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（一）“一身多职，越俎代包”现象严重，安全意识淡漠
传统手工会计处理系统的内部控制是建立在不相容职能分离及相应职责分工的基础上。采用电算化后，由于功能和知识度集中，导致职责的集中，原手工操作下不宜合并的岗位，采用电算化后可以合并，会计人员大大减少，致使这些原则的重要程度下降。再加上安全意识淡漠，对实行电算化后新的组织机构和岗位之间的相互制约、相互监督和相互控制机制不够重视，“一身多职，越俎代包”现象严重，这使得计算机舞弊现象时有发生。
（二）原始凭证数字化，易于伪造
在手工会计环境下，企业发生的经济业务均用纸张记录，这些数据如果被修改，很容易辨别出被修改过的痕迹。但是，在会计电算化系统中，数据被直接记录在磁盘或光盘上，对数据修改可做到不留痕迹，这就给业务的记录带来了风险，计算机的存储方式是将信息转化为数字形式存储在磁（光）介质上，因此极易被篡改甚至伪造而不留任何痕迹。这给一些不法之徒提供了机会，比如通过伪造或修改客户、银行的凭证，制造虚假交易，进而侵吞公款等。
（三）内部控制的程序化使得差错反复发生的可能性增大
电算化系统中内部控制具有人工控制与程序控制相结合的特点。电算化系统许多应用程序中包含了内部控制功能，这些程序化的内部控制的有效性取决于应用程序，如程序发生差错或不起作用，由于人们依赖性以及程序运行的重复性，使得失效控制长期不被发生，使用权系统“在特定方面发生错误或违规行为的可能性较大”。
（四）数据的安全性、保密性差
很多时候，企事业单位财务上的数据是保密的，在很大程度上关系着企事业单位生存与发展，但几乎所有的软件系统都在为完善会计功能和适应财务制度大伤脑筋，却没有认真研究过数据的保密问题，所谓加密，也无非是对软件本身的加密，防止盗版。这样会计数据的真实性和可靠性也就无法得到保证。此外，由于对计算机系统的依赖性很强，计算机硬件和软件对会计数据的安全性起着十分重要的作用，如系统一旦瘫痪，或者受病毒侵袭，或者突然断电，极易造成数据丢失。这也是手工会计系统不会遇到的问题。
针对上述问题，提出以下几点防范措施：
1、硬件配置规划计算机硬件的投入必须随着会计电算化应用程度的逐步深入而逐步投入。
2、软件取得规划财政部（94）财会字第15号文件规定：各基层单位应当根据本单位的管理需要，积极创造条件，逐步实现会计电算化。
选择购买商品化会计核算软件是实现会计电算化的基本途径。该软件是否通过评审；是否符合会计核算软件的基本功能规范；技术指标是否满足需要。
为了保证信息处理质量，减少产生差错和事故的概率，应制定上机守则与操作规程和注意事项；明确上机人员操作会计软件的内容和权限，严格管理操作密码，不与他人共享，并定期修改口令和密码；操作人员离开前应执行相应命令退出会计软件，非授权人员不得随意操作计算机会计软件；完善上机操作日志并指派专人保管。
1、数据输入控制计算机的数据处理有惊人的高速度和准确性。为保证会计数据输入的准确性，使用的会计核算软件必须符合《会计核算软件基本功能规范》，必须保证原始数据本身真实。
2、数据处理控制会计电算化的数据处理控制是对会计数据处理准确性、可靠性的控制。
3、数据输出控制数据的输出控制一方面要由硬件设备的正常运行来保证，另一方面需要特别强调的就是数据的打印控制。
妥善保管存有会计信息的磁性介质或其他介质，存放地点应防高温、防漏、防尘、远离强磁场，并定期进行检查和复制，坚持双重备份制度，防止会计档案丢失。为了确保数据和信息安全、完整，便于调用、更新和检查，应当对存储数据的各种磁盘或光盘做好标识，妥善存档，有关文件的修改、更新等操作都应附有书面授权证明，并登记整个操作过程，同时系统应具有自动记录能力，以便查询或跟踪检查。
1.对会计资料定期进行审计，电算化会计账务处理是否正确，是否遵循《会计法》及有关法律、法规的规定，审核费用签字是否符合内部控制制度的要求，凭证附件是否规范完整。
2.审查机内数据与书面资料、实物资产的一致性，是否账表相符、账实相符、账账相符；对不符合要求、错误的账表要及时纠正和调整。账实核对是保证医院会计资料真实、完整的根本途径。
3.监督数据保存方式的安全性、合法性，防止非法删除、修改历史数据等现象发生。
4.对系统运行各环节进行审查，如：输入、输出、存档等，防止重复、遗漏和错误操作；针对薄弱环节进行有效控制，提高系统的安全性、可靠性。
5.提高内审人员素质，培养复合型电算化人才。进行会计电算化方面的人力资源投资，培训具有较高计算机应用与维护能力、熟知财务软件知识、对计算机与会计相关知识有一定了解的会计人员，以适应知识经济时代计算机及网络的飞速发展对会计人员的要求。
信息技术时代，会计电算化是大势所趋，必须会对传统会计和管理带来革命性的变化。我们应该抓住这一机会，对症下药，不断解决制约会计电算化发展的各个环节，来促进会计电算化向更深层次更高水平发展，最大限度地发挥会计电算化的效用，不断提高会计信息系统的质量和会计工作水平，更好地为提高我国企事业单位的现代化管理水平和经济效益服务。