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电子商务的迅猛发展，致使税务管理部门来不及研究相应的征管对策，更没有系统的法律、法规来规范和约束企业的电子商务行为，出现了税收管理真空和缺位，导致应征的税款白白流失。从理论上分析，从互联网上流失电子商务的税收主要有关税、消费税、增值税、所得税、印花税等。据测算，美国的函购公司搬迁到互联网之后，政府每年大约损失各种税收约30亿美元。由于电子商务可以规避税收义务，大大降低企业税收负担，因此，一些企业纷纷通过上网规避税收，牟取暴利，在逃避大量税收的同时，扰乱了正常的市场秩序。电子商务给现行税收带来的主要问题涉及多个方面。
1、常设机构的判断问题
(1)纳税人身份及企业性质的判定问题
纳税人身份判定的问题，就是税务机关应能正确判定其管辖范围内的纳税人及交易活动，这种判定是以实际的物理存在为基础，因此，在传统交易活动中，纳税人身份的判定上并不存在问题。但在互联网的环境下，互联网上的商店不是一个实体的市场，而是一个虚拟的市场，网上的任何一种产品都是触摸不到的。在这样的市场中，看不到传统概念中的商场、店面、销售人员，就连涉及商品的手续，包括合同、单证，甚至资金等，都以虚拟方式出现；而且，互联网的使用者具有隐匿性、流动性，通过互联网进行交易的双方，可以隐匿姓名、居住地等，企业可以轻而易举地改变经营地点，从一个高税率国家移至低税率国家。所有这些，都造成了在对纳税人身份判定上的难度。
大多数从事电子商务的企业注册地位于各地的高新技术园区，拥有高新技术企业证书，且其营业执照上限定的营业范围并没有明确提及电子商务业务。有些企业营业执照上注明从事系统集成和软件开发销售、出口，但实际上主要从事电子商务业务。这类企业是属于所得税意义上的先进技术企业和出口型企业，还是属于生产制造企业、商业企业还是服务企业，因判定性质不同将导致企业享受的税收待遇有所不同。从事电子商务服务的电讯企业按3％税率缴纳营业税，而从事电子商务的普通企业则需缴纳5％的营业税。那么，被定性为什么样的企业就成为关键问题。
(2)客户身份难以确定
按照现行税制，判断一种商业行为是否应课税及课税数量与客户身份密切相关。比如我国目前实行的出口退税和对进口商品征收关税的政策，这些活动都必须查明客户的身份。如果将现有的税收原则不加修改地应用于电子商务税收，本来有纳税义务的企业很可能冒充自己向国外供货并以此骗取出口退税，或是通过隐瞒商品的真实消费从而逃避进口关税。虽然科技在发展，但是从技术角度看，无论是追踪付款过程还是供货过程，都难以查清供货目的国或是买方身份，从而无法确认应征税的贸易究竟是国内还是国际贸易，使传统的税制在应用过程中遇到了极大困难。
2、税收征管体制问题
(1)电子商务交易过程的可追溯性问题
电子商务交易过程的可追溯性，简单地说就是在确定了纳税主体后，是否有足够的依据收到应收的税，证据是否足够、是否可查。
目前，我国电子商务还处于初级阶段，网上CA和网上支付体系正在建设中，在线的电子商务交易数额还是较少。商家之间的电子商务主要是商谈、合同和订单处理，还基本上没有进入电子支付阶段。所以，在间接的电子商务阶段，商务交易过程电子化，而送货或电子成份更高的间接电子商务扩大或普及时，考虑到电子商务交易过程中的虚拟性，相关交易环节的具体情况有赖于交易的如实申报，所以电子商务交易过程的可追溯性问题会更加突出，尤其是在数字产品的电子商务过程中。
