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据统计，2001～2007年外贸净出口对我国国民经济的贡献率已由-0.1%增加到23.7%，对国内生产总值增长的拉动率也由0增加到2.7%，这意味着对外贸易对我国国民经济的发展产生了越来越重要的影响。其中，加工贸易项下净出口的迅速增长已成为近年来我国贸易顺差快速累积的重要原因，也是推动我国对外贸易规模快速扩张的首要贸易方式。虽然2007年以来，由于人民币加速升值以及加工贸易新政策不断出台等因素的影响。自2008年一季度始，加工贸易出口增速明显回落，但截至2008年6月加工贸易项下实现的贸易顺差仍达1109.1亿美元，远高于一般贸易项下实现的贸易顺差91.8亿美元，由此可见，加工贸易仍是推动我国外贸出口增长的重要动力。转变加工贸易增长方式，对于改善我国对外贸易发展质量，促进我国经济又好又快发展有着至关重要的意义。
（一）国产料件与进口料件的双重税收标准
我国当前的投资、税收等政策基本都向下游最终产品倾斜，而对中上游产业重视不够，政策扶持力度不强，从而在一定程度上导致我国基础原材料、中间投入品等国产料件与国外产品相比缺乏技术含量、工艺质量不高、竞争力弱。加之，我国目前的加工贸易税收政策免征进口料件关税与增值税以及出口产品的增值税，而对国产料件不实行免税优惠，对境内结转的上游企业也不实行出口退税，进一步降低了国产料件的竞争力，导致加工贸易企业不愿使用国产料件。根据现行的加工贸易税收政策，加工贸易项下出口的应税商品，如系全部使用进口料件加工，出口时则不征收出口关税；如系部分使用进口料件的，则按海关核定的使用国产料件的价值比例征收出口关税。来料加工企业使用国产料件的进项税额应计人生产成本，不免也不退：进料加工企业使用的国产料件可以按“免、抵、退”办法退税，征税率与退税率的差额部分转入成本。近年来，随着我国出口退税率的不断下调，特别是2007年我国对2000多种产品的出口退税率进行了调整，进一步降低了我国平均出口退税率水平，从而使进料加工企业使用国产料件所承担的税负水平远高于进口料件，导致更多加工贸易企业通过选择不使用国产料件的来料加工贸易方式降低税负，这显然不利于我国加工贸易整体附加值的提高，也不利于我国原材料和中间投入品竞争力的提高。
（二）对产业链条上高附加值环节的扶持不足
目前的加工贸易税收政策主要针对加工贸易的生产环节，没有体现对研发、设计、营销、物流配送以及品牌创立等上游与下游产业链的鼓励与扶持。例如，我国的仓储费用相对较低，故而某些国外采购商要求加工贸易企业将产品运至保税区内的仓储企业即可，然后按需运输离境。但国家税务总局《关于出口货物退（免）税管理有关问题的通知》（国税发[2004]64号）规定，经保税区销售给外商的货物，保税区海关必须在货物全部离境后方可根据货物进入保税区的日期签发出口货物报关单（出口退税专用），同时又要求出口企业必须在报关出口之日（以出口货物报关单<出口退税专用>上注明的出口日期为准）起90天内。到退税部门办理出口货物退（免）税手续，这样就可能造成出口企业获得出口货物报关单（出口退税专用）时已超过退（免）税申报期或所余时间太短而无法办理退（免）税手续，从而不利于加工贸易企业向仓储、运输等下游产业链延伸。虽然2005年国家税务总局修改了此项规定，作出了《关于经保税区出口货物申报出口退（免）税有关问题的批复》（国税函[2005]255号），允许加工贸易出口企业以最后一批出口货物的备案清单上海关注明的出口日期为准申报退（免）税，但仍延长了这些企业获得退免税款的周期，在一定程度上挤占了企业周转资金。
