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在手工会计中，审计线索包括会计凭证、会计账薄，会计报表等会计资料，这些资料都是纸质的，每笔交易都有一个完整的审计线索，审计人员根据这些资料来检查会计信息是否公允、会计处理方法和会计政策是否一贯、财务收支是否合法。但是会计电算化中，会计人员只需录入原始数据，就能自动生成财务报表、总分类账、明细账，中间会计处理由计算机按程序自动完成，传统的审计线索中断消失，审计中即使发现可疑之处，对其进行追查也是比较困难。
会计电算化下数据处理环节减少，并且由计算机接程序自动集中处理，尤其是许多会计软件有取消出纳签字、取消审核、反记账和反结账的功能，这些功能可以对会计资料进行无痕修改。会计电算化应用程序被人非法篡改，嵌入非法程序，使得计算机只会按照给定的程序处理会计事项，造成资产的不明流失。这些都加大了审计的难度。
传统的审计在实际工作中已经建立了一系列审计标准和准则。实施会计电算化后，审计对象和审计线索发生了变化，审计的技术和手段也相应的发生了变化，故在原有的审计标准和准则基础上，还应建立与会计电算化相适应的新的审计标准和准则。
手工会计中，内部控制的测试是看得见、摸得着的。会计电算化系统中，大部分控制措施都是以程序的形式建立在会计电算化中，而会计电算化系统的内控功能是否恰当有效，会直接影响系统输出数据的真实和准确。
会计电算化的优点是对数据的处理能及时反馈给管理人员，某些企业每天都要进行成本和利润的结算，进行生产动态分析，因此系统必须一直处于运作状态，一旦停止工作，将会给被审计单位造成经济损失。而审计人员一方面要完成审计任务，另一方面又不能终止被审计单位会计信息系统的运行，存在一定的审计风险。
二、电算化审计的内容
电算化审计是以企业信息化建设和应用过程中的信息处理系统（Electronic Data Processing System）为审计内容的审计活动，由独立的、胜任的机构或审计人员以被审单位在一定时期内的会计资料所反映的经济活动为对象，通过对系统内部控制，应用程序、数据文件以及整个系统的审核检查，收集和整理证据，确定实际情况，对照一定的法规和标准，以判断系统的安全性、有效性以及有关会计资料的真实性和正确性的经济监督和评价活动。审计的内容一般包括以下几个方面：
电算化信息系统的内部控制系统由一般控制系统和应用控制系统构成。一般控制系统是对系统运行环境方面的控制；应用控制系统是指针对具体的应用系统的功能而设置的各种控制措施。对会计电算化系统内部控制的审计可以加强内部控制，完善内部控制体系。
（二）应用程序审计
应用程序的审计是电算化会计信息系统审计的重要内容，也是审计中比较困难复杂的任务。对应用程序的审计，可以对程序直接进行审查，借助于流程图，用标准的符号和图形等反映处理的逻辑；也可以通过数据进行间接测试。
（三）数据文件审计
对数据文件的审计，可以将文件的数据打印出来检查，也可以在计算机内直接进行审查，同时采用计算机软件来完成审计，降低审计风险。
（四）系统审计
系统审计是对电算化会计信息系统开发过程进行的审计，它是一种事前审计。系统开发审计实际上是审计人员参与系统的分析、设计和调试。审计人员可以借此熟悉系统的结构、原理，并对系统设计提出建设性意见。
三、实施电算化审计的建议
电算化审计是综合了会计、审计和计算机的一门边缘学科，它对从业人员的素质要求更加全面。因而审计机构和会计师事务所应重视电算化审计的应用，积极引进既有审计经验又具备高层次计算机知识技能的复合型人才，同时对现有会计人员要有计划、有步骤地进行计算机的后续教育，提高他们对会计电算化系统的控制能力；另一方面要让计算机技术人员学习会计和审计的基础知识，使他们开发的电算化审计软件更科学，更有效。此外高校对审计专业的课程设置中应加大计算机程序，数据库相关方面的课程，拓宽学生的素质和能力，培养复合型审计人员。
（二）建立、完善电算化审计的软件环境
目前我国审计工作绝大多数还是手工审计，实施电算化审计的也只是停留在“使用计算机审计”的阶段，严格的说我国还没有较好的与电算化会计软件相配套的审计软件，当务之急就是开发审计软件。根据不同的信息化系统，研制适合不同计算机平台和运行环境的电算化审计软件，尤其是数据库的中国论文联盟www.lwlm.com整理挖掘，这样才能访问被审单位不同类型的数据库，从中采集审计所需的原始数据，提高电算化审计的工作效率，延长电算化审计软件的生命周期。
现有的会计电算化软件没有提供标准的数据接口或对数据结构不开放，国家应要求会计软件在开发时预留审计的数据接口，各数据库之间按审计人员的要求设定关联关系，使会计系统的数据能够快速通过接口进入审计系统，有效解决电算化审计系统中输入瓶颈问题，保证审计人员能追踪到审计线索。
会计信息化导致原有的审计体系和审计技术不能适应会计电算化的需要。新的标准与准则急需建立。要不断总结现有的电算化审计经验，特别是对审计对象、审计方法、审计线索、审计技术的研究，建立完善与电算化会计信息系统相适应的审计标准与准则，规范电算化审计工作，维护审计的独立性、客观性和公正性。还要顺应经济全球化的发展趋势，建立的电算化审计准则应与国际审计准则接轨，保证我国的审计工作与国际审计工作协调一致。