商品，证券交易即是这种特殊商品的流转过程，因此证券交易税应归入流转税类。但是这里存在几个问题，首先，流转税应该可以选择在商品的生产、销售、消费环节中的一个或多个环节课征。有价证券似乎不存在明显的生产环节，从其诞生便进入了流通领域；鉴于有价证券自身内在的流动性，买卖互为前提与目的，也不存在消费环节，可见证券交易税并不能够象普通的流转税那样有多个课税环节的选择。其次，目前流转税各税种中具有中性特征的增值税最科学最合理，已成为理论界的共识，1994年的税制改革，扩大了增值税的课税范围，以后的发展趋势是将取消营业税，使增值税覆盖整个流转税的课税领域。如果要吻合这个发展趋势，作为流转税的证券交易税将对证券买卖过程中的增值额课税，这岂不是介入了资本利得税的课税范围？基于以上两点原因，继续维持证券交易税的行为税性质似乎是更为合理。
二、证券交易税的纳税人和税负的确定
从广义的观点看证券交易，一级市场的证券发行、投资者的认购均应属于证券交易行为。目前的印花税对一级市场的投资者不课税，仅对发行金融证券的银行及非银行金融机构和发行股票的企业所取得的收入按"营业账簿"税目以0.5‰的税率课税；对二级市场的买卖双方，分别按4‰的税率课税。可见，在不同市场上从事投资活动的投资者的税收负担明显不同。而滞留于一级市场上申购新股的投资者往往拥有巨额资金，以保证较高的中签率，资金薄弱的中小投资者只能在二级市场赚取股票的买卖差价，可见"马太效应"在证券市场上表现得特别突出。
在二级市场，买卖双方除了要缴纳印花税外，还要缴纳两笔费用：一是1000股一元的过户费；二是按交易金额交纳的手续费，沪市为3.5‰，深市为3‰。如果是异地交易，需交纳5元的异地委托费。有人计算，每作一笔交易，买卖单方平均须缴纳税及费达8.5‰。而在其他国家，譬如日本，对证券交易课税，总体税负是8‰；英国0.5‰；澳大利亚3‰；香港6‰（交易双方平摊）；另一些发达国家，美国、德国、荷兰等甚至对证券交易行为免税。由此认为，我国证券交易行为承担的税负过重，需要调整。然而，笔者以为单纯比较证券交易印花税或证券交易税的税负轻重是没有意义的。因为很多证券市场成熟的国家拥有完善的资本利得税，在一定程度上能够弥补印花税的不足。另外，为防止资本外逃，同时鼓励资本市场的流动性，这些国家对证券交易行为普遍实行轻税的政策是可以理解的。而我国的证券税制还很不完善，对于广大个人投资者并没有开征资本利得税。由于资本管制，投资者难以投资国外金融资产，所以我们不必担心资本外流。同时我国证券市场尚处于发展初期，投资者的投机心理较重，1997年沪市的年换手率达426％，深市的年换手率达490％，远远高于西方国家成熟证券市场的10——20％的年换手率。可见相对较高的税收负担并没有在很大程度上影响投资者的交易行为，广大投资者对买卖差价的关注程度远远超过了对税负水平的关注。1997年5月，证券交易印花税税率从3‰提高到5‰反而导致股指上扬，从一个侧面证明了我国相对较高的证券交易税税率对证券市场的负面影响其实并不大。
当然，考虑到今后证券交易利得税的开征以及中国投资者心态的逐步成熟，我们也可以在开征证券交易税的同时在一定程度上降低其税负水平。一个可供选择的办法是，维持卖方的税率不变，而对买方实行零税率。作为行为税，证券交易税对买卖双方课征是理所当然的。买方依然是证券交易税的纳税人，对其实行零税率，一是为了降低证券交易的总体税收负担，为今后税制完善奠定好基础；二是希望在鼓励投资者投资于有价证券的同时，在一定程度上抑制卖方的行为，使股指上扬，以推动证券市场的发展；而且在证券市场上，投资者既是买方又是卖方，一次交易行为只对一方课税也避免了课税的重复。同时，对一级市场的新股认购者也应按其交易额的4‰课征交易税，既保证一级市场、二级市场投资者之间的公平，又使二级市场由于买方实行零税率而造成的税收流失得以弥补。
