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对于中小企业会计电算化存在问题的归纳有以下的几点：一是对会计电算化重要性的认识不到位；二是选择不适合的计算机硬件和财务软件；三是会计电算化信息存在较大的安全隐患；四是会计电算化相关制度不够完善；五是中小企业会计人员素质不高，难以满足信息时代电算化处理的要求。
一是对会计电算化重要性的认识不到位（会计电算化和传统会计的区别及重要作用）。随着计算机在会计的广泛应用，这一切都将成为历史，电算化会计档案都存放在电脑硬盘等设备中，这些设备的存储密度，是以往任何一种会计档案所不能比拟的，查询速度快、检索能力强，可以快速传递会计信息。会计核算工作数据是非常大的，对准确性要求又非常很高，要求提供会计信息的时间性较强。而电子计算机具有高速度、高效率和高容量的特点，对于数据的记录、 汇总排列、查询和对和存贮分析等方面，比手工操作的速度能够提高成千上万倍，并可随时从计算机中获取有关会计数据，能够大大提高会计数据处理的实效性和准确 性、提高会计核算的水平和质量、减轻会计人员的劳动强度，提供会计信息的及时性也能够得到充分保证。其次，数据处理程序具有新的特点。电算化会计数据处理程序与传统会计不同。在传统会计中，针对企业的生产规模、经营方式和管理方式形成的特征，必须采用与之适应的不同的账簿组织形式、记账程序和记账方法。而在电算化会计中，由于数据处理的精度高和速度快，可以采用一种统一的核算形式。而且由于计算机处理数据差错的概率小，没必要像传统会计那样，在数据处理过程中，进行各种核对，如账账核对、账证核对、账表核对。现在的会计人员应该有过这种体验：到了月底对账时，为了几分钱的差额而必须翻遍所有的凭证、账册。传统手工会计由于各人、各企业习惯不同，形式多样，有很大的人为因素，无法做到全行业的同一。而利用电子计算机对经济业务进行账务处理，能够为全行业提供一个统一的标准，是会计核算工作更加规范化，有助于进行统一规范的经营管理，完善对经营管理的要求，提高会计核算工作的质量和经营管理的水平。
二是选择不适合的计算机硬件和财务软件。目前，大多数企业用的是用友、安易的软件，对各类企业提供通用版本难免产生问题，还有不少中小企业片面追求功能强大、界面华丽，结果导致了很高的购买成本，即花费高额的费用在这些根本用不上的功能上。再者这些通用软件不仅带来了安装调试上的冗长和复杂，更带来了日常操作中不必要的烦琐和延误。另一方面，由于中小企业人力资源相对不足，也无法顺利使用会计点算化软件提供的一些复杂功能，这些都影响了软件应有功能的有效发挥。
三是会计电算化信息存在较大的安全隐患。财务数据是企业的秘密，在很大程度上关系着企业的生存与发展。在会计电算化环境下，电子符号代替了会计数据，磁介质代替了纸介质，财务信息面临安全风险。目前，我国的财务软件生产还处于模仿和加工阶段，没有形成一定的产业规模，多数财务软件的开发都是把重点放在理财和提供多功能管理和决策上，很少放在数据的安全保密上。随着网络经济时代的到来，在给企业带来无限商机的同时，网络财务面临的最突出问题就是安全问题。
四是会计电算化相关制度不够完善。许多会计电算化单位没有严密的基础管理工作制度。首先，在人员分工上，企业对会计电算化操作人员与系统维护人员等岗位没有严格权限限制措施，操作员密码公开或不设密码，为越权使用和篡改数据留下隐患。特别是中小企业内部控制十分不完善，使得会计电算化不能正常健康运转。
五是中小企业会计人员素质不高，难以满足信息时代电算化处理的要求。缺乏进行会计电算化操作的专业人才成为中小企业快速实现会计电算化的障碍，作为一个综合性的财会专业人才，需要具备计算机、会计、管理等多方面的专业知识，实现从满足手工会计的需要到适应会计电算化普及的过渡。目前，中小企业会计人员素质偏低，难以满足信息时代电算化处理的要求。许多单位的电算化人员是由过去的手工会计、出纳等经过短期培训而来，他们在使用微机处理业务的过程中大多数是除了开机使用财务软件之外，对微机的软硬件知识了解不多，不能灵活运用软件处理的会计数据进行财务信息的加工处理。当计算机运行出现问题时，计算机维护人员又大多是计算机专业出身，对财务知识又不甚了解，所以不能够把计算机知识和会计等财务知识融合在一起。
