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工程项目经济效益审计是通过运用效益审计的技术与方法对国家用于工程项目公共资金的经济性、效率性、效益性进行综合分析与评价。通过对具体工程项目的微观效益审计来达到促进国家公共资金宏观决策投资的合理性和使用的高效性。审计工程项目中，是否执行和完成了事业发展规划和任务，是否达到预期的计划目标，通过分析评价工程项目的“三性”（即经济性、效率性、效果性）实现程度来发现问题，找出与项目规划、立项、论证、概预算时的差距，并针对问题提出改进建议。
对拟建项目在技术上是否适用、经济上是否有利、建设是否可行进行综合分析和全面科学论证的工程经济研究活动的可行性论证和决策上，对编制工程项目意见书和设计，缺乏深入细致的调研和民主意识，其定位不准，使得在建设过程中易出现贪人求全、边建边改、建好即改的情况，造成工程投资浪费、工程索赔（追索）问题时常出现。
工程效益审计与财务收支审计相比存在的问题效益审计与财务收支审计之间有一定的联系，又有相当的差异，其中最大的差异在于效益审计不但关注现时的成本收益，更关注未来潜在的成本收益及其相互关系。财务收支审计只关注过去和现时的成本收益；效益审计对“三性”的评价标准受时间、地域、环境、行业及政策的影响更大，没有明确的评价标准，而财务收支审计有明确的行业会计准则、财经法规制度相对照；财务收支审计依据所提供的审计资料就可以得出审计结论。
基建部门的管理职能与监督部门的职能错位。有的基建部门承担着本应由监督部门承担的事情，而扮演着监督的角色。但更多的是监督部门承担着本应由基建管理部门承担的管理责任，混淆了基建部门和监督部门的职能与作用。
（一）客观、公正原则
在审计评价工程项目效益过程中，必须坚持实事求是客观公正的态度，依据审计证据对照评价标准，对有关具体事项进行客观公正的评价和估算，确保审计结果的公平、公正。
（二）谨慎性原则
对工程效益审计必须采取谨慎态度，尽量不夸大审计发现的问题，以叙实性的语言反映审计中出现的问题，对审计项目的评价指标要切实符合审计项目，同时，审计报告尽量做到事实清楚，数字准确、可靠，避免用感情色彩较浓的文字。
（三）前瞻性原则
对工程项目进行分析评价时，应坚持前瞻性原则。对项目效益滞后性要有充分的认识，充分估计未来发展的趋势，对其要进行全面考察，包括对短期和长期效益；直接和间接效益；有形和无形效益；经济和社会效益；总量和结构效益的评价。
（四）定量与定性相结合的原则
在工程效益审计中，如果能够根据评价标准运用一定的公式，经数字换算能得出定量计算结果的，就尽量用定量来表述。但有的工程项目直接经济效益不明显，其外溢的效益如对生态环境的影响等只能经过定性分析，用定性的文字来描述。因此，在工程效益审计中必须坚持定量与定性相结合的原则。
（一）优化完善工程效益审计的环境建设
首先，要努力培养和形成自觉接受监督和参与监督的良好氛围；其次，要学会共享审计资源，尊重引进社会上资质高、信誉好、技术力量强的审计事务所或工程造价咨询公司的专业人员，协助他们开展好效益审计的监督工作。审计者既要依纪依法开展严格的审计，确保对工程项目“三性”分析评价的准确性，也要注意协调好基建管理部门、监理公司、外聘审计事务所人员、施工单位及各业务管理部门的关系，协助做好工程效益审计的调查了解工作，努力创造一个良好的审计环境。
对工程效益审计的评价应采取外部评价与内部评价相结合，及时完善工程效益审计的分析评价体系。外部评价主要由建设单位主管部门根据有关文件规定，依据规定程序委托国家审计机关、社会审计机构，利用基建单位单体工程的结算终审权对其工程造价的合理性进行评价。通过各单位报送的审计资料和审计报告分析、评价各单位工程管理质量。内部评价主要是由内部审计部门承担，通过与管理部门合作，以及造价跟踪审计过程中审计人员在施工管理、材料设备物资采购、设计变更、施工方案调整、现场签证中提出的合理化建议或改进方案的落实情况进行复查或抽查，按成本效益原则分析实施工程审计所创造出的效益和效率，有针对性地提出整改意见。
（三）充分运用现代科技发展，利用计算机辅助审计，提高审计的效率和质量
当前计算机已经基本成为现代化管理中不可缺少的部分。建设单位应自行开发或购置土建工程概预算审计软件、工程概预算审计软件等加以利用。这些软件操作简便，易学易懂，将有效地提高工作效率和质量。计算机辅助审计在工程审计中能够发挥非常重要的作用，并取得高效事半功倍的效果。