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经济责任审计是指企事单位的法定代表人或经营承包人在任期内或承包期内应负的经济责任的履行情况所进行的审计。经济责任审计的主要目的是分清经济责任人任职期间在本部门、本单位经济活动中应当负有的责任，为组织人事部门和纪检监察机关和其他有关部门考核使用干部或者兑现承包合同等提供参考依据。
一、审计独立性方面的矛盾
审计的独立性是审计工作的灵魂，经济责任审计又对审计独立性有着特定的要求。众所周知，审计的独立性，主要是审计主体的独立性。而审计主体的独立性也是由审计主体在审计关系中的地位来确定的，我们在以往的审计独立性分析中，只从财产所有权与管理权“两权”分离的角度分析审计关系及其审计主体地位。在“两权”分离条件下，财产所有者将自己的资产委托其他有管理能力的人管理，财产管理人接受财产所有人委托后，即承担起了资产受托管理经济责任。财产所有人为了促使承担受托经济责任的财产所有人忠诚、有效地履行其受托责任，委托与财产所有人和财产管理人均无经济利害关系的“第三人”对财产管理人的受托经济责任进行监督。
经济责任审计绝对独立性，要求审计主体的绝对独立。而目前我国经济责任审计相对独立，审计主体与绝对独立的审计要求存在着尖锐矛盾。这种矛盾主体表现在：审计委托关系的混乱，难免会将经济责任审计引向相对独立的歧途。无论是厂长（经理）离任审计，还是承包经营责任审计，在一些地方都是政府审计、社会审计、内部审计一起上，在任期经济责任审计中，人们的思维仍未从传统计划经济的定式中解脱出来。一些地方对企业主要负责人进行经济责任审计，一纸文书，打发给内部审计去审了，实质上这种委托关系的建立缺乏受托经济责任这种客观基础，这种委托是不成立的，有些单位内部审计对企业主要负责人进行经济责任审计，不可能得出公正客观的审计结论。
二、审计委托方式方面的矛盾
审计主体与被审计单位的审计关系建立，必须通过审计报告接受人或审计授权人的委托才能建立起来，由于审计关系建立的方式不同，也就出了“组织性委托”和“制度性委托”之分。所谓组织性委托，是指由企业、事业单位或政府机关以经济组织的身份，采用书面协议或合同的方式，要约审计组织如会计师事务所，根据审计委托的范围和内容进行审计的一种委托方式。在这种委托方式下，经济组织可根据自身的需要，确定审计目的、审计对象范围，确定审计时间，而审计组织必须按照审计协议或审计合同中规定的审计目的、审计对象范围、审计时间，开展审计查证工作，并根据审计取证的不同情况作出相应类型的审计报告。这种审计委托方式主要是社会审计接受委托的方式。
在实际工作中，经济责任审计委托组织化倾向是十分明显的，中共中央办公厅、国务院办公厅下发的关于经济责任审计“两个暂行规定”中，明确指出了经济责任审计由组织人事部门、纪检监察机关向审计机关提出对领导干部进行任期经济责任审计的委托建议，审计机关依法实施审计。目前，在实际操作中，根据“两办”的“两个暂行规定”由组织人事或纪检监察部门进行委托，并出具委托书，审计机关根据委托，开展经济责任审计。在实际工作中，组织人事部门主要工作任务是考核和管理干部，纪检、监察部门主要工作任务是检查干部违法违纪行为，对违法违纪党员干部进行处分，或进行其他组织处理，审计委托方与审计实施方二者工作目标不同，工作性质不同，容易导致审计结果与审计目标偏离。
三、审计覆盖范围确定和划分的矛盾
从政府经济责任审计覆盖范围上看，在我国现行体制下，理论上区分与实践上区分存在着突出矛盾。从企业单位经济责任审计覆盖范围上看对一个企业经济责任审计只包括董事长，在实行现代企业制度改革的国有及国有控股企业，因建立内部制约机制的需要而实行董事长和总经理、决策和经营分离的模式，如果只对董事长进行审计，而不对总经理审计，经济责任审计范围覆盖而显然较小。经济责任审计覆盖范围中所产生的矛盾，将对经济责任审计整体效果有着重要影响。
在经济责任审计中，除了存在审计范围的确定方面的矛盾外，还存在着经济责任区分难的问题。正确区分领导干部在履行职务过程中的个人责任和集体责任，明确其履行经济责任行为的性质，是公正、客观评价领导干部在任期内经济责任履行情况的基础，在领导干部任期责任划分中。一是前任与后任的责任划分难。二是个人责任与集体责任划分难。三是直接责任和间接责任划分难。
四、审计配合机制方面的矛盾
经济责任审计不是独立存在的一项活动，它与审计委派人、被审计人等都有着十分紧密的配合关系，从而形成了一个有机的审计配合机制，但是，在实际工作中这种配合机制并不完善，有些方面矛盾十分突出。经济责任审计配合机制上的矛盾主要表现是：
1.审计主体关系配合的矛盾在实际工作中，审计机关与审计委派人的关系主要是指审计机关与组织人事、纪律检查等部门的关系。在处理这方面的关系上，一些组织人事部门和纪检部门不够严肃。
2.审计查证配合的矛盾经济责任审计查证配合包括被审计单位配合、被审计人本人的配合以及审计机关与其他执法机关的配合。目前，由于对经济责任审计工作宣传的力度不够以及在宣传上的偏向，使人认为经济责任审计就是找问题，被审计单位和被审计人本人无论是否有问题，都不愿积极配合审计工作。