中小企业规模跨度大，生产经营特点千差万别，经济实力大相径庭。中小企业在实施电算化的时候，要根据本企业自身的实际情况，选择合适的电算化模式。目前有3种模式可供中小企业选择：一是企业自己构建会计电算化系统模式，二是在线租用财务软件模式，三是代理记账模式。
（一）构建会计电算化系统模式
构建会计电算化系统，是指企业购买实施会计电算化所需的各种软、硬件系统，建立健全会计电算化各项管理制度，组织实施人员培训，自己负责会计电算化系统日常运行、系统维护等工作。该种模式要求企业有较充足的资金，对实施会计电算化有正确认识，能够正确构建计算机软硬件系统，有健全的会计电算化内部管理制度，更重要的是要求企业具备较高水平的会计电算化管理人才，能够解决会计电算化系统日常运行中出现的各种问题，能够进行电算化系统分析，充分利用会计电算化系统帮助企业预测、决策。这种模式的优点是能够充分满足企业需要、数据安全可靠。缺点是资金投入较高，要求具有较高水平的财会人员以及健全的企业管理制度。
（二）在线租用财务软件模式
在线租用财务软件模式，是指用户通过网络租用财务软件，直接在网络上运行软件来完成会计核算以及其他财务管理工作，这种应用软件服务模式被称为在线租用财务软件方式，也叫ASP（Application Service Provider，应用服务供应商）模式。在这种模式下用户不购买安装复杂的计算机软、硬件系统，只需一台能够上网的计算机，调用租用的该站点上的财务软件，就能进行填制凭证、记账等各项财务工作。
在线租用财务软件模式的优点：一是节约资金投入。如租用财务管理模块，月租金一般在100元左右，进销存模块的租金一般在每月300元左右。二是降低了企业管理标准。在ASP模式下，软、硬件系统的日常运行和维护升级等工作都由ASP服务商负责，这样用户就避免了大量的会计电算化系统的管理工作。三是通过网络接入服务，突破地域限制，真正实现客户的移动办公梦想。
该模式的缺点：一是财务信息的安全性可能较差。企业财务信息是以电子数据的形式保存在ASP服务平台上，由ASP服务商统一负责安全保管，可能会产生信息泄密的情况。二是网络响应速度可能较慢。在ASP模式下，很多用户通过拨号方式访问ASP服务平台，过多的用户同时登录系统可能会使服务器响应速度较慢而造成网络阻塞，导致信息处理速度较慢，影响企业的业务处理进度。不过随着网络的发展和宽带接入成本的降低，这个缺点可能会很快克服。
（三）代理记账模式
代理记账模式，是指中小企业自己不进行会计电算化业务处理，而将相关工作交给有代理记账权限的代理机构完成，中小企业按期支付代理费用。经济业务发生后，企业将原始凭证交给代理机构，由代理机构在会计电算化系统上进行业务处理，产生电子数据。代理机构负责系统的安全运行和维护升级等工作，由代理机构负责财务信息的备份、档案管理等工作。中小企业可以根据自己的需要在代理机构的系统上查询财务信息，甚至由代理机构负责进行财务分析等。
该模式优点：一是节约资金投入。在代理记账模式下，中小企业和代理机构签订代理合同，中小企业只需根据合同规定支付代理费用，一般一个月300～1000元。二是降低企业管理标准。在代理记账模式下，会计电算化系统的运行、维护等工作由代理商负责，企业在此方面不需制定任何管理制度。企业的纳税申报等工作均由代理机构负责，如发生延迟纳税而罚款等事项，可由代理机构承担，中小企业可以将精力完全放在业务经营管理上。三是业务处理规范。代理机构经过财政部门审批，业务处理能够按照会计制度规定规范进行，能够最大限度地避免中小企业由于财会人员素质较低而产生的会计信息失真现象，有利于企业利用财务信息加强企业管理，进行预测决策。