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行政事业审计作为财政审计工作的一部分，与其他类型审计内容和重点虽然有许多共同点，但由于行政事业单位多是“公权”单位和管理单位收支有其独自特点，对其审计同其他类型审计也存在诸多差异。笔者通过近几年来的学习、实践和总结，认为目前行政事业审计的内容和重点是行政事业单位的预算和决算、票据、费和罚、账户、资产五个方面。
一、预算和决算，即审计行政事业单位财政预算编制的科学性、合理性；财政预算拨款的真实性、及时性，财政决算的真实性。每年年末，各行政事业单位都要按照财政部门的要求编制下一年度的财政收支预算和本年度财政决算。为此，依据各级人大批复预算主要审计预算编制的预算收入、预算外收入、其他收入是否可行、完整，预算支出、预算外支出、其他支出是否真实、夸大，既要保证行政事业单位正常运行所需经费，又要在不同部门、同行业之间统筹兼顾，发挥财政资金的最大效益，不致于造成财政资金的浪费；审计预算内外支出看财政决算的真实性，分析财政预算与财政决算差额原因。预算拨款的及时性、真实性。主要审核财政部门是否按照人大批准的预算，分级分批拨付财政资金，滞拨、停拨的原因，追加预算的必要性和科学性，既要防止“会哭的孩子有奶吃”跑钱、要钱给钱的现象，又要防止“不哭的孩子无奶吃”不跑不要不给的现象。
二、票据，即审计行政事业单位行政性、事业性收费和罚没收入、罚没物品使用的票据真实性、合理性、合法性。一是在审计时主要审阅行政事业单位行政性、事业性收费和罚没收入、罚没物品使用的票据的真实性，是否有中央或省级财政部门印（监）制的公章和同级财政部门加盖的公章，重点审计有无白条或自制收据收费和罚没的行为，有无收费和罚没不给合法票据的行为。二是审计行政事业单位从财政部门领用票据的收、发、存数量和号码是否相互吻合：审计票据收、发、存内部控制制度是否健全并有效实施，包括领用和注销情况，重点审阅领票未登记、用票未注销、单位之间相互借用票据等违纪违规现象；审核统一事项票据不同联之间金额是否一致，有无大头小尾现象，审阅票据所记载基本内容是否完全、清晰，是否合乎逻辑；核对票据收、发、存票据号码是否一致，复算单位时间内（天 月 年）票据金额及合计是否与持有现金、缴存银行数额相符，有无执收执罚个人和单位只领票据不缴款、少缴款、长期占压、挪用挤占行政性、事业性收费和罚没收入、罚没物品的行为。
三、费和罚，即审计行政事业单位行政性收费、事业性收费、罚没收入、罚没物品、费用支出的合法性和真实性。行政事业单位多具有执收执罚职能的单位，加强对行政性收费、事业性收费、罚没收入、罚没物品、费用支出的审计主要抓好以下几个环节：一是征收和罚没环节。征收，主要审阅行政事业单位是否凭价格主管部门颁发的《收费许可证》收费，收费内容是否与《收费许可证》所载内容一致。审计罚没收入，主要审阅执法主体是否具有执法资格，执罚主体是否按照法律、法规和规章规定依法进行，涉及处罚的自由裁量是否恰当，重点审计不该收而收、不该罚而罚、变相收、罚等违纪违规行为。审计罚没物品，主要审核罚没物品查扣、保管、变卖是否符合法律、法规和规章的规定，查扣、没收物品是否依法进行，没收物品是否妥善保管，登记造册，有无乱堆、乱放、乱拿、乱用的行为。二是缴存环节。审计行政事业单位是否存在收而不缴财政专户、罚而不缴财政预算的行为；是否存在未经许可设立征收和罚没过渡户的行为；是否存在坐支、挪用、私设“小金库”和账外账的行为。费用支出主要审计其真实性、合法性：审阅费用支出的单据内容是否详实、清晰，是否合乎逻辑，必要时可对费用支出（采购）对象进行实地盘点；审阅批准手续是否合规；审核有无开而不支、移花接木、少支多开等违纪违规行为。
四、账户，即账户设置，审计银行账户设置的合规性。审计行政事业单位是否存在未经财政部门许可私自设立过渡户的行为，经批准未取消的账户的款项是否及时全额缴入财政规定账户，有无收而不缴、私存个人名下的行为；有无从财政部门大额支取周转金进行周转的行为；有无将财政性资金滞留在下属单位坐支、挪用等违纪违规行为。
五、资产，即审计行政事业单位固定资产核算的完整性、合理性、真实性。审计行政事业单位在实行会计中心集中核算时是否将资产账簿移交到会计核算中心，实行全面真实核算，会计核算中心与核算对象每年是否定期进行对账，对账结果是否进行调整并及时进行账务处理；非财政资金渠道取得的固定资产有无进行账务处理；固定资产的领用、保管、报废是否建立健全内部控制制度并有效实施；固定资产变价收入是否及时缴入财政账户，有无设置账外账、“小金库”的行为。