深加工结转是加工贸易企业将保税进口料件加工的产品转至另一加工贸易企业进一步加工后复出口的经营活动。深加工结转既有利于延长加工贸易产品在我国的生产链条，又利于加工贸易企业的国内采购，提高产品的增值率。根据目前的有关规定，海关对深加工结转业务视同进出口贸易实行保税监管，即并不对该项业务征收任何进出口税费；但是，根据《财政部、对外贸易经济合作部、国家税务总局关于1993年12月31日前批准成立的外商投资企业有关税收政策问题的通知》（财税[1998]184号）的规定，外商投资企业（1993年12月31日前成立的外资企业）实行不征不退的政策于2000年12月31日止期满，之后对所有企业的深加工结转业务都视同内销先征税，然后再在出口环节办理退税，并且对深加工结转环节使用的国产料件不予办理出口退税。但实际上，各地区税务部门对深力加工结转业务的处理并不一致，有的地区仍只对外商投资企业之间的深加工结转业务免税：有的地区则对所有企业之间的深加工结转业务实行不征不退；还有的地区对所有企业的深加工结转业务都实行先征税再在出口环节退税。显然，这不仅人为造成了企业之间的税收待遇差别，形成不公平竞争，而且还加剧了地区税收负担差异。例如，广东等沿海地区可利用靠近港、澳的地理位置优势，通过出口复进口的方式规避深加工结转的税收成本，而其他地区的加工贸易企业，尤其是中西部地区的企业则只能承担此税负。
如果对所有的国内深加工结转业务统一征税，不仅导致加工贸易税收政策互相抵触，即进料加工直接出口实行退（免）税政策，而间接出口实行征税政策；也不利于延长加工贸易产品国内深加工结转的链条，增加了配套要求高、附加值高的加工产品的结转成本，特别是由于海关对进口料件保税，造成上游企业无进项税额可抵扣，加重了上游加工贸易企业的税收负担。但是，如果对所有的国内深加工结转业务实行免税，虽然可解决征税带来的问题，并利于深加工结转业务的开展，促进加工贸易转型升级，但也不可避免地导致一定程度的税款流失。
目前的税收政策规定，外商投资企业不仅享有来料加工进口料件在进口、生产、销售等环节的免税政策，以及进料加工进口料件不征不退、国产料件退（免）税政策，外商投资企业投资的项目只要符合《外商投资产业指导目录》中鼓励类或《中西部地区外商投资优势产业目录》的产业条目的，其在投资总额内进口的自用设备及随设备进口的配套技术、配件、备件，除《外商投资项目不予免税的进口商品目录》所列商品外，均免征关税和进口环节增值税。该项税收优惠政策也适用于2002年4月1日以前批准的外商投资限制乙类项目，以及1996年4月1日以前批准的外商投资项目。这些仅针对外商投资企业的税收优惠政策成为外资大量进入我国加工贸易业的重要因素。据统计，2008年1～2月，东部地区加工贸易进出口总额的85.2%由外商投资企业完成，对东部加工贸易增长的贡献率高达81.6%；而同期国有企业在东部加工贸易进出口总额的比重则由2007年同期的9.1%降至8.9%.
我国目前有较多类型的海关特殊监管区域，如保税区、出口加工区、保税物流园区、保税港区、保税物流中心等，其中具有保税加工功能的出口加工区、保税港区以及综合保税区对促进我国加工贸易的发展有着至关重要的作用。应当承认目前的加工贸易税收政策越来越倾向于鼓励加工贸易企业入区发展。例如。根据出口加工区、保税物流中心（B型）、保税港区等的税收管理办法，区外企业运入区内的货物视同出口，准予按照有关规定办理出口退税；区内企业销售给区外企业的货物视同进口，当该区外企业开展加工贸易时，准予其按照加工贸易保税政策执行，从而在一定程度上解决了加工贸易企业深加工结转业务所面临的税收问题，即上游企业的货物入区就可以获得退税，而下游企业从相应园区（或中心）进口货物并获得发票，即可向海关办理“进料加工”并享受进口料件保税，从而减轻了这类企业的税收负担。此外，根据最新规定，出口加工区等具有保税加工功能的区内生产企业在国内采购用于生产出口产品的并已取消出口退税的成品革、钢材、铝材和有色金属材料（不含钢坯、钢锭、电解铝、电解铜等金属初级加工产品）等原材料，进区时准予按增值税法定征税率获得退税，从而提高了区内企业采购国产料件的积极性。2008年前两个月的统计数据显示，加工贸易项下实现的进出特殊监管区域贸易总额为111.4亿美元，同比增长45.4%，占同期进出特殊监管区域贸易总额的63.9%.
