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商品流通企业进行物流成本核算，就是在对物流成本进行分类之后，根据物流活动的范围，逐一细化到各物流成本明细项目，按照显性物流成本和隐性机会成本两大类别分别核算。
（一）细化商品流通企业显性物流成本核算
为了正确核算商品流通企业显性物流成本，解决成本核算中存在的难以完全统计、不能进行同期比较、不利于管理和控制等诸多弊病，商品流通企业应该对物流成本进行单独集中核算，具体思路如下：
1．现行会计制度虽未单独设立物流成本科目，但可以在涉及到显性物流成本的会计科目中下设三级或四级科目，对显性物流成本进行归集核算。例如，在经营费用中，设经营费用—运输费—物流采购运输、物流销售运输，将采购、销售环节的运输费用单独归集，按这一方法可将成本费用科目内的材料包装费、装卸费、燃料费、物流人员费、仓储折旧费、仓储水电费等均单独归集核算。同其他费用混杂在一起不能单独归集的物流费用可以采用不同方法确定分摊比例，如电话费、业务招待费、差旅费、办公费等可按物流人员占全体人员的比例提取出来计入物流成本细目项目；混用办公楼等公共设施费用、兼职人员费用等不能明确分摊的，可按占用资产使用面积比例和物流工作量比例确定合理分摊数额，分别归集到物流各环节的明细项目中。
2．在会计制度规定的会计报表之外，加设物流成本报表，在每个会计期末将按上述方法归集的物流成本按物流活动范围及成本明细项目数据统计出来，编制物流成本报表。
3．为方便分析和考核，确定物流成本对比分析指标。引入单位物流成本、单位销售收入物流成本率、物流成本利润率等指标来作为比较参数，探讨物流成本与效益配比情况，寻求进一步降低企业物流成本的途径和方法。
在全面、准确核算物流成本的基础上，可通过物流成本表和其他会计报表计算上述指标，采用比较分析法，将计算结果与行业平均水平、先进水平进行比较，进而评价企业的物流成本管理水平，分析影响物流成本的各个因素，加强企业物流成本的管理和控制。
（二）加强商品流通企业隐性机会成本管理
隐性机会成本是在商品流通企业会计核算中没有反映，但在物流成本管理决策中必须要考虑到的机会成本，它是管理会计领域中的成本概念。隐性机会成本主要是指在企业的物流系统运转过程中，各个系统组成部分之间存在的效益背反现象，因一个系统要素的增益而减损其他系统要素，导致了整个系统的运转不能发挥最大功效而达不到最优效益。
1．充分考虑存货资金占用成本，确定合理的库存商品量。存货资金占用成本=存货账面余额（存货占用企业自有资金）×行业基准收益率。存货账面余额要考虑已计提的存货跌价损失准备的金额。行业基准收益率如无法取得可以用一年期银行贷款利率或企业内部核定的收益率来替代。在商品流通企业的营运过程中，根据已取得的商品销售合同、订单，确定合理的商品供应量，再根据需要供应的数量加以采购，计算存货占用资金成本，对企业的采购、销售活动进行决策，降低企业库存积压降价处理损失风险、降低缺货损失风险等。在期末将各期的存货资金占用成本加以比较分析，确定资金占用成本与物流总成本之间的线性关系，以便能按照最优的方式组织采购和销售，加速企业资金周转，达到以最少的资金成本和物流成本获取最大的收益。
2．提高运输决策的科学性，确定合理化运输模式。在商品流通企业物流成本中运输成本占比重较大，实施合理化运输无疑是减少浪费、提高效能的根本，这就需要提高运输计划的科学性，在运输方式的选择、运输路线的优化、运输计划的编制及运输能力的配备等问题上作出妥善的考虑和安排。如在路线的选择中，运用最短路线算法，大多根据距离来进行，但运输路线最短并不是最优的选择，要考虑两地交通便利条件、路面状况、两地距离和运送成本。因此，选择期望的运输方式时，至关重要的问题是在平衡运输服务水平的前提下，按照成本最低的原则选择合适的路线和运输方式。
3．加强物流管理信息化，降低由于信息滞后带来的机会损失。物流成本管理的信息化，其关键是利用网络信息系统，将企业内部各个部门信息连接起来，使企业商品采购系统、库存管理系统、商品销售系统、商品运输系统等有效连接，实现资源共享，提升公司的物流配送运作效率，一方面可以降低物流成本，另一方面可以使各部门的信息资源实现共享，加强与企业处于不同地点的分支机构的信息沟通，提高信息资源的利用率，准确、迅速进行各种物流作业或业务处理，全面提升企业物流管理水平。