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构建现代企业制度在我国面临企业内部和外部两大难题，企业内部是产权的界定，企业外部是平等的竞争环境。这两大难题概括来讲就是企业微观基础和宏观调控体系的关系问题，企业微观运行机制必须有赖于宏观调控体系的健全，而税收是宏观调控体系的重要组成部分，是影响企业外部平等竞争环境的重要因素。因此，要推进企业创新改制，必须进一步深化税地改革，这是创建现代企业制度的必要保证，也是实现公平竞争的有效途径。
一、现行税制不完善对创建现代企业制度的影响
1.税制结构不尽合理。流转税比重偏高，所得税比重估低，税收双主体地位在实践中未能体现出来，与市场经济条件下所得税的调节功能不相符。1994年税制改革后，流转税的比重上升至70％，其中增值税为50％左右。所得税比重则降为70％多一点，其它税种比重不到9％。这种税制结构的形成固然与我国经济发展水平及税收征管能力有关，但从我国企业的具体情况看，流转税比重偏高，使所得税比重下降，企业所得税实际上已不成为主体税种，一些竞争性企业得不到平均利润或利润率很低，影响企业积极性，也难于发挥其内在调节器的作用。
2.改革后的增值税保税范围仍然较窄，且与营业税平行征收，二者税基截然分开，互不兼容，“高征低扣”的现象依然存在。由此带来三个方面的问题：一是从事货物生产经营以及提供工业性劳务的企业与提供非工业性劳务的企业间税负不平。二是增值税链条不连续，造成应纳增值税企业接受非工业性劳务不能正常抵扣税款，而增加企业负担，使增值税公平税负的中性原则受到扭曲，影响了企业的发展。三是对于有兼营和混合销售行为的企业，需要特征收增值税和营业税的项目进行认定和区分，造成企业财务核算的诸多困难和不便。同时，由于现行增值税尚属生产型增值税，企业外购固定资产所含税款不允许抵扣，既与国际上大多数国家实行的收入型或消费型增值税不相符合，容易造成重复课税，又不利于推动企业技术进步，而且使资本有机构成不同的企业税负不平，对经济的长远发展不利。
3.企业所得税税制存在不尽完善之处，不利于企业的创新改制。概括起来主要有以下几个方面：（1）内外资企业仍分别执行两套税制，客观上对推行现代企业制度存在不利影响。由于各自的税前扣除项目和标准各异，很难在同等的基础上比较经营成果，也难于实现税负公平。而且目前在现代企业制度试点企业中，不少都存在有外资的成分，因此在选用何种税制上很难作出合理的选择。（2）企业所得税法律力度不强，立法层次、地位不高，与以法治税、依法处理国家与企业分配关系的要求不相适应，不利于现代企业制度的建立。（3）企业所得税税基的确定还不够规范，应纳税所得额的确定在很大程度上还未完全脱离企业财务制度，容易造成不同行业、企业之间税基确定标准不一致的问题。同时伴随着市场经济发展和现代企业制度建设中出现的一些新的经济现象，如产权转让收人如何征税，企业兼并中的资产在税务上如何处理，企业集团如何纳税等，现行所得税制尚无明确的规定和严格科学的管理办法。（4）税率不一致、税负不平等、税收优惠政策较多且不统一的矛盾仍然较为突出。如为扶持企业发展，在一定期间内仍保留了18％、27％两档全额累进的低税率，此外还存在着地区和行业之间的差别税率，以及由各省、自治区、直辖市制定的众多税收优惠政策，使不同性质、行业、企业的税负难于平等。（5）征管体制不够科学，现行税权划分体制不能适应创建现代企业制度的要求。企业所得税按企业行政级次划分征管权限，强化了政府对企业的行政干预，不利于企业之间的相互参股、投资，影响市场机制的建立和企业之间的公平竞争，严重削弱了企业所得税的调控功能。
