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1998年实施的包括财政总预算会计制度、行政单位会计制度和事业单位会计制度在内的预算会计制度体系，规范了各级政府管理部门在预算执行过程中的会计核算，已经取代传统的指令性计划、所有权控制和行政管制，成为各级政府施政的主要工具（王雍君,2007）。由于其会计核算和预算高度一致，当时对于适应市场经济，满足国家宏观调控和加强财政资金管理起了重要的作用。
随后由于市场经济的进一步发展，我国逐步开始进行部门预算、收支两条线、政府采购、国库单一账户制度等预算管理制度改革，预算会计的环境发生了巨大变化。由财政总预算会计制度、行政单位会计制度和事业单位会计制度所形成的三套会计科目和相应的会计报表体系所带来的会计信息越来越不便于新历史阶段的信息使用者的需要。这些会计信息不便于绩效考核，使得政府财政透明度不强，亟需改革。
为了使政府会计体系所提供的会计信息具有全面性和相关性，为了更好地完成政府职能(公共管理)转换及公共财政体制的构建，应建立政府财务会计。（徐公伟，2007）。同时，政府财务会计应和政府预算会计共同构成政府会计体系，并定期、全面、连续、系统反映和监督政府债权、债务、对外投资、现金流量、公共财产受托责任履行、政府绩效考评等情况，提供满足相关的会计信息。因此，研究这两者之间的关系至关重要。
一、二者之间的并存性
政府财务会计和政府预算会计存在着共同的会计主体，即政府部门和公共部门（包括履行政府职能的事业单位），而且就会计对象而言，都要对政府部门的财政资金的运动情况进行反映，二者应在相当长的时期内并存，而且预算会计并不随之取代，而是应该加强。
（一）总的来说，我国所处的会计环境和会计目标决定了二者之间的并存性
会计理论研究起点必须是主观和客观的结合，不能割裂一方。在会计理论体系中最客观的莫过于会计环境，而最主观的莫过于会计目标，所以，会计环境和会计目标结合起来才是会计理论研究的起点 (杨月梅，1998)。而会计环境不同，会计目标也不同。会计环境的变迁是会计目标进步与发展的第一推动力（牛清霞，2008）。从这个角度着手来考察这个问题，首先我国的会计环境正处于不断的变迁中，过去几十年我国实行的是计划经济体制，经济高度集中，绝大部份的资源是由政府所拥有的，并且是由政府所指令而分配资源的，基本不受市场影响。目前，我国正处于漫长的市场经济转型时期，市场经济体系只是初步建立，远未成熟，资本市场、金融市场不完善，各项交易也不够规范，会计还做不到如实反映的地步，由此产生的会计信息还远远达不到国际上所要求的高质量的会计信息水平。
这就决定了我国政府会计的目标不能仅仅用以前那种单一满足预算的想法来考虑，也不能盲目地抛弃从预算的角度来看政府会计的思路。政府会计的目标应定位为：既要满足国家宏观经济管理和预算管理的需要，又要满足政府公共管理的需要,向政府、立法机构和其他信息使用者提供以财政资金收支信息为主，同时提供财务活动和结果方面的信息。也就是应将政府财务会计也纳入政府会计之中，实行以预算会计为主、预算会计与政府财务会计相结合的模式,这种模式才符合中国政府会计目前的改革趋势。
（二）具体分析
具体而言，我国所处的会计环境和会计目标带来了以下几个方面的影响，使得政府财务会计和政府预算会计反映的侧面不同，因此不能相互替代，这里分别加以说明。
1.会计环境不同，对信息使用者的要求也不同。中国政府外部环境的变化，决定了立法机构和管理部门是主要的信息使用者，而其他的外部使用者尚处在成长阶段，尚未构成信息使用的主导力量(王晨明，2007)。也就是说，政府财务会计的信息使用者包括立法机构和管理部门，以及其他的外部使用者，而政府预算会计的信息使用者主要包括立法机构和管理部门，我国的外部环境决定着政府财务会计和政府预算会计有着不同的信息需求对象。
2.政府财务会计反映的是政府整体财务运行状况的全貌，具有系统性，完整性，全面性，而政府预算会计则有着政府拨款(appropriation)、承诺(commitment)、核实(verification)和付款(payment),构成支出周期中此消彼长、相互继起的四个阶段（王雍君，2007），具有较强的计划性，目的性，专门反映政府预算方面的情况，也是政府会计不可或缺的部分。
