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1999年5月，中办、国办《关于县级以下党政领导干部任期经济责任审计暂行规定》和《国有企业及国有控股企业领导人员任期经济责任审计暂行规定》颁发以来，在经济责任审计中审计人员力量不足与审计覆盖面不大的问题非常突出。为了有效地解决这个问题，在市、县机构改革中，要充分考虑实际情况，给审计机关增加一定数量的编制，成立经济责任审计的专门机构，具体承办经济责任审计的日常工作。此外，面对经济责任审计对象集中出现的情况，还要注意充分发挥内部审计和社会审计的作用，采取政府审计牵头，内部审计和社会审计参与或政府审计牵头，会计主管部门参加并由有实际工作经验的会计师、审计师组成的力量，有重点、有步骤地分期分批实施。
《审计法》规定“地方各级审计机关对本级人民政府和上一级审计机关负责并报告工作，审计业务以上级审计机关领导为主”。而对领导干部进行任期经济责任审计，则要根据干部管理、监督工作的需要和党委、政府的意见，由纪检、组织、监察、人事部门、审计机关组成的领导机构向审计机关提出书面委托建议，依法按有关程序对被审计对象实施审计。就是说，审计机关既要不折不扣地完成上级审计机关确定的审计项目计划中提出的各项专业审计任务，又要千方百计认真完成好当地党委、政府、纪检、组织、监察、人事、审计等部门组成的经济责任审计领导机构委托建议结审计机关的经济责任审计任务。为了避免重复安排、重复进点，审计机关要主动与纪检、组织、监察、人事等部门联系沟通，使专业审计与经济责任审计既相互独立又相互补充，特别是市、县审计机关在人员少、任务重的情况下，要坚持分工与合作相结合的原则，要打破内部专业审计“部门分隔”的专业壁垒，“集中优势兵力打歼灭战”，夺取经济责任审计和专业审计的双丰收。
经济责任审计并不是非要等到党政机关领导干部和国有企业及国有控股企业领导人员任期届满、全部经济责任“木已成舟”离任时才一次性“算总账”。如果在任中结合年度岗位目标责任制执行情况，对任期内领导干部和国有企业及国有控股企业领导人员经济活动中的经济责任分年度进行审计检查，既能起到“惩前”的作用，也能收到“毖后”的效果。这样既能避免党政领导干部和国有企业领导人员在任期内问题累积成堆后“跨掉”，也有利干及时发现问题，规范经济运行行为，教育、诫勉、挽救和保护干部。经济责任审计与年度考核相结合，可以选择上年度岗位目标责任制考核中民意测验不称职票达三分之一以上或优秀、称职票合计不到三分之一的党政领导干部中先行安排，有条件的地方也可把经济责任审计作为年度考核的重要内容，先集中对任期时间长的如十年、八年、五年以上的领导干部分期分批审计，然后拓展到每年对所有拟审计对象进行一次经济责任审计，真正把经济责任审计的结果作为考核、奖惩、任用干部的重要依据，而不是一种口号和形式。
四是经济责任审计要与纪检、监察、组织部门受理群众举报相结合。
要密切关注纪检、监察、组织部门受理的群众对党政领导干部和国有企业、国有控股企业领导人员违规违纪的信访，从中发现苗头性、倾向性问题，从而有针对性地确定经济责任审计的重点，使经济责任审计在干部监督中发挥应有的作用。