在具备税收管辖权，交易过程可追溯的前提下，电子商务稽查就成为保障电子商务税收的重要一环，即是否能定额征收的问题。在互联网这个独特的环境中，由于订购、支付，甚至数字化产品的交付都可通过网上进行，使得无纸化的程度越来越高，订单、买卖双方的合同，作为销售凭证的各种票据都以电子形式存在，且电子凭证又可被轻易地修改而不留任何线索、痕迹，导致传统的凭证追踪审计失去了基础；并且，互联网贸易的发展刺激了支付系统的完善，联机银行与数字现金的出现，加大了税务机关通过银行的支付交易进行监管的难度；还有，随着计算机加密技术的成熟，纳税人可以使用加密、授权等多种保护方式掩藏交易信息。如何对网上交易进行监管以确保税收收入及时、足额地入库是网上征税的又一大难题。
3、课税对象认定问题
(1)数字产品性质的认定
电子商务将原先以有形财产提供的商品转变为以数字形式提供，使得网上商品购销和服务的界限变得模糊。对这种以数字形式提供的数据和信息应视为提供服务所得还是销售商品所得，目前税法
还没有明确的规定。
纵观各种形式与产品的电子商务，数字产品的电子商务不仅具有一般形态的电子商务所具有的商流与信息流的虚拟性，更因其产品形态的特殊性，数字产品电子商务又具备物流的虚拟性的特点，这一特点使其在纳税人身份的判定中、交易过程的可追溯性上与税务稽查上有效实现的难度都大大增加。甚至可以说，如果一个数字产品电子商务的经营者不如实地履行各项纳税申报，那么对于税务机关，可以说基本上没有什么有效的方法与途径去追查其交易商品、资金的各项细节。这一问题已引起世界各国普遍关注，欧洲有些国家曾提出按劳务征收数字产品电子商务税的设想，但总体来看，至今还没有太好的办法来解决这一难题。
(2)印花税的缴纳问题
在电子商务交易中，实现了无纸化操作，且交易双方常常“隐蔽”进行。使得印花税的计税依据难以确定。网上订单是否具有纸基合同的性质和作用，是否需要缴纳印花税，目前也不明确。
4、税收管辖权问题
(1)双重征税问题
一个极端的例子是：如果你是一个中国公民，在马来西亚的电子商务网站上订购货物，并且要求将货物发往泰国，这样做的结果可能是，你将同时得到三个国家的税单。首先，按照居民税收管辖权征税办法，中国政府将有权向你征收所得税；按照收入来源地管辖权征税的话，泰国政府也有权向你征收流转税；而马来西亚政府有可能以交易操作发生地为依据，也可根据来源地，有权向你征税。对同一笔税源，由于税收管辖权的重叠，而导致重复征税。
(2)纳税人避税问题
电子商务的便捷性与高流动性为跨国公司操纵利润、规避税收提供了便利。跨国公司通过互联网，只要按几下鼠标就可以轻松地将其在高税区的利润转到低税区或避税港。
1、在指导思想上应引起重视
我国目前的电子商务尚处于萌芽阶段，但网络经济和电子商务已成为一种势不可挡的历史趋势和时代潮流，在认识和对待我国电子商务和税收的关系上，应本着“积极面对、加强研究、互促互动”的指导思想来加以处理。所谓“积极面对”就是面对全球网络经济和电子商务的迅猛发展，我们应采取一种积极面对的态度，树立超前意识，更新传统观念，以顺应和迎接新的时代。所谓“加强研究”就是面对电子商务对传统税收制度、税收政策和现行国际税收安排所提出的挑战，我们首先必须通过加强研究来弄清情况，掌握国际电子商务的最新动态和发展趋势，明白其对我国现行税制、税收、涉外税收等的影响之所在，从而紧密结合中国具体国情并参照世界税制、税则变动最新情况提出我们的应对举措和方略。所谓“互促互动”，就是说，一方面我们的税制、税则和税收政策，要立足于有利于促进电子商务的发展；另一方面，现行税收的安排，又要在电子商务发展的实践中去不断进行改革和完善，以适应电子商务的发展。
