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1.系统控制的重点
(1)系统的开发控制。因为计算机只会按给它编定的程序执行业务与信息处理。为保证开发出来的系统能合法、正确地进行有关业务处理，其功能真正符合企业的需求，系统能有效防止和及时发现错弊行为，就必须在开发过程中采取有效的控制措施，以保证系统开发出来的质量。
(2)系统的维护控制。一个信息处理系统投入使用后一成不变是鲜有的。实际上系统总要根据情况和要求的变化进行优化与改进。系统的维护情况直接关系到系统处理的正确性与合法性。如果不严格控制系统的维护，系统的软件或数据很可能被非法篡改，甚至可能导致整个系统瘫痪，给企业带来不可挽回的损失。
(3)系统的接触和操作控制。信息系统提供的信息正确与否，除了决定于系统的程序外，还决定于输入数据的正确性。系统的电磁信息具有易于被浏览、复制和不留痕迹的被删改的特点，因此应高度重视系统的接触与操作控制，以防系统被非法调用，数据被非法窃取或篡改。
(4)系统的安全性控制。在企业经营管理自动化、网络化的情况下，各项业务由系统处理，信息由系统提供，信息系统的安全将与企业运作休戚相关，所以一定要采取严格的控制，保证系统的安全、可靠。
2.系统控制的技术
(1)内部控制程序化。在计算机信息系统中，相当一部分原来的人工控制已写入相应的应用程序中，成为会计信息系统的一部分，由计算机运行时自动执行，例如，权限密码的检验、控制总数核对、平衡检验、顺序控制、数据合理性检验、操作日志的自动记录等控制措施都已程序化。
(2)控制措施高技术化。建立在英特网(Internet)或企业内部网(Intranet)基础之上的信息系统是一个开放系统，开放性为电子商务的便利提供了条件，也为不法分子窃取企业机密信息、病毒的传播与黑客的攻击提供了可乘之机。在保持系统开放性的同时，要提高系统的安全性，通常要采取多种高技术的控制措施，例如，防火墙技术、对称与非对称加密技术、一次性口令、数字认证、数字签名、回叫机制和网上支付技术等等。
电算化会计信息系统的内部控制可以划分为两大类：一般控制和应用控制。它们都能用来预防、发现、纠正系统所发生的错误、舞弊和故障，使系统能正常运行；是系统提供可靠和及时的信息保证。与手工会计系统相比，电算化会计系统也是计算机应用于会计信息系统所产生的特殊控制。在会计电算化信息系统中引入会计内部控制的意义在于：
1.防范企业的经营风险
2.应对经济全球化条件下来自国外的挑战
3.适应互联网时代发展趋势
1.加强系统内部规章制度的建设
运用电算化进行会计数据处理以后，计算机数据化容易篡改而不容易留痕。完善的职能分割制度、管理制度和授权控制制度都是确保财务系统安全运行的首要条件。对计算机文档的备份维护、防治病毒的侵害都是为了更好的保障计算机系统安全。健全的操作密码才能达到相互制约、合理分工、防治出现意外和相互制约的作用。内部审计人员应当对数据处理系统和数据本身都要给与更多的重视，主要做到以下几个方面：
(1)职责明确。会计人员要检查组织结构、职权和责任的分配与分工情况，其目的在于确定他们的职责分工是否能够提供有力的内部控制，例如，程序与系统开发、计算机操作、输入数据的控制，在可行的情况下应将这些职责分工予以分离。
(2)安全控制。会计人员应该检查是否制订了有关计算机硬件、计算机程序、数据文件、数据传送、输入和输出资料以及人员的安全规定。该项检查除了涉及中央处理站的计算机设备以外，还应包括其他地点的小型机、计算机终端、通讯设施及其他外围设备。
(3)提高内部会计人员的素质。企业应当加大对内部会计人员的素质培训，组织相关人员进行高级程序和网络安全方面的技能培训。内部会计人员的素质在内部控制系统中也是占着非常重要的作用。随着计算机和现代信息技术在会计中的广泛应用，要求内部会计人员的素质也要相应的有所提高，这样才能符合现代会计所需要。如：程序编码控制法、程序追踪法、数据模拟检测法、平行模拟法、整体检测法等方面都需要专业的会计人员。培养一批既懂财会和审计业务又精通计算机应用技术的有经验的复合型专业内部会计人员是非常有意义的。
2.加强人员职能控制
为了不让会计电算化功能与知识相对集中，我们必须制定相关的管理和组织控制规定，明确一些职责分工，不断加强组织控制。所谓组织控制，就是把系统中不相容的职责进行分离，即在系统中的各类人员之间进行分工，并用相应的管理规章与之配套。其目的在于通过设立一种相互稽核、相互监督和相互制约的机制来保障会计信息真实、可靠，减少发生错误和舞弊的可能性。
四、总结
随着社会不断的进步，科学技术不断的发展。我们在高度重视会计电算化人才开发与培养的同时也要相应的提供大量的财力和物力，打造一支高素质、高标准、高水平的会计电算化专业队伍，为了建立比较完善、科学合理、具有可操作性的电算化会计信息系统环境下的内部控制制度提供更多有效的保证。