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自20世纪40年代以来，伴随着计算机技术的运用，人类的信息获取和加工能力有了超常的进步，这是知识经济时代的开始。在知识经济时代，知识的价值和作用超过了资本的价值和作用。知识生产力成为经济发展的首要和关键因素。知识经济时代的到来，对全球经济产生了深圳的影响，也带来了审计环境的重大变革，使会计面临一系列的挑战。
1、对审计目标的冲击。当前较为公认的审计目标是对被审计单位会计报表的合法性、公允性及会计处理方法的一贯性发表意见。这一目标主要是为投资者、债权人服务的，是与物质资本占主导地位的工业经济时代相适应的。在知识经济时代，审计的目标不仅要维护投资者和债权人的利益，也要维护相关利益主体的利益和社会利益。因此，审计的目标将不再局限于物质资本要素所有者，而应定位于整个社会。例如对企业人力资源利用状况、顾客对企业的满意度等发表审计意见，为企业管理者提供管理审计意见。
知识经济时代，知识资源的可共享性和可转移性，使企业和社会的联系更加广泛而深入，越来越多的企业将在会计报表中披露其履行社会责任的状况。理所当然的，对社会责任履行状况的审计也必将成为审计的目标之一。
2、对审计假设的冲击。审计假设的研究通常以会计假设为参考。如审计在建立审计对象方面的假设时必须考虑会计主体假设；审计在建立无反证判定假设时，须考虑持续经营假设；审计在建立会计资料判定假设时，应以会计期间假设为依据；审计在建立履行审计职能假设时，应以货币计量假设为依据。在知识经济时代，会计的四大假设都受到了冲击。
（1）会计主体假设。知识经济时代，以知识为基础的信息革命，不仅突破了城域空间对经济交住的限制，更重要的是导致企业组织之间的界限不再像工业经济时代那样清晰。以网络为依托兴起的虚拟公司仅仅是一个抽象的联合体，它最重要的资产只是人力资源和知识产权。虚拟公司外延界定的困难，导致会计主体假定的模糊。
（2）持续经营假设。一方面，虚拟公司的兴起对“持续经营假设”提出了直接的挑战。另一方面，知识经济时代会计主体面临的竞争日趋激烈、风险日益加大，企业随时都有补清算、中止的可能。
（3）会计分期假设。在知识经济时代，信息的充分、及时供应成为决策致胜的关键，会计分期的假设满足不了信息使用者随时利用信息作出及时决策的需要。有人提出，将企业各种原始数据直接在网络上提供，由使用者各取所需，及时利用。如果这样，会计分期假设将毫无意义。
（4）货币计量假设。由不同货币而引发的外币业务和物价变动会计，实质上都是对货币计量假设的冲击。而且，企业经营环境的不确定性与日俱增，使用者对信息相关性的偏好各不相同，因此，披露企业的经营环境，发展潜力及对未来预测的非货币性信息，就显得越来越重要。
1、衍生金融工具的审计。20世纪80年代以后，创新金融工具种类和数量迅速发展，最普遍的创新金融工具被称为“衍生金融工具”。金融工具和不断创新给会计理论和实践提出了许多值得深思的问题，也给审计提出了新的内容和要求。
2、无形资产的审计。知识经济时代，专利权、专有技术、商标、商誉、计算机软件等以知识为基础的无形资产，对经济增长起着决定性的作用。与此相联系，企业资产结构中，无形资产的比重将会大大提高，并且将成为企业价值的重要决定因素，无形资产审计也必将成为审计的主要内容之一。
3、人力资源的审计。知识经济环境下，智力密集型行业如高科技公司、软件公司等将可能率先启动人力资源会计程序。人力资源成本会计和人力资源价值会计，将逐渐成为审计的内容，并且其地位将逐步得到提高。
4、明细信息的审计。知识经济时代，以知识为基础的信息技术不仅能够快速传递大量的信息，而且也为用户提供了直接分析利用这些信息的技术手段。会计部门的主要职责是适时地提供能满足不同用户需要的原始信息。相应的，审计也应由原来侧重对综合信息的审计，转向对明线信息的审计，重点验证企业内部形成的明细信息的真实可靠性以及审核进入外部网络的明细信息的安全性。
5、非财务报表信息的审计。随着审计目标的发展，信息使用者对信息的需求扩大。他们除了需要已鉴证过的基本财务报表信息以外，还需要许多非财务报表信息，越业越多的使用者要求将下列内容列入审计报告信息：某些管理咨询信息或财务报告分析信息；财务预测信息；事关企业未来经营成败的因素；企业在近期所面临的营业或行业风险。
实行会计信息化后，审计将实现“无纸化审计”，审计的技术和方法也将产生重大变革。
一方面，会计数据的存储介质和形式、会计数据的生成和传递方式发生了变化，审计人员将很难甚至根本无法通过肉眼跟踪会计业务的处理，也无法用传统的方法考查会计档案数据的安全性、有效性、完整性和准确性。
另一方面，企业内部控制的重点由会计人员和会计业务部门转移到电子数据处理部门，财会人员对交易的直接监督减弱了，原来的内部控制体系难以适应这一变化。计算机数据处理的集中性、连贯性，使大部分职权分割的控制作用近于消失，数据库存储主体的改变及其共享程度的提高，又使会计中的账簿控制体系失去了作用。现行的制度基础审计把重点放在企业的内部控制制度上，审计人员根据符合性测试的结果来决定其执行的实质性测试的水平。在知识经济时代，即使完善的内部控制难以确保企业的竞争优势。在这种条件下，用经符合测试得出的控制风险极低的结论来决定实质性测试的范围、重点，必将加大审计风险，降低审计效率。
此外，对预测信息的审计、衍生金融工具的审计等，因其不确性因素的增加必将加大审计风险。因此，必须充分研究审计的固有风险、控制风险和检查风险，实行风险审计，以求降低审计风险，提高审计效率。