2、我国电子商务的征税原则
(1)税收中性原则
它是指征税不应影响企业在电子商务交易方式之间的经济选择，不应该对高新技术的发展构成阻力。以我国目前的国情而论，在我国信息产业还处于稚嫩时期，网址资源已相当紧张，加上我国企业经营方式落后、机制僵化、信息不灵，因而急需上网经营。如果我国税收政策阻碍电子商务的发展，不仅会妨碍了企业的经营发展，而且使税收也变成无源之水、无本之木。
(2)公平税负原则
从长远来看，应保持传统贸易与电子商务的税负一致。希望各国政府要彼此合作，而且还希望同纳税人合作，以求做到对电子商务的征税会公平台理。
(3)适当优惠原则
即对目前我国的电子商务暂时采取适当轻税的税收政策，以促进电子商务在我国的迅猛发展，开辟新的税收来源。对于这一崭新、具有重大意义及强渗透性的产业，在其发展初期，国家从政策优惠的角度对电子商务给予一定程度的支持还是非常必要的。
我国应改革和完善现行税法政策和法规，重新修订和解释一些传统的税收概念，补充有关电子商务所适用的税收条款，对电子商务的纳税义务人、课税对象、纳税环节、纳税地点、纳税期限等税制的备要素给予明确界定，以使对电子商务的税收征管有法可依。
(1)扩大增值税征税范围
电子商务交易的产品(数字化产品)是种无形商品，现行税制对其纳税存在一定困难。为了减少税收对电子商务的负面影响，可适当扩大增值税的课税范围，对通过网络进行交易的数字产品征收增值税，使其与传统有形产品的税收待遇相同，从而保持税收中性的原则，这是法律应尽快予以明确的。在税法上将电子商务纳入增值税的征税范围，可以明确纳税义务，划清征管权限。为了平衡地域间的税源分布，将消费者居住地确定为电子商务的征税地，即通过互联网进行商品销售和提供劳务，无论商品和劳务是在线交易还是离线交易都由消费者居住地的税务机关征一道增值税，而消费地已缴纳税款可作为公司已纳税金予以抵扣。这样：
当期应纳税额=当期销项税额-当期进项税额-消费地已纳税额
这样不仅有助于消除重复课税的弊端，而且有助于加强服务贸易的流动性，并可防止出于财政利益考虑对网上贸易的干扰。
(2)使用电子商务交易专用发票
每次通过电子商务达成交易后，必须开具专用发票，并将开具的专用发票以电子邮件的形式发往银行，才能进行电子账号的款项结算。同时，纳税人在银行设立的电子账户必须在税务机关登记，并使用真实的居民身份证以便税收征管。
(3)采用独立固定的税率和统一税票
考虑电子商务在线交易商品和提供劳务特殊性，及目前传统交易此类商品的税负情况，利润按独立公平的原则在消费者居住地进行分配，消费者居住地采用独立固定的税率征收，消费地当期应纳税额：销售额X固定税率，固定税率不宜过高，一般以1％一2％为宜。这样既可以平衡地区利益；另一方面抵扣时又不会出现退税。由于电子商务跨地域性，销售地税务机关与消费者居住地税务机关都有征税，而且消费地税务机关征的税可以用作抵扣，从征管角度出发要求使用统一的税票，并逐步使用无纸票据，以及采取电子化的增值税纳税申报。这样也便于税务机关通过本身局域网展开交叉稽查，防止逃骗税发生。
4、深化征管改革，实现税收电子化
纳税人在办理上网交易手续后，必须到主管税务机关办理电子商务的税务登记，首先由纳税人申请办理电子商务的税务登记，填报《申请电子商务登记的报告书》，并提供网络的有关资料，特别是计一淮南工业学院学报社科版算机超级密码的钥匙的备份。其次，税务机关要对纳税人填报的有关事项严格审核，逐一登记，并要注意为纳税人做好保密工作，最好是建立一个钥匙管理系统。同时，税务系统也应做好电子商务用户专门税务登记，并与银行、网络技术服务部门密切交易，以便深入了解纳税人信息，使税收监管更加有力。该制度要求采用国家标准对电子商务纳税人设立唯一的纳税识别码。