但是，我国目前的特殊监管区域税收政策仍有不完善之处。如根据规定，保税区、出口加工区内企业内销制成品补税时，其完税价格按制成品的成交价格审定；而区外企业内销制成品时，则按料件的原进口成交价格或与料件相同或类似的进口货物的成交价格审定。一般情况下，制成品的成交价格要高于料件的成交价格，而且根据关税升级理论，制成品的进口关税税率一般也要高于料件的进口关税税率，这显然对出口加工区、保税区内的加工贸易企业不利。这种税收政策的不完善加之加工贸易新政策的出台，导致特殊监管区域内加工贸易进出口有所萎缩，2008年前两个月的统计数据显示特殊监管区域内加工贸易进出口总额为54.6亿美元。同比下降4.9%。
（一）加强与产业政策的配合
加工贸易税收政策应注重与产业政策的协调、配合。从而有助于转变加工贸易增长方式，促进加工贸易产业升级与结构优化。加工贸易税收政策应对加工贸易项目实行有区别的税收优惠政策，例如对符合我国《外商投资产业指导目录》和《当前国家重点鼓励发展的产业、产品和技术目录》的加工贸易进口料件与出口产品，给予进出口税收优惠；取消或适当降低不符合产业政策要求的加工贸易项目的进口税收优惠与出口退税。为促进我国加工贸易由劳动密集型向技术、资本密集型产业升级，税收政策应鼓励加工贸易企业使用符合我国产业政策要求的技术含量高的进口或国产机器设备，通过减免进口关税、增值税，或对采购的国产设备给予出口退税，或允许企业加速折旧等方式，降低此类加工贸易企业的实际税负。税收政策还应鼓励服务加工贸易的发展，特别是为促进东部发达地区加工贸易转型，对符合条件的服务加工贸易企业给予一定期限的营业税、所得税减免。
（二）促进国产料件竞争力的提升
鼓励加工贸易企业更多地使用国产料件有助于提高加工贸易增值率，促进基础原材料工业与中间品工业的发展，实现国家产业结构优化。
1.税收政策应增加对原材料、中间投入品等中上游产业的扶持力度，通过鼓励投资、鼓励研发等税收优惠措施，扶持这些产业的发展，为提高我国国产料件的竞争力奠定基础。
2.加工贸易税收政策应给予符合条件的国产料件与进口料件相同的税收待遇，将退免税政策扩大到国产料件，并统一来料加工与进料加工的税收政策，对符合技术标准的进料加工企业使用国产原材料的出口产品足额退税，以保证出口产品国内增值的零税率，提高加工贸易企业使用国产料件的积极性，进而促进我国中上游产业的发展。
（三）推动加工贸易产业链的国内延伸
开展加工贸易最主要的目的就是通过加工贸易企业的示范效应、关联效应与溢出效应，带动国内相关配套产业的发展。这一目标的实现是以延长加工贸易国内产业链以及提高加工贸易国内产业关联度为基础的。
1.为鼓励加工贸易企业设立国际采购与配送中心，提供海外销售网络和营销渠道的信息服务与中介服务，扶持加工贸易产业链向附加值较高的两端延伸，加工贸易税收政策应对加工贸易企业为境内外公司提供的采购、销售、物流、信息、决策咨询、研究开发等经营性服务的盈利给予减免税优惠；允许经主管部门认定的加工贸易企业享受高新技术企业税收优惠政策；加工贸易企业研发机构实际发生的研发费用，准予全部进入成本，实行税前列支。
2.政府必须综合权衡政策执行成本与经济发展，制定完善的深加工结转税收政策，促进加工贸易转型升级。可以先有选择地对部分企业或行业实行深加工结转免税政策，通过主管部门认定，对符合加工贸易转型升级要求的行业，历年纳税评估与海关分类级别均较高的企业实行深加工结转免税政策，并对这些企业列名公示，寻求社会、税务、海关以及商务主管部门的共同监督。
