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系统初始化工作在实施会计电算化的过程中是尤为关键的一环，是电算化系统有效实施的前提和保障。会计电算化系统初始化相当于手工账下的建账工作，是指企业在预备实施会计电算化系统时，对具体财务软件投入使用前的初始设置。初始化工作涉及的内容较广泛复杂。各单位财务人员在实施过程中应了解会计电算化的特点，注意实施的关键点，避免一些常规错误，高质量的完成系统初始化工作。
1．系统参数的设置
系统参数的设置即建立起符合本单位核算要求的账套信息，如确定账套名称，记账本位币，记账方法，企业核算类型，单位信息，会计期间，账套结账时间等。另外还要做好用户管理工作，也就是操作员管理，包括操作员岗位设置，岗位分工，权限分配和口令设置。
2．会计科目设置
账务系统中广泛应用代码，科目的设置主要是代码的设置。建账时要将收集到的会计科目加入账务系统，建立账务系统的会计科目体系。在电算化账务系统中除了像手工账务一样要使用会计科目外，还要为每一个会计科目加入一个编码。会计科目编码通常用阿拉伯数字编制，采用群码的编码方式即分段组合编码，从左到右分成数段，每一段设有固定的位数表示不同层次的会计科目。如第一段表示总账科目，也就是一级会计科目，第二段表示二级明细科目，第三段表示三级明细科目。第四段表示四级会计科目。如果会计科目编码级次为4-2-2-2则表示一级会计科目（总分类）会计科目编码是四位的，在会计科目编码级次为4-2-2-2的设置下，一级科目编码为四位，二级、三级、四级各两位。在此编码级次下，某家电企业“库存商品”会计科目编码可以设置为“级次1，科目编码1243，科目名称-库存商品”，“级次2，科目编码124301，科目名称-彩电”，“级次3，科目编码12430101，科目名称-液晶”，“级次4，科目编码1243010101，科目名称-32寸”。在设置会计科目时需要注意以下问题：
（1）科目设置要规范。在设定一级科目编码时必须符合财政部门制定的会计制度中的有关规定，设立明细科目编码除会计制度有规定的以外，应该按上级主管部门和本单位的管理要求设定，以保证科目代码的规范系统性和统一性。要保证每一个代码对应于一个会计科目，但如果同名的明细科目分属不同的上级科目，则可以被系统接受而不认为是同名的会计科目。
（2）科目的设置要具有明晰性。在满足管理要求和适应计算机处理的前提下，力求代码简单明了、位数越短越好，既便于记忆又能提高录入凭证的速度。
（3）科目设置要有扩展性。一旦系统初始化完成，新增加科目就局限在一定的范围内进行，只有来年再建新账时，才能得到修补。所以，在科目编码时，至少要考虑到本会计年度内科目编码的扩展性，以免在以后的核算工作中出现科目无法增加的麻烦。
3．数据的设置
完成科目设置后，即可将各科目余额输入系统。账务系统在一月份启用时只需输入上年余额即可，上年余额既是年初余额又是一月份的期初余额。如账务系统在其他月份启用，除需要输入启用月份余额外，还必须输入年初余额和一月到启用账务系统之前各月的累计发生额，这是为会计报表所准备的数据，如不输入累计发生额，由于会计数据缺乏连续性，在以后的查询及报表中如需要全年累计发生额，系统将无法提供正确的数据。严把数据录入关，在机制账中，记账，汇总，试算平衡，对账，编制报表等一系列工作会由计算机根据录入的凭证和设置的公式完成。因此，数据录入和审核是电算系统中的关键环节。建账后要先录入期初余额的发生额，经试算平，确保各账户余额与手工余额相等后方可录入凭证，凭证录入时要特别注意明细科目，借贷方向，数量金额等，信息不得有误，凭证录入后要由专人负责审核。发现错误要督促制单人及时改正，只有审核无误的凭证方可记账。
在实际操作中大部分财务软件都提供了简化操作的方法，即只需输入最底层明细科目的年初余额和累计发生额，期初余额和各上级科目的年初余额、累计发生额、期初余额则由计算机自动汇总。如果设立了辅助核算项目，各辅助核算项目的年初余额和累计发生额也需在初始化时输入。余额输入完成后，计算机能检测余额是否平衡。在确认各项余额输入无误后，即可结束建账，固化余额，避免以后对初始余额的错误修改。及时做好数据备份，一旦系统出现故障丢失数据时可及时恢复，这是电算化中的一项重要工作。
4．凭证类型的设置
在手工账方式下，会计人员可将记账凭证分为收、付、转凭证，来处理经济业务。也可根据单位的实际情况设定凭证类型，比如收支业务较多的单位，还可分为现收、现付、银收、银付和转账五类凭证。业务较少的单位，可以不进行凭证分类，只设置一种通用格式记账凭证。记账凭证分类不是一个必选项目，可以只用一种通用记账凭证格式。省去必要麻烦，不会影响到记账凭证的查询和凭证的输入速度。
5．报表初始化的设置
在商品化的财务软件中通常都预置了通用的标准格式的会计报表，但除通用会计报表外，单位一定还需要其他的一些报表如销售业绩表，股利分配表等，这些报表是无法预置的，需要重新设定。报表通常由表标题、表头、表体、表尾四部分组成，其中表体的设置是关键所在。表体中有两类数据，一类是固定的表项目；另一类是变动的数值性数据。数值性数据须设置取数公式，从账簿、其他报表中取来，随账簿中的数据变化而变化。定义完报表以后还应该注意报表的校验公式的定义，校验报表内部、报表之间的勾稽关系，避免出现错误。