电子申报是指纳税人利用各自的报税工具，通过电话网、分组交换网、Internet等通讯网络系统，直接将申报资料发给税务局，完成纳税申报。电子缴税是指税务局、银行、国库建立通过计算机网络进行税款结算，划解的过程。该环节完成了纳税人、税务局、银行和国库间电子资金的交换，实现了税款收付的无纸化。
(2)开发电子征税软件
税务机关应与银行、网络技术部门合作，共同研制开发适用于网络贸易的具有自动追踪统计功能的征税软件。该软件可存储在税务网络服务器上，以备纳税人下载自行计税，并可通过国际互联网自动向发生网络贸易纳税义务的网址发出纳税通知。当技术成熟后，还可以在企业的智能服务器上设置有追踪统计功能的征税软件，在每笔交易进行时自动按交易类别和金额计税、入库，从而完成针对电子商务的无纸税收工作。
(3)建立电子稽查制度
该制度要求税务机关将自身网络与国际互联网及财政、银行、海关、国库、网上商业用户的全面联接，实现各项业务的网上操作，达到网上监控与稽查的目的，堵塞网上交易的税收漏洞。
此外，还需要建立完善的税务稽查电子系统，基于税务系统的广域网，实施办公自动化与征管、税务稽查、大面专用发票防伪系统、出口退税专用票证系统、丢失被盗增值税专用发票报警系统、电子邮件等系统的系统集成，实现跨部门、跨地区之间的涉税信息的快速传递，发票函件调查和相互协凋。
要防止网上贸易所造成的税收流失，应加强我国与世界各国税务机关的密切合作，运用国际互联网等先进技术，加强国际情报交流，深入了解纳税人的信息，使税务征管、稽查有更充分的依据。在国际情报交流中，尤其应注意有关企业在避税地开设网址及通过该网址进行交易的情报交流，防止企业利用国际互联网贸易进行避税。对于发展中国家，可采取居民管辖权与收入来源地管辖权并存的方案，并逐步向居民管辖权倾斜。随着电子贸易快速发展，收入来源地管辖权越来越难以适应国际税收的要求，但从保护本国利益出发，发展中国家一时很难接受居民管辖权原则。为了与本国税收的接轨，防止国际互联网贸易中的双重征税问题，发展中国家应逐步接受居民管辖权原则，积极与发达国家进行磋商、协调、争取更多的利益。
6、加快网络系统建设和人才培养
加快税务机关的信息化建设，建立电子税务，来推动电子商务的发展。所谓电子税务，通俗地讲就是把税务各项职能搬到网上，实现网上办公、网上征管、网上稽查、网上服务、网上发票认证等。它首先要求各级税务机关在公众信息网上建立自己的站点，提供税务机关信息资源和有关的应用项目。在此基础上进一步实行税务网站与办公自动化联通，与税务机关各部门的职能紧密结合，把税务机关的站点变成为民服务的窗口。电子商务作为信息流、资金流和物流的统一，它的运行从根本上离不开银行网上支付的支撑。因此，发展电子商务客观上要求银行业必须同步实现电子商务化，以保证资金流正确、安全地在网上流通，进而保证电子商务目的的最终实现，为确保电子商务税务征收，还必须加强银行、税务机关、海关之间的联网，真正实现电子商务税收的电子化。
知识经济时代的税收事业，离不开那些既懂计算机又懂外语和税收专业知识的高素质人才。税务部门应加大税务稽查人员的计算机知识和操作方面的培训力度，尤其是要提高稽查人员通过操作财务软件来阅读、分析企业各种财务报表的水平。培养复合型的税务管理人才，以适应电子商务迅速发展的趋势，确保国家税收利益。