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自2009年1月1日起，全国所有地区、所有行业推行增值税转型改革，允许企业抵扣新购入设备所含的增值税，并把工业、商业小规模纳税人的增值税征收率统一调低至3%。这将明显减少企业投资成本，进一步激发投资热情，全面增强经济发展后劲。但是就税收征管而言，可能会出现一些新的涉税风险。
风险点之一：增值税一般纳税人企业将前期购入的固定资产在2009年1月1日以后索取增值税专用发票，进行抵扣。
可能采取的做法：一是将前期购入并且尚未索取发票的固定资产，在2009年1月1日以后索取增值税专用发票，抵扣税款；二是将2009年1月1日以前购入、已索取普通发票的固定资产，将普通发票退回销售方，要求重新开具增值税专用发票进行抵扣；三是以假进货退回的名义，请销售方开具红字普通发票冲减销售后，再开具增值税专用发票进行抵扣。
风险点之二：增值税一般纳税人企业将非抵扣范围的固定资产，变换花样进行抵扣。
可能采取的做法：一是将购入生活用的汽车、高档家用电器等固定资产，变换开票产品名称，用作企业进行抵扣；二是在建造房屋、基础设施等非抵扣范围的固定资产时，对购入的钢材、水泥等建筑用材料，索取增值税专用发票进行抵扣。
风险点之三：增值税一般纳税人企业将其他纳税人购入的固定资产用作本企业进行抵扣。
可能采取的做法：一是将非增值税应税项目购入固定资产取得的专用发票进行抵扣，二是从小规模纳税人或增值税免税项目纳税人买入其购进固定资产的增值税专用发票进行抵扣。
风险点之四：增值税小规模纳税人将前期实现的销售，延迟到2009年1月1日以后申报纳税。
可能采取的做法：一是将应在2009年1月1日以前确认的销售，推迟到2009年1月1日以后确认，按3%的税率申报纳税；二是将2009年1月1日以前已确认实现的销售用红字普通发票冲回，在2009年1月1日以后，再重新确认销售收入，按3%的税率申报纳税。
对可能出现的上述问题，税务机关应当引起重视，并且通过加强日常税收征管，严防税收管理风险的发生。
首先，对购进固定资产抵扣的企业要突出加强“三流”审核。
一要加强“票据流”的审核。对企业2009年1月1日以后购入固定资产取得的增值税专用发票，一方面，要认真审核其票面货物所填列名称，是否是抵扣范围内的固定资产，是否是本企业生产所用的固定资产，防止生活用的固定资产或其他企业的固定资产在本企业进行抵扣；另一方面，要认真审核开具发票时间与企业购货验收入库时间是否一致，防止在前期购进的货物在2009年1月1日以后申报抵扣。
二要加强“实物流”的审查。对单笔金额较大或累计金额较大的固定资产专用发票，在加强票面审核的同时，要深入企业，查看实物，验明生产厂家，查明具体用途，并与购货合同进行一一核对，防止虚假购进，骗取抵扣税款。
三要加强“资金流”审查。一方面，要审核购进固定资产的资金来源，特别是短期内进行大量固定资产投入的企业，要审核其资金是政府投资、银行贷款，还是自筹资金、社会融资。其中，对政府投资要审核固定资产立项批文；对银行贷款要审核银行贷款协议；对自筹资金和社会融资，更要加强全面的评估和检查，防止少数企业弄虚作假。另一方面，要审核购进固定资产的资金去向，审核其是否按规定付款，是否付给了增值税专用发票所列的销售企业，防止其从第三方取得发票。
对购进固定资产抵扣的企业，除了要加强一定时间点上的“三流”审核外，还要加强后续跟踪监控。一方面，要对固定资产投入使用情况进行跟踪监控，看其新增固定资产在用电、用料、新增销售方面是否有明显变化，投入产出是否配比，防止虚假投入；另一方面，还要对固定资产处分情况进行跟踪监控。
其次，对销售固定资产的企业要全面加强红字普通发票监控。
对机器设备销售企业在2009年1月1日前后开具的红字普通发票，要逐份查明原因，是否是真实退货，有无实际收到所退货物，是否将货款全部退给购货方，防止企业虚假冲回以前年度销售，重新开具增值税专用发票给购货方抵扣税款。
最后，对小规模纳税人要全面加强销货合同审查。
对小规模纳税人2009年1月1日以后确认的销售收入，要与销售合同、发货记录进行逐笔比对，看销售确认时间、确认金额是否真实、准确，有无故意延迟销售的行为。