4.资源税单一与狭窄，不利于消除企业间竞争的不合理条件。资源税是以各种自然资源使用及其级差收入为征税对象的一种税类。征收资源税的目的，是尽可能调节企业间由于客观因素造成的收益不同，使企业的利润水平比较真实地反映企业主观努力的成果，以利于企业在大体相同的外部条件下开展竞争。但我国现行的资源税收，种类过于单一，调节面较窄，不利于企业竞争条件的合理化。具体表现为：其一，我国资源税收仅限于狭义的资源范畴，即针对劳动对象（自然资源）征收资源税，而对于人力资源、劳动资料资源等不征收资源税，从而无法调节这些环节存在的不合理因素。其二，我国资源税在对劳动对象（自然资源）进行调节时，仅局限于矿产资源和土地资源，从而使调节面受到限制。其三。我国资源税在对矿产资源和土地资源征收资源税时，仅对几种矿产资源开征资源税（原油、原煤、天然气、盐），而对大量的矿产资源未开征资源税。此外，对土地的转让、买卖也没有征收资源税。其四，我国已开征的几种矿产资源税，只限于对矿产资源的级差收入，为调节资源的有偿占用。上述状况，导致了使用与未使用、使用多与使用少、使用优与使用劣等国有资源的企业之间税负失平，苦乐不均。在客观上不利于消除企业间不平等竞争条件，在一定程度上抑制了企业竞争机制的形成。
5.税收覆盖面存在缺口，无法缓解企业过重的社会负担。建立现代企业制度需要有完善、健全的社会保障体系作为后盾，以建立企业的用人机制和破产机制，实行减人增效和兼并破产。而现行税制中，社会保障税尚未开征，各种社会统筹的不规范和缺乏稳定性，造成不同企业之间苦乐不均，严重影响了企业制度的创新。国有企业的种种包袱，归根结底是由于我国社会保障体系发展滞后造成的。长期以来，我国的就业制度、公费医疗等社会福利制度以及离退休金、失业保险等社会保障制度同时发生作用。三种制度捆在一起，使国家的社会福利目标、社会保障目标只能通过就业一个手段去实现。国家的事由企业办，这种体制运行的结果使企业非生产性人员队伍日趋庞大，企业用于这部分员的工资、养老、医疗等开支，一般约占企业收入的30％一50％，导致企业生产发展资金逐年萎缩，并恶性循环。国有企业这些沉重的负担，使其无法拥有与新兴的三资企业、个体、私营、乡镇企业相同的生产经营环境，很大程度上阻碍着现代企业制度进一步向纵深发展。
二、深化税制改革，加快企业制度创新的对策
1.优化税制结构，逐步实现由目前“双主体”结构向以所得税为主体的结构转变。从税制建设和经济发展的长远考虑，应适度降低流转税的比重，到2010年前，应将流转税比重降至50％左右，所得税比重提高至35％左右，财产税等其它税种比重调整到15％左右。这样既能保持流转税广税基、少优惠、严征管的中性原则；又能发挥所得税对经济调控能力强的优势。其实现形式应从现行直接税税种的完善和征管的加强，以及开征新税种等方面入手。总之，我国税制结构最终转向以所得税为主体，不仅是经济发展的必然趋势，也是建立现代企业制度的客观要求，应当从长远着眼，分步骤加以实现。
2.以中性原则为宗旨进一步完善流转税制。结合我国国情，借鉴。国际上的先进经验，深化改革的重点应放在三个方面：首先进一步扩大增值税征收范围，考虑到目前地方税体系尚不健全，地方税收入较少的现实情况，改革可分两步进行。第一步在近两年内，将目前矛盾较为突出，对增值税链条连续性影响最大的交通运输业和建筑安装业改征增值税。第二步是在“十五”期间或以后一段时期内，将增值税扩大到除金融保险业以外的所有第三产业，使工业、商业服务业等经济活动基本纳入增值税征收范围，使其成为一个名符其实的发挥普遍调节作用的中性税种。因增值税扩大征收范围而减少地方收入的问题，可通过重新调整增值税分成比例来解决。其次要逐步实行收入型或消费型增值税。在近期内，国家可选择重复征税和税负较重的行业，如科技型与资源型产业，先行实施消费型增值税试点，对企业外购固定资产所含税额可按折旧额所含税额分次抵扣或在购进时一次性抵扣，有利于推动企业技术进步，增强企业后劲，形成现代企业规模并实现规模效益，对长远经济增长有利。积累一定的经验后，再视其实施情况决定是否进一步全面推广。第三对消费税的改革，应根据经济发展水平及消费水平的变化，对税目税率及时加以调整，有些税目应根据情况并入增值税征收。另外从中长期目标考虑，消费税应逐步由价内税向价外税过渡，同时调整部分应税产品的课税环节，在零售环节征收，减轻生产企业的负担。
