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一、我国现行农业税制的弊端
我国现行农业税制，主要由对农民就其应税农业生产活动成果征收的农（牧）业税及农业特产税构成。
我国现行农业税就其实质来说，是一种“地租”，而非现代意义上的税收。按照现行农业税条例规定，不论农民所从事的农业生产经营活动的商品率如何、效益如何，只要农民使用土地，都必须将其农产品总量中的一部分缴纳给政府。因此，现行农业税就其本质来说是农民为取得土地使用权而缴纳的“租金”，它既不是针对农业生产净所得征收的所得税，也不是按商品流转额征收的商品税。
现行农业税以常年产量为计税依据，不能根据农业生产的丰歉状况和农民负担能力进行自动调节。农业税原为实物税，1985年改为折征代金，但仍以常年产量为计税依据。这种计税方法，导致农业税对农业经济运行呈现逆向调节作用：当农业增产，农民收入增加时，农业税并不能相应增加，农民实际负担相对降低；而当农业减产，农民歉收时，农业税也不能相应减少，农民实际负担相对提高。在1997年以来农民收入增幅逐年递减的情况下，农业税的逆向调节作用导致农民的实际负担相对增加，在一定程度上加剧了农民增收难，制约了农村经济的发展。
由于现行农业税以核定的常年产量为计税依据，且只在生产环节，而不是在商品流转环节征收，即不是对转化为商品的农产品征收，因而其计征基数中包括了农民的自食口粮，农民要为自食的口粮纳税。更为严重的是，农业税不允许扣除必要的农业生产成本，农民的生产耗费（包括农业生产资料和劳动力的消耗）得不到足额的补偿，影响了农民投入（包括资金和劳动力）的积极性，导致农业生产活动萎缩，阻碍了农业生产活动的持续、健康发展。在一些劳动生产率低、生产经营效益差的贫困地区，甚至出现农业税收负担接近甚至于超过纯收入的现象。
如果把对农业课税与对企业所得课税进行比较，问题就更加突出。现代企业所得税是就企业一定时期内实现的生产经营收入扣除为取得这些收入而支出的成本、费用后的余额征收。同样道理，农民使用土地进行农业生产，除了土地这一资本品外，还要投入种子、化肥、农药等生产资料，这些投入物实质上就是农民生产农产品的资本品投入，理应在征税时扣除。但是现行农业税却不允许作这种扣除，农民要为自己的资本投入承担较重的税收，这与“税不蚀本”的基本原则是背道而驰的。
综观世界各国农业税制，课税制度与经济发达程度有着密切的关系。一般来说，经济发达国家通常不对农业单设税种，经济欠发达国家中也只有少数国家对农业单独设置税制。而且外国农业税制具有如下一些共同特点：（1）对农业和从事农业生产农场主和农业工人给予专门的税收照顾；（2）对从事农牧生产的农牧场主和工人一般只征收所得税，不征收间接税。
二、支持农业产业化的农业税制改革对策
（一）应遵循的基本原则
1.商品征税的原则。现行农业税制与我国社会主义市场经济体制发展的要求极不适应，制约了农村市场经济的发展。因此，要根据社会主义市场经济发展的客观要求，建立起新型的农业税制体系，坚持对商品征税，实施农业轻税政策，从而减轻农民负担，稳定农业发展的基础，发展农村市场经济。
2.所得征税的原则。从世界范围来看，对从事农业生产的企业和农民征收所得税是各国的普遍做法。因此，在农业税制改革的过程中，应把对所得征税作为农业税制的主体，放弃过去那种按土地田亩及产量征税的陈旧做法，坚持按所得征税原则。
3.有利于农业产业化发展的原则。长期以来，农民收入的增长速度远远低于其他行业，一个重要原因在于农业生产结构不合理，种植业多、加工业少，农产品加工业发展缓慢，有规模、有效益、有市场的农产品加工企业不多，带动地方经济发展、加快农民收入增长的作用还没有充分发挥出来。中央提出了要走具有中国特色的农业产业化发展道路。因此，改革现行农业税制，要充分体现出对与农业相关行业的鼓励，要有利于“订单农业”的发展，有利于农业结构战略性调整，大力发展农产品加工业，带动发展农村第二、第三产业的发展，推进农村市场经济的进程。
