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一般而言，税收对证券市场的影响比对商品市场、劳动力市场更大，因为证券市场属于中介服务，对税收的反应更敏感。证券市场上的交易对象是资金，尤其是在证券二级市场中，交易对象往往是一些闲散资金，投资者的目的是利用这些资金获取更大的收益，但同时也承担着更大的风险。一旦税收对其收益造成较大影响，就可能会降低投资者的热情，从而影响金融市场的效率。
影响证券市场规模。在其他因素一定的条件下，证券交易税税负的高低通过影响交易成本而引起证券价格变动，由此影响投资者数量，影响投资者购入证券的数量和品种及证券市场的币值总量。开征累进的证券所得税，在成熟的证券市场中，具有自动调节证券市场规模的“内在稳定器”作用；而在不成熟的证券市场中，有强烈的抑制股市上涨或促使股市下挫的紧缩效应。总之，过重的证券税收会提高证券市场上的资金成本，降低资金回报率，导致金融资产价格下降，最终将引发大量资金套现离市，不利于证券市场的发展。
影响证券市场结构。如果按证券持有期长短区别征税，对持有期长的投资者征税实行较低税率，而对持有期短的投资者征税实行较高税率，将改变证券投资的期限结构，减少短期行为，鼓励长期投资，减弱市场风险；如果实行允许资本损失从收益中抵消等税收政策，将影响证券投资的种类结构，起到鼓励风险投资的作用。由于证券税收改变了不同种类证券的相对交易成本，影响投资者对不同证券的投资偏好，改变资金流向和证券供求状况，在调控不当的情况下，会破坏证券市场的自然平衡状态，导致资源配置不合理。
影响证券市场的其他相关行为。证券税通过对不同交易行为的区别对待，如对买进证券实行低税或免税，而对卖出证券以较高税率课征，或只对卖方征税，会影响证券交易方向，在一定程度上加大投机者的交易成本，从而起到减少过度投机行为及市场盲目交易行为的作用。用税收手段调节不同投资者的收益差别，还有利于缓解社会分配不公的问题，维护社会的相对公平。如果分配不公，将影响广大投资者的积极性，最终影响证券市场的发展。
影响国际资本的流向与形式。在开放经济情况下，不同国家证券税制的差异会影响国际资本的流向；另一方面，一国对外资进入本国证券市场的税收政策将对外资流入的形式产生影响。20世纪90年代以来，国际资本流动以证券投资为主要形式，一方面有利于本国证券市场的发展，另一方面存在潜在的金融风险。在此情况下，许多国家开始改革证券税制，配合国家宏观金融监管，防范金融风险。如巴西规定从1996年2月9日起，外国投资者投资私有化基金须缴纳5％的税金；投资于新兴产业借贷基金和不动产基金的外国资本，须在国内停留18个月以上，提前撤走须缴纳20%%的金融税。
由此可见，证券税制对证券市场发展的影响十分明显，这种影响在现实经济中不乏其例。例如，1993年末曾风传要征收股票交易所得税，加之其他利空因素，上海股市在12月20日暴跌150点，反映了市场对税收的敏感。有关部门后来两次宣布暂不开征股票交易所得税，在某种意义上起到了稳定市场的作用。在我国证券市场10年的发展过程中，证券交易印花税的税率曾进行了若干次调整，每一次调整都对证券市场产生了重大的影响。有人曾对此进行了相关分析，其结论是：交易费用提高，成交量明显减少；但交易费用下降，成交量也不一定增加。从国内外情况看，可以初步判断：佣金下调有助于刺激成交量增长，但作用有限。