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随着医院规模的不断扩大，反映经济和业务增长的数据日趋复杂性，以提高经济效益、加强医院财务管理为目的的医院会计电算化和信息论、系统论等新兴理论的出现，要求在财务管理中大大提高财务管理的效率，从而实现会计工作的现代化。会计电算化大大提高了医院会计信息处理的速度和准确性，能够为会计信息的使用者提供及时准确的会计信息。
一、当前医院会计电算化过程中存在的问题
一方面，医院会计人员的知识、理论能够满足手工会计，而会计电算化工作对会计人员提出了更高的要求。两种会计人员均掌握一定的会计专业知识，还需掌握计算机财务软件和相关设备的维护及保养知识运作。积极与复杂的会计知识结构的培训已成为时代的潮流。一般会计人员具有相关的会计业务经验，但缺少计算机专业知识，不能熟练地进行会计电算化操作。另一方面，传统手工模式向现代会计电算化转变过程中，全盘照搬手工会计模式是不够的。突出表现在手工模式下，不能处理会计信息传递过程重复的问题，不能按照计算机处理会计数据信息的特点重新规划业务。在实际工作中，只有两方面结合起来，以最低的成本，重新定义业务流程，以适应计算机处理。
2.医院会计人员缺乏对数据安全性和保密性的认识
目前，医院会计电算化中，安全问题不能保证，一旦遇到软硬件故障或计算机病毒，数据的安全性，可靠性将受到威胁；随着数据存储介质的变化，如果信息没有定期打印存档或随机备份不及时，数据一旦被破坏，损失将无法弥补。另一方面，医院会计人员保密意识淡薄，导致严重损失，主要表现为权力运作不正常，经营管理不严密。口令密码及操作权限设置不当，导致严重事故时有发生。
一方面，由于实行会计电算化时间短，医院相关人员对会计电算化档案的组成内容不甚了解，缺乏管理经验，造成存储会计档案的磁盘和会计资料未能及时归档，而已经归档的内容又不完整。没有及时制定相应的会计电算化档案保管人员职责，从而造成会计档案被人为破坏和自然损坏，甚至单位会计信息泄密。
另一方面，会计数据盘的备份和清理不规范。实行会计电算化后，应及时备份硬盘数据，并且每次备份不少于两套，分两地存放；按时清理磁盘备份，每年至少进行一次清除过期数据。但一些单位对会计数据备份管理未形成制度，随意性大，一旦会计电算化系统出现故障，会计数据将无法恢复。
4.医院电算化系统软硬件更新慢
会计软件的技术水平低，无法满足多用户对会计信息数据的需求。由于初期配备了小型桌面数据库系统，主要用于单用户，无法适应同时使用多用户的访问需求，功能单一，因此，越来越不能满足当前业务下多客户端的日常需求。而且，要更换或进行软件的二次开发以满足某些特殊要求，成本往往过于昂贵，又难以与现行会计制度配套衔接，影响了医院的发展。
会计工作，主要是事后核算和分析、提前控制和预测。会计电算化的应用和发展，可以大大发挥计算机的计算能力，使会计师从繁重的算账、报账工作中解脱出来，但是，当前医院会计电算化中对于财务的管理职能表现并不突出。
二、完善医院会计电算化的对策和建议
医院管理层要充分认识到会计电算化系统在医院管理工作中所发挥的重要作用。会计电算化系统是一项需要长期不断投入和支持的软件工程，必须在搞好顶层设计的基础上，加大资金和技术投入，同时要在符合医院经济运行规律的条件下，有医院管理层的直接参与，全院职工的积极配合和病人的理解，整项工程才能得以顺利进行。
2.积极建章立制，保证会计电算化系统安全可靠地运行
第一，加强操作程序控制。操作规程应明确职责、操作程序和注意事项，并形成一套电算化系统文件。如规定交接班手续和登记运行日志，规定数据备份及机器的使用规范，规定软盘专用以防病毒感染，在系统运行过程中出现硬件故障要及时进行故障分析并做好记录，以及及时维护，保证软件系统的适应性和完善性。电子原始数据必须经不同人员审核和确认，再利用模块自动生成电子记账凭证，自动形成后的电子记账凭证不允许任何人擅自修改。
