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审计质量是评价审计工作水平高低的标准。在计算机信息系统环境下，由于审计线索、审计内容和审计方法的变化，审计质量受到诸多因素影响。
1、审计线索的减少。审计线索，亦称“审计轨迹”，是在经济业务的发生中或处理过程中形成的反映经济业务真相及其处理过程中的各种文件、记录或其他资料，在会计系统中主要表现为会计凭证、会计账簿、会计报表。在计算机信息系统环境下，会计核算处理主要由计算机完成，计算机只记录最后处理结果，忽略中间处理过程，数据形成依据的记录减少。这些减少了的审计线索大多以肉眼不能识别的形式存在于磁盘、磁带等磁性介质上，只有少量以肉眼可证别的形式存在于原始凭证和打印输出的各项明细记录和会计报表中。储存于磁性介质上的会计数据具有存取方便，修改与删除不留痕迹的特点，这都给审计线索的追踪带来重重困难。
2.审计对象的限制。在计算机环境下，审计单位的各项经济活动及其反映的资料，如传统的凭证、账簿、文字记录及纸张被磁盘、光盘等磁性介质取代，审计人员只能通过计算机在人定条件下来读取。审计人员进行审计的依据是计算机的输出信息，审计对象在此受到计算机操作人员的限制，后者完全可以只提供他们愿意被审查的信息，其他敏感性信息则有敏感性信息则有可能被人为掩藏。
3.审计内容的扩展。计算机系统环境下的审计内容不仅包括有关财务会计信息，还包括会计电算化系统的开发与设计后劲汁软件的程序以及数据库管理系统。此外，审计人员还应确定系统的开发与设计方法是否合理，是否严格按照分析、设计测试、运行、维护的步骤进行，分析是否全面，设计是否恰当，测试是否充分，会计软件执行过程是否与实际操作中的业务流程一致，数据库管理系统是否有效，会计软件是否能够予以依赖，并以会计软件处理输出的结果作为审计对象。由于会计软件的多样性，被审单位的会计电算化系统可以说是种类繁多、错综复杂，再加上目前被审单位会计软件的开发一般没有审计人员的参与，开发过程缺乏完善全面的文字说明，审计人员必须花费大量时间用于计算机信息系统的审查，以降低控制风险水平。
1、改进审计方法。
（l）变绕过计算机审计为穿过计算机审计。不同于绕过计算机审计中以系统输入、输出数据为审计对象，穿过计算机审计对计算机内部数据处理的详细过程直接进行审查，内容包括：输入数据的真实性、合法性和完整性，计算机程序处理逻辑的正确性和控制方法的有效性，计算机文档真实性及其控制方法的有效性，系统输出结果的正确性。穿过计算机审计不仅可以利用计算机处理速度快的优点，提高审计工作效率，而且通过对计算机内部数据处理详细过程的直接审查，提高审计工作的质量。
（2）采用计算机辅助审计技术。计算机辅助审计技术是以计算机及相关的信息技术为工具，对被审单位计算机系统进行数据获取、数据检查、统计抽样、分析比较、测试数据处理流程的一种技术。目前国外使用的计算机辅助审计技术包括：通用审计软件。数据测试法、整体测试实施法和平行模拟法等。这些技术分别对被审单位计算机系统的可靠性和输人输出数据的准确性加以测试。计算机系统在会计账务处理程序、数据存储介质、错弊风险、内部控制制度、审计对象、审计内容及审计线索等方面，具有与手工系统明显不同的特点。
2、提高审计人负的业务素质和加强质量控制。
加强审计人员的计算机培训；提高他们的计算机应用水平和专业胜任能力。审计人员的工作重点应放在计算机信息系统环境下内部控制制度评价上。计算机信息系统下内部控制制度上的弱点所产生的危害远大于在手工系统中的危害。因为计算机没有人的主观分析能力，它只能依据已定标准进行工作，而不可能对合规不合理的操作和数据提出质疑。计算机环境下内部控制上的弱点没被发现，将会在很大程度上影响审计结果。
计算机审计准则是对计算机审计实物的标准化，是衡量审计工作的标准、提高审计质量的保证。制定标准和准则时一定要考虑我国国情，它应当侧重于对计算机系统内部控制的评价，对审计人员应具备的资格、计算机审计过程和相关的审计技术以及证据收集方面作出规范。