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一、烟叶税的功能与意义
烟叶税的诞生既是税制改革的结果，也是国家对烟草实行“寓禁于征”政策的延续。农村税费改革后，基层政府的财力受到了较大的削弱，特别是对经济发展相对落后的西部地区来说更是雪上加霜。在一些地方基层政府独享税种税源零散、收入少、征管难，还不能承担财政支出的情况下，烟叶税作为一个与地方经济发展、产业结构紧密相关的特色税种理应得到发展和壮大。
首先，烟叶税独立征收后，其性质由农业税变为商品税，烟叶收购中所开具的发票成为增值税抵扣的依据，使烟叶税与增值税的征收紧密相连，但它又延续了烟叶特产税的税收分配办法，其收入全部归地方政府。这不但起到稳定地方财政收入的效果，也有利于充分调动地方政府发展特色经济的积极性。其次，烟叶种植主要分布在贫困的边远山区。据统计，全国510个种烟县中有185个县属国家扶贫开发重点县，其他有相当一部分属省级扶贫县，这些地区商品经济发展滞后，工业基础薄弱，且引资能力较差，传统的商品税难以发展成为地方支柱税种。再次，烟草制品的市场需求弹性较小，烟叶需求量能够长期保持稳定。烟叶税是增加地方政府财政收入的有效方式，既有助于缓解地方财政的压力，也有利于地方经济健康发展。最后，烟叶税的征收成本低，有利于税收的征管。烟叶税的开征并没有明显增加地方税务局的行政成本，地方税务机关并没有因新税种的开征而另设机构：由于烟叶收购期、收购点都较为集中，地方税务机关也能够及时、准确地掌握税源情况，并组织人员进行征收。
二、存在问题
（一）烟叶生产补贴缺乏制度规范，扭曲了烟叶税计税价格
由于地区间生产条件存在一定的差别，各省对烟叶生产的产前补贴也各有高低，如对烤烟生产的化肥、农膜、农药、烤烟用煤等农用物资进销差价的补贴，对烟田水利、道路等基础设施的补贴等，造成地区间烟叶生产边际收益的差异。而这些补贴缺乏严格的制度规范，基本采用一年一定的方式，不但不利于烟叶种植的长期发展。也不利于烟叶税的征收工作。此外，由于这些补贴多是由收购商在产前或产后以实物的形式提供给烟农的，很难在收购价中体现。地方各级政府为了提高烟农的种烟积极性，安排的烟叶生产补贴除了包括上述省级政府要求的明补外。往往还安排了一定的暗补，这必然使烟叶税计税价格与实际情况不相符合，从而造成税源流失。
（二）烟叶税征管中存在的问题
作为一般纳税人的烟草公司在收购烟叶时必须向出售人开具农产品收购专用发票，该专用发票是计算烟叶税和增值税进项税额的法定凭证。然而，在实际操作中诸多因素影响了发票的开具工作，进而影响税收的征管。一方面，由于大多数烟叶的出售人是自产自销的农民，很难或不知如何提供有效证件，使得收购人难以及时开具发票；另一方面，大多数烟农纳税意识薄弱，在收到货款后也不主动向收购商索要发票，这使得交易方的监督失去了作用，增加了税务机关的稽征成本；第三，由于烟叶交易双方的购销关系基本为现金交易，税务机关也难以准确掌握烟叶交易实际发生额，从而有可能造成税收的流失。此外，按政策规定，专用发票上应注明农产品品名、计量单位、数量、单价和金额，有些地方还要求逐笔开具，不能由多个出售人汇总开具等等。这些规定与客观条件有较大的偏差。也给专用发票的开具带来困难。
三、对策与建议
（一）改革烟叶收购价格制度，保障烟农经济利益
笔者认为，应有条件地放开烟叶收购价格。烟草行业不同于其他行业，它由国家专卖，属于国家垄断性质，如果完全放开烟叶收购价格有可能会出现价格扭曲的现象，即价格无法反映市场的供需情况。为此，政府可以通过规定各种烟叶的最低收购价格以保护烟农的基本利益。同时，由于烟叶种植极易受到自然环境变化的影响，烟叶生产的不确定性因素很多，为了减少烟农种烟的风险，稳定其生产积极性，也需要最低收购价格作为保障。
（二）进一步改革烟叶生产补贴政策，完善烟叶税的计税依据
为了给烟叶种植创造－个稳定的政策环境，避免烟叶税的流失，可从以下三方面着手来完善烟叶补贴政策：
1.中央政府进行统筹和协调，将各地对烟叶生产给予的明补和暗补进行归类，制定统一完善的补贴项目和标准，对一些地方因特殊情况需要安排特别补贴的，应规定将该补贴标准控制在合理范围内。
2.在确定各省补贴标准的基础上给予各地一定的浮动空间，使各地能根据本省实际安排补贴政策。
3.以上年的通货膨胀指标、农业生产资料价格指标及农产品价格指标等与烟叶生产及烟农利益密切相关的价格指标为基础，建立烟叶收购参考价格和补贴的浮动机制，保障烟农利益不因市场价格的波动而受损。
（三）逐步建立起烤烟综合保险制度
烤烟风险直接影响烟农种烟的积极性，财政补贴、价格补贴等政策固然在一定程度上能够降低生产风险，但不稳定的政策因素难以维持烟叶生产的长期可持续性发展，建立烤烟保险制度可以消除烟农对种烟风险的顾虑，保护其应得的利益。由于烟叶生产涉及烟农、烟草企业及政府三方的利益，可考虑建立多层次的保险体系，即烟农白保、烟草企业与烟农共保及政府统筹保险。在一些地区已探索出一些成功的保险方式。例如，广西河池市烟草分公司的烟叶生产风险保障金制度，按合同面积每亩提取一定款项，存入专用账户，作为当年的烟叶生产风险保障金，主要用于对遭受自然灾害的烟农进行适当补偿及防灾救灾。再如河南内乡县的烟叶生产风险金机制是烟草企业与地方政府共担烟叶种植的风险。每亩每年征收10元，其中县财政负担2元、植烟乡镇负担3元、县烟草公司负担5元，每年10月底以前，足额筹措到位。实行专账专户，并成立基金管理理事会，理事会单位分工负责，强化管理，规范资金使用范围。对烟叶种植遭受不可抗拒的自然灾害，损失达到50%以上的烟田。由受灾乡、村写出申请，经理事会组织人员现场评估后，对受灾烟农给予一次性救灾补助。风险基金不透支，节余结转下年，滚动使用。
（四）改进烟叶税征管方式，提高税收征管效率
烟叶税的征管不仅关系到地方税收利益。也关系到整个烟草行业的税收链，而烟叶收购专业发票是承接两者的关键点，为做好烟叶税的征管工作，应该从以下几方面着手：
1统一全国农产品收购专用发票的格式和内容，对企业开具农产品收购专用发票的项目进行删减，以提高发票的开具效率。
2.允许收购单位在附有收购明细表的情况下汇总开具，这样既方便出售人销售。又方便企业收购业务的顺畅开展。
3.为加强对烟叶采购过程中现金流的监管，应要求各烟站收购资金的支付通过银行转账方式，这样可以减少采购人员通过虚开发票套取现金的行为，同时也可以有效减少由于实际现金流与票据不符造成的税收流失。