三、证券交易税的课征范围
90年代初，证券市场上的主要交易对象是股票，证券品种非常单一，所以目前的印花税仅对沪、深两地交易所上市的A股、B股交易课征，对其他交易品种如债券、基金等交易则不征税。然而我国的证券市场经过20多年的迅速发展，不仅规模上今非昔比，交易品种也日益丰富，截止到1999年，仅基金一项就拥有8000多亿元的市值，加上国债券、金融债券和企业债券，交易额接近整个证券市场交易额的50％。随着证券市场交易品种的完备，印花税覆盖面狭小的缺陷明显地暴露出来。新开征的证券交易税应尽可能地将所有的有价证券的交易纳入其课税范围。为发挥税收的规范和引导功能，可以对不同的证券品种施以不同的税率，对政府需要鼓励和扶持的（譬如国债）设定较低的税率；对投机性强、获利大的（譬如股票）设定较高的税率，以促使中国证券市场结构趋向合理。
这里有一点需要明确：对于不同持有期的证券，需不需要以不同的税率予以调节？鉴于我国证券市场的高换手率，有人建议对持有期短的有价证券交易行为课以重税以抑制投机。对于这一观点，笔者不敢苟同。首先，证券市场的投机行为是一种正常现象，即使在西方国家成熟的证券市场上，投机活动依然猖獗。诚然，我国证券市场投机现象过于严重，但这并不完全是我国证券市场本身发展不成熟所致，投资者心理不成熟，上市公司质量不高，会计报表失真等也不能不说是导致跟风炒作的重要原因。这些问题并不是仅仅通过一个高的交易税税率就可以解决的，而且我们也不能赋予税收制度以如此重大的责任去解决经济生活中的种种问题。另外投资者可能在不同的时间买进同种债券，在转让时如何确定其持有期？是否需要确定一个"先进先出法"、"后进先出法"抑或"加权平均法"？这将使得税制过于复杂，有悖于税制的简化原则。
四、关于证券市场的税种配套问题
从以上对证券市场交易税的分析可知，交易税的调控力度非常有限。例如，面对一级市场投资者的低成本、低风险、高收益和二级市场投资者对买卖差价的过分关注，证券交易税都无能为力。毫无疑问，一个完善的证券税制需要多个税种的协调配合，为维护资本市场的投资公平和促进资源的有效配置，规范证券市场，证券交易利得税的开征是大势所趋。但是在开征以前，要做很多工作，有些细节需要详加策划和考虑。
1.证券交易利得税的确定。正如我们曾经讨论过的有价证券的持有期难以确定，基于同样的原因，卖出证券的购入成本也难以确定。当然可以设定不同的方法，然而对于尚不成熟的中国证券市场来说计算太复杂，纳税人难以据此编制自己的预算，也就削弱了利得税的调控功能。
2.证券交易的亏损抵补。既然政府通过利得税来分享纳税人的证券交易收益，那么纳税人证券交易过程中的损失，政府也应该分担。证券市场是一个风险很大的市场，损失无法避免，对于资本损失如何弥补，如何设定抵补期限，都是不得不考虑的问题。
3.名义利得和实际利得的区分。随着经济的发展，几乎任何一个国家都不可避免地会遭遇到不同程度的通货膨胀，需要对证券交易利得指数化以抵消通货膨胀的影响，从而保证对证券交易的实际利得课税。
很显然，这些技术操作上的问题，使我国目前开征证券利得税还存在一些困难，只能暂缓征收。可见，我国证券市场的税制建设任重而道远。