3.政府财务会计能提供和反映政府有关部门的财务状况及成果等方面的全面信息，并可利用财务指标进行分析，可用于全面考核和综合评价；而政府预算会计专门针对政府有关部门的预算情况，确认、计量、记录和报告当年的预算收支及结果，以满足政府财政部门、各级政府之间以及立法机关等相关方面考核政府公共财产受托责任履行情况，是一种上级对下级的必要考核。
(三)政府财务会计和政府预算会计应当在相当长的时间并存
笔者认为，我国的政府会计改革宜考虑分几步走。
我国是一个政治稳定，经济持续正常发展的国家，在与国际接轨的今天，总的会计环境不会有太大的变化，此时既需要监控预算期内财政资金的分配和使用情况，又需要总的政府财务会计方面的信息，在此情况下，应以预算会计为主，财务会计为辅。目前正处于政府会计改革的关键时期，政府预算会计非但不能削弱，在短期还应加强，以确保预算的落实和执行。随着市场力量逐步增强、法制建设逐步完善和政府职能逐步转换，建立透明政府、绩效政府的目标进一步实现，应循序渐近地过渡到以财务会计为主，预算会计为辅的局面,以适应新时期的需要。
二、二者之间的协调性
在政府财务会计与政府预算会计并存的同时，也要正确地协调好二者之间的关系。
（一）协调的原因
会计作为一种通用的商业语言，旨在让信息使用者更好地理解其特点。同时政府财务会计和预算会计,作为政府会计的两个重要的组成部分,需要有沟通的纽带，也就是应该在某些内容上具有一定的协调性，乃至一定程度的统一性。这样，才能更好地使我国的政府会计体系满足有效地进行政府公共管理改革,建立高效,高透明度的政府的需要。
（二）协调的主要内容
1.会计基础的协调。根据政府会计的目标，政府会计应提供以财政资金收支信息为主，同时提供财务活动和结果方面的信息。一般而言，预算会计应以收付实现制为基础，政府财务会计则以权责发生制为宜，这两者使用的会计基础不一致。
2.会计记账的协调。原有预算会计要素划分为资产、负债、基金（净资产）、收入和支出五类，这是以提供预算执行情况的会计信息为目标设置的，服务于政府预算管理。而政府财务会计需要提供政府有关部门所有的公共财务资源的交易或事项，其会计要素设置上应有区别，当然作为由会计要素设置的会计科目应有所不同。
3.会计报告的协调。原有预算会计制度的财务报告主要是反映预算会计信息，会计报表包括资产负债表、收入支出表和预算执行情况表及附表、会计报表说明书几项，而政府财务会计要求所披露的财务信息内容较完整，有利于人们了解政府的财务状况和财务业绩，它不仅要包括一系列具有一定层次构成的反映政府财务状况的会计报表和反映资源流动的会计报表外，还要包括成本费用情况的分析、财务报表附注以及有助于政府会计目标实现的补充信息等。
(三)协调的思路
1.采用基金会计。可以考虑借鉴美国政府会计的做法，按照不同业务的性质，将基金看作会计主体，反映每一基金的资产、负债、收入、支出和结余等情况，形成自我调节，自我平衡的账户体系，再分别在政府预算会计和政府财务会计中应用，以满足政府职能转变的需要。
2.政府财务会计采用修正的权责发生制和预算会计采用收付实现制相结合。最常见的应计制修正形式是对资产和负债的确认范围作出限制，对确认上存在技术难度、计量成本过高或对政府财务管理影响不大的资产和负债不予确认(荆新，高扬，2003)。政府财务会计为了全面，系统连续地反映政府经营及财务活动状况，目前以修正的权责发生制为宜；而预算会计应以收付实现制为基础。这样一方面既能反映整个预算资金的连续运动及积累的结果，又能客观、真实地反映政府整个财务状况。至于二者之间的衔接，可暂时采用调整账户做过渡，其中必要时可采用计算机技术来编制软件进行协调。
三、结语
从政府会计改革的总体趋势来说，我国政府财务会计与政府预算会计之间既要并存，又要协调。我国所处的会计环境和会计目标决定了二者必须并存，而政府会计要成为一个完整的体系，二者又必须协调。做好以上工作将有助于使我国政府会计迈向一个管理更规范化，制度更明晰化的新台阶。