3.以公平、统一为目标规范企业所得税制。随着企业改革进程的加快，所得税的作用和地位将会更加突出。针对当前所得税制改革中存在的一些问题，采取的措施应主要包括：（1）加快统一内外资企业所得税法的步伐，体现不同所有制企业公平税负，平等竞争的原则，建立统一的法人或公司所得税制。（2）为在企业改革中建立起完备的税收环境，应当抓紧所得税的正式立法进程，尽可能充实法律条文，改变目前税收法规条文较粗，实施细则过细外加行政性红头文件的传统做法，树立税法权威。（3）理顺国家税收制度与企业财务制度的关系，确定规范的所得税税基。首先要实现规范税基与企业财务制度的脱钩，税基不能受企业财务制度所左右；其次，在完善新的企业所得税制的基础上，尽快建立独立的所得税会计制度，对企业应税收入、税前扣除、应纳税所得额进行税务处理。同时，适应企业改革中出现的一些新形式，将包括各类投资收益应纳税所得、财产交易、产权交易、转让所得在内的各种各类企业所得和利得纳入统一征税范围，体现统一税制的优越性。（4）统一采用33％的固定比例税率，取消目前实行的18％、27％两档优惠税率以及逐步取消15％、24％与“两免三减”等众多的税收优惠政策，实行国民待遇原则。（5）完善分税制体制。鉴于企业所得税按行政隶属关系划分收入存在的种种弊端，可考虑将企业所得税纳入共享税范围，这样有利于企业所得税在全国范围内的统一与规范，削弱地方政府对企业所得税的行政干预，扭转企业在所得税上对政府的依赖，促进现代企业制度的建设。
4.逐步扩大资源税的征收范围，消除企业间不平等的竞争环境。我国的资源税可从两方面加以扩展完善：（l）扩大一般资源税的征税范围，将现行资源税征收的对象，从原油、原煤、天然气扩展到对开采使用水利、森林等地上资源的企业和个人征收资源税。与此同时，在确定资源税税负时，不仅要考虑调节级差收入，还要调节“绝对地租”部分的收入，似贯彻有偿使用原则，从而让使用与未使用国有资源的企业处于同一竞争环境下。（2）完善级差资源税收，对现有的资源税收，要完善对级差收入的调节，让使用化等和使用劣等国有资源的企业处于同一竞争环境中。
5.尽快研究开征社会保障税。长期以来，我国国有企业承担着繁重的行政与社会职责，为国家分担了本应由政府或社会承担的义务，造成企业负重难行。目前社会保障制度改革的滞后，直接制约着现代企业制度的建立。失业、医疗和养老保险三大难题的解决程度，与推进企业改革的进程关系较大。因此构建新的社会保障体系是建立现代企业制度的必要条件。一方面要着力打破企业分配制度中存在的平均主义，营造科学合理的内部运行机制。另一方面，要着力建设一个覆盖全社会、功能齐全、保障有力的社会保障体系，以支撑整个现代企业制度的有效运转，解除企业改革的顾虑和维护社会稳定。税收制度要适应现代企业制度的创立，加快开征社会保障税，充分利用税收“刚性”进行征收，使得各种社会统筹问题得以规范。同时可以为建立社会保障体制提供充足、稳定的财源。具体税目可采取先征失业、养老、医疗等保险税，再逐步扩大征收其它社会保障税。国际上较为成功的经验表明，整个社会保障费用中，政府一般承担30％～40％，企业承担35％～45％，个人承担15％～25％，税率的设置可按工薪收入减去法定减免项目的余额为计税依据，采用15％一25％的弹性比例税率。随着企业改革的推进，还可由财政建立社会救济制度，以充实社会保障体系。这是市场经济国家早已通行的做法，应当根据我国的实际情况加以借鉴与应用。