4.遵循国际惯例的原则。多数实施增值税的国家都对农业采取优惠税率的办法，支持农业产业的发展。例如，欧盟对农业采取零税率的办法，消除农业增值税负担。为了实现农业发展、农民增收、农村稳定的目标，非常有必要在我国也采用增值税零税率的办法，彻底解决农业负担增值税的问题。
5.农业税制改革必须与农村财政管理体制改革同步推进，必须有规范的财政转移支付制度做保障。乡镇一级事权与财权的严重背离是导致农民负担重、农民负担反弹的根本原因。为了在广大农村建立现代税收分配制度，必须同步推进农村财政管理体制改革，建立规范的财政转移支付制度。因此，取消乡镇一级财政，乡镇一级的收支统一纳入县级财政，不足部分中央和省级财政通过财政转移支付来解决。2000年，全国乡镇政府正常运转的基本费用为1800亿元，其中农业税、牧业税和农业特产税335亿元，约占18.6%，其他约81.4%的资金属于各种收费。如果改革后通过税收筹集300亿元资金，各级财政转移支付1500亿元，应当说是完全有能力解决的，而且这也是真正、彻底解决农民负担问题的关键所在。
（二）农业税制改革的具体设想
1.取消农业税，统一实行所得税制度。对农业统一征收所得税是世界各国的通行做法。取消现行按土地面积和常年产量征收的农业税制，改按农业净所得征收所得税，是现代农业经济发展的客观要求。实行所得税制度，允许农业生产的各项投入，包括劳动力成本、生产资料成本等等的扣除，仅对净所得征税，有利于减轻农民负担，有利于农村稳定和农业经济发展。为了适应当前农民分散经营的特点，在所得税制运行的初期，可以考虑在农产品的收购、加工环节征收。
2.完善与农业相关的增值税制度。（1）对农业生产资料实行增值税零税率政策。为了解决农民承担的生产资料中增值税的转移负担问题，可以采取对农业生产资料实行零税率的政策，在农业生产资料进入农业生产环节退还各加工环节的增值税，使农业生产资料以不含税的价格进入农业生产领域。（2）降低农产品加工环节的增值税税负。我国的现实国情决定了我们既不能走美国的家庭农场式的经营模式，也不能走日本的小农户、高补贴的模式，而要走农业产业化经营的道路，即“公司加农户”为主体的农业产业化经营模式。通过资金投入、市场培育、科技创新、成果转化、政策扶持等手段，不断壮大龙头企业的实力，带动更多的农户和生产基地的发展。这个产业的发展，对于农村的稳定、农民的增收具有重大的现实意义。按现行增值税的规定，对农产品实行免征增值税的政策，但这一政策并不能给农民带来实际利益。同时由于免税农产品不能开具增值税专用发票，以农产品为原料的工业加工环节只能按10%的抵扣率抵扣进项税额，存在抵扣不足的问题，增加了以农产品为原料的工业企业的增值税负担，即使工业加工环节没有实现增值，即原价进、原价出，也会缴纳4.53%的增值税[价格÷（1+17%）×17%-价格×10%]或1.5%的增值税[价格÷（1+13%）×13%-价格×10%]，由此可见，农产品加工业的税负明显要高于其他加工业。据调查，浙江省一般加工企业的增值税税负在4%左右，而农产品加工企业的税负在6%以上，税负明显偏高，制约了“订单农业”的发展。为了消除农产品进入工业加工环节的税收障碍，减轻工业加工企业的增值税负担，应当对农产品及农产品加工环节的增值税政策作统一调整：取消对农产品免征增值税的政策，对进入工业加工环节的农产品在收购环节按13%的税率征收增值税（可以由税务机关代开增值税专用发票），并实行即征即退的政策，同时对工业加工企业取消按农产品收购价格的10%抵扣的政策，改按增值税专用发票注明的13%税率作为进项抵扣。
3.对出口农产品实行零税率政策。 加入WTO后，我国农业将面临严峻考验。为了提高我国农产品在国际开放市场中的竞争力及加入WTO后的应变能力，考虑到WTO允许对出口货物实行零税率、发达国家对农产品进行财政补贴及我国农产品出口退税率较低的实际情况，我国应在上述农业增值税政策调整的同时，对出口农产品实行零税率政策。
主要参考资料：
中国社会科学院农村发展研究所和国家统计局农村社会经济调查队著《2000年～2001年：中国农村经济形势分析与预测》（社会科学文献出版社2001年出版）。