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国家税务总局科研所课题组的专家们提出以下建议方案框架。“费改税”的指导思想和原则：（1）并设结合，以并为主，以设为辅，即能将收费并入现行税种的，不开征新税种，确有必要的设立新税种。（2）扩大税基，保持总体负担不增加。（3）本着简化和优化税制、体现效率和公平的原则，进一步完善和实现“费改税”，预防增设新税又减少不了收费，或者是旧费复归或新费出台的现象发生。（4） 兼顾中央和地方的利益分配，既保证中央政府的宏观调控，又不影响地方事业的正常发展。（5） 把“费改税”与规范收费结合起来，对暂时改不了税的收费项目，要进行规范，防止其对“费改税”项目的冲击。（6）把“费改税”同规范政府行为结合起来，以减轻地方政府行为对“费改税”工作的阻力。（7） 费税改革要与立法相结合，以减轻“费改税”的压力和难度。（8） 费税改革要同规范预算管理相结合，以防止增了税、费未减的现象发生。（9） 费税改革一定要本着科学、审慎的原则进行，切忌一刀切或一哄而上。（10）既要有利于完善现行税制，又要积极稳妥，先易后难，分步实施。
“费改税”应具备的条件。由于费税并存且并重的状况已存在多年，其绝大部分收费均已各有专项用途。因此，在目前情况下，把所有收费立即取消并全部改成税，不但难度很大，而且也不可行。因此，只能在深入调查研究的基础上，把那些确已具备税收条件的收费改成税收。因为税和费毕竟具有各自的职能范围和特点。课题组通过调查和广泛征求各方面的意见认为，适合“费改税”的收费项目必须具备下述特征：（1） 收费项目没有明显的利益补偿性，收费者与付费者之间不存在直接的利益交换关系，即使具有某种利益补偿性，但不局限于特定的付费者，而是覆盖整体、全面。（2） 征收范围较广，至少要覆盖一省范围以及具有众多的缴纳单位和个人，便于体现公平原则。（3）有一套较为规范的征收办法，便于征管和操作。（4）“费改税”项目具有长期稳定的收入来源且规模较大。（5） 有规范的调整各级政府利益关系的办法，不会过大影响原来的财力分配格局。
费改税方案框架和总体设想。调查结果表明，目前“费改税”工作存在着“四难”：一是难定（定位改什么）；二是难改（怎么改）；三是难管（改后征管难度大）；四是难分（利益关系难分）。因此，要想在一个短的时间内完成“费改税”工作，并把方方面面的利益关系调整过来，做到既改了费，又能让各级财政职能正常运转起来，困难是可想而知的。因此，费改税工作必须在积极、稳妥的前提下，理性决策、精心设计、逐步过渡、分步实施。具体可分为近期目标和中期目标两步走。
第一步：近期目标。所谓近期目标，就是指近两年，最迟不超过2000年前的“费改税”目标。近期目标应本着有利于强化政府的宏观管理职能和理顺社会分配关系；有利于调动中央和地方政府两个积极性；有利于以税聚财，规范预算管理；有利于减轻企业和农民负担；有利于完善现行税制的原则，把那些具有税收或准税收性质，收入来源较稳定，涉及面较广，受益面较宽，收费具有连续性和持久性且无人员开支或只涉及行政管理费和基金的收费项目改为税收。具体形成共识可以作为近期改革目标的，有以下三个税种：（1）社会保障税；（2）教育税；（3）燃油税。
第二步：中期目标。所谓中期目标，是指“十五”计划期间或者更短一些时间内完成的费改税目标。由于费改税是一项艰巨而又复杂的系统工程，必须采取实事求是的态度，成熟一个改一个，切不可操之过急。加之费改税涉及到方方面面既得利益的调整和重组，必须协调好各地区、各部门、各经济单位的经济利益。这就需要我们采取更加科学的态度，不然的话，将会羁绊整个改革的进程。
因此，根据对全国的调查情况表明，可以纳入中期费改税目标的有以下10个税种：（1）将环境保护费、超标排污费等五种收费改为环境保护税；（2）将城建费、河道养护费等九种收费改为城市维护建设税；（3） 将证券市场监管费、期货市场监管费等两种收费适时开征证券交易税；（4）将棉花价格调节基金、副食品价格调节基金等五种基金改为社会福利税，或并入相关税基征税，不再设税种；（5） 将农（牧）业税地方附加、复垦基金等八种收费并入农牧业税；（6） 将矿产资源补偿费、无线电管理费等11种收费并入资源税；（7）将电力建设基金、散装水泥专项基金等九种收费改为基础设施建设税，或建立专项投资基金，并设立 《投资基金法》；（8）将外商投资土地使用费、土地管理费等四种收费并入土地使用税；（9） 将城市开发收取的各种城建配套费用并入固定资产投资方向调节税；（10）将农村的“三提五统”收费并入农业税，或设立农（牧）业附加税。