3.规范外商投资企业税收政策，扶持内资企业成为加工贸易主体。为充分利用加工贸易的产业关联效应，提高本土企业的国际竞争力，首先，应规范外商投资企业税收政策，提高引进外资的质量，实现内外资企业的公平竞争。新《企业所得税法》取消了对外商投资企业的所得税超国民待遇，统一了内外资企业的所得税制度与税收优惠，利于内资企业直接参与加工贸易竞争；对于仅利用我国劳动力资源优势的低端、粗放的加工贸易项目应考虑减少或取消其税收优惠。其次，给予民营企业更优惠的税收政策，扶持民营企业发展加工贸易配套产业或服务。进而提高民营企业的竞争力。税收优惠政策应改变过去按所有制成分区别对待的状况，改变民营企业的不公平待遇，特别是应对为加工贸易提供配套产品或服务的民营企业，给予更多的所得税、流转税优惠措施。最后，制定税收政策，鼓励、扶持国有企业直接参与加工贸易竞争或发展境外带料加工贸易，掌握加工贸易主导权。对于符合条件的经主管部门认可的大型国有企业开展的境内来料或进料加工贸易，应比照外商投资企业的税收政策执行，从而促进这些企业参与加工贸易的积极性，形成对外资的良性竞争；对企业的境外带料加工贸易不仅允许其享有出口退税，而且对其境外所得给予一定的所得税减免。
通过完善出口加工区、保税港区等特殊区域的税收政策，引导加工贸易企业进入这些特殊区域从事生产、加工等业务，不仅有利于加强海关对加工贸易的监管，提高管理效率，也有助于提升加工贸易的产业集群效应，更好地发挥加工贸易的经济带动与关联作用。因此必须优化特殊监管区域的税收政策与制度，例如允许出口加工区等区内加工贸易企业产品内销时按照料件入区时的原始状态及其退税率，补缴有关增值税和其他进口税费，从而改变不利于区内加工贸易企业的状况。
我国目前对小规模纳税人出口实行免税但不退税的政策，当出口退税率与征税率相当时，一般纳税人与小规模纳税人出口税负也相当。但随着我国出口退税率的降低，征税率与退税率差距扩大，实行“免、抵、退”的一般纳税人的税负有所增加，从而导致有些进料加工贸易企业出于避税目的而有意识地选择成为小规模纳税人。因此，有必要对小规模纳税人出口企业实行先征后退政策，从而将其纳入税务机关监督，避免小规模纳税人成为加工贸易企业的“避税角落”。
（六）鼓励西部地区开展加工贸易
为鼓励东部加工贸易转型，形成有利于我国产业发展的产业分工体系，加工贸易税收政策应引导并扶持加工贸易产业向中西部地区梯度转移，从而充分利用各自地区优势，实现东中西部地区的协调发展。这不仅有利于优化和完善我国加工贸易产业结构与布局，而且有助于保障全国各地区都能从加工贸易发展中获得更多的经济利益，避免“贫困化增长”的陷阱。
为鼓励中西部地区发展加工贸易。税收政策应放宽对中西部地区加工贸易企业境内采购的限制，给境内、境外采购以同等的税收待遇；为降低物流成本。税收政策可允许一定比例的内销，并鼓励加工贸易企业向中西部地区的特定区域转移，形成以点带面的局面；对中西部地区承接东部地区的部分劳动密集型、资源（能源）消耗型加工贸易产品暂缓降低或取消出口退税率，并由中央财政承担全部退税款；对中西部地区技术含量较高的特色农产品加工或资源性产品深加工给予更多的税收优惠等。