第二，加强操作人员授权控制。会计软件正式投入使用后，对各类人员制定岗位责任制度，建立健全授权规章。如规定系统开发人员和维护人员不能兼任系统操作员和管理人员，各种工作岗位的操作员须经系统管理员授权，以独立的密码注册登陆，并设定相应的工作权限。信息数据在服务器上自动备份，内部财务信息按权限访问浏览，数据更改受各种牵制，系统管理员不得滥用职权等，实现职权分离，避免失控及舞弊现象发生。
第三，监控、操作分离，实现系统内部的有效制约。网络环境下处理会计信息，在内部可设会计操作与信息监控两个岗位，对每一笔业务同时进行多方备份。当会计人员进行账务处理时，其操作与数据也被同步记录在监控人员的机器上，由监控人员进行即时或定期审查，一旦出现数据不一致，即刻进行深入调查，这就明确了岗位划分，实现了有效制约。
第四，加强系统安全控制。会计信息系统的安全控制，是指采用各种方法保护数据和计算机程序，以防数据泄密、更改或破坏。主要包括：无关人员不得随意进出机房；不准将外来U盘等存储介质带进机房；作好数据备份；数据存储与处理相分离；编程及软件维护人员不得随意接触计算机系统。由于电算化会计的“无纸化”办公，数据修改无痕迹，应完善上机操作日志，防止会计人员滥用职权，造成损失。
首先，根据当前工作的要求，重点解决会计电算化系统与核算系统（如工资核算、住房公积金核算、物资管理和部门核算）的兼容问题，同时，还要针对医院的特点建立一个附属子系统来辅助全局管理。
其次，会计电算化系统的建设必须纳入医院管理信息化建设的统一规划，作为医院管理信息系统的核心部分，在完善满足自身系统的功能要求和安全要求的同时，还要保证与医院其他部门的信息共享和数据交换，力求数据一方输入多方共享，在硬件网络上与其他部门的管理系统共享一个网络平台。只有这样，才能使电算化系统协调有效地运行，提高会计核算质量，为加强医院内部管理控制提供便利条件。
第一，建立严格的会计电算化档案管理制度，及时备份数据。电算化会计档案的管理与保存容易被忽视。由于电算化会计档案是存储在磁性介质或光盘上的，根据这些信息载体的物理特性，在形成这些档案时应备份，并且备份上要注明形成档案时的时间与操作员姓名，存放在不同的地点，以防止地震或火灾等意外情况引起整个会计电算化系统的毁灭与系统的不可恢复。在保存这些档案时应远离磁场，注意防潮、防尘等。对采用磁性介质保存的档案，还应定期进行检查、复制，防止由于磁性介质的损坏而使会计档案丢失，造成无法挽救的损失。应按时清理磁盘备份，每年至少进行一次过期数据清除。除了备份之外，还应收集计算机硬件系统的型号、存储空间的大小、外部设备的配套类型等计算机操作系统信息。
第二，实行必要的内部控制。实行用户权限分级授权管理，建立网络环境下的会计信息岗位责任。建立健全对病毒、电脑黑客的安全防范措施。从电算化软件的设计入手，增加软件本身的限制功能，强化审计线索制，建立进入网络环境的权限制，增强网络安全防范能力。为提高网络会计信息系统的安全防范能力，应采用一些措施，例如，采用防火墙技术、网络防毒、信息加密存储通讯、身份认证、授权等。
第三，加强培训，提高财务人员素质。在运行前会计电算化系统就要对使用该系统的有关人员进行培训，提高对系统的认识和理解，减少系统运行后的差错。外购的商品化软件应要求软件制作公司提供足够的培训时间。系统运行前对有关人员的培训，不应局限于对系统的操作，还应包括系统投入运行后新的内部控制制度、新的凭证流转程序及高质量的会计信息以及进一步利用和分析的前景等。
医院应用会计电算化系统，将大大完善医院的会计工作，使得医院的会计工作从单一的核算功能向更高级、更复杂的分析预测功能转变。这种变化的意义在于提高财务信息的准确性和使用价值，强化会计监督职能，推动医院经济发展，以便更好地为医院管理者的决策服务。