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随着我国社会主义市场经济的发展和经济体制改革的不断深入，企业管理者的管理难度与跨度也随之增大。要想将分公司、分厂及各部门的经济业务活动与企业整体的经济运行有机结合起来，单靠一般的企业内部职能机构来控制和评价，会显得分散凌乱、软弱无力，于是内部审计就成了企业一种内在需求，它在加强企业内部经济监督和经营管理方面发挥着重要作用。
由于现行管理体制的滞后和对内部审计的定位不准确，使得内部审计人员在行使监督权的过程中独立性较弱。由于内部审计人员的工作、工资、其他福利等受本单位企业有关负责人的支配，这就使得他们在履行其监督和评价职能时有很多的顾虑，当企业领导授权、批准的经营行为违反有关法律法规，或不符合经济效益原则时，内部审计人员出于自身利益的考虑，往往表现得无能为力。目前内部审计机构中的很大一部分审计人员由会计或管理人员兼任，这种状况导致内部审计人员在制定审计计划、实施审计程序、出具审计报告时往往受到各方面利益的牵制，难以开展独立的审计活动。另外，由于领导的重视程度不够，内部审计被不切实际的精简，人员队伍不稳定，严重影响了内部审计人员的独立性。
在现代的公司中，仍有不少人对审计工作不理解， 轻视内部审计的作用， 对审计工作有抵触情绪，甚至不配合，认为内部审计可有可无。有的对内部审计怀畏惧心理，持有怀疑态度。有的对企业内部审计性质、作用与职能认识不足，根本未将企业内部审计机构看成是公司治理的重要组成部分。这样，一遇精简合并机构，企业内部审计机构便首当其冲，成为牺牲品。还有部分企业的管理人员片面的认为内部审计就是检查内部经济问题，影响了企业职工的团结和稳定，分散了管理人员的精力；认为“内部审计限制了自己的经营自主权，削弱了自己的权威”。这些认识使企业管理人员对企业内部审计工作不重视，削弱或淡化了内部审计机构，使其作用难以发挥。
3.法律制度不是很不完善
其一是法律依据不足，《公司法》作为规范现代企业制度的主要法律，对内部审计机构的设置做出规定；《审计法》又仅仅简单地规定了国家审计与企业内部审计的关系。其二是内部审计业务尚无准则。西方国家有内部审计师协会颁发的部门审计事务准则可资依据，其人员标准，职业道德规范，工作程序都有章可循。因此， 内部审计要与国际惯例接轨，尚存在很在的差距。其三是内部审计制度不完善。企业没有充分认识到内部审计不仅可以成为企业自我约束的重要手段，而且还可以成为企业自我发展的重要手段，宣传不广，引导性不强，未使内部审计机构比较独立地开展工作、发挥作用。
内审机构怎样设置，直接影响到内部审计工作的独立性，关系到树立审计监督的权威性以及加大审计监督的力度。当前机构正值改革中，对这一问题有必要进行很好的研究。按照国际惯例，企业内审机构按其内部隶属关系划分为四种设置情况： ①在董事会领导下，各职能部门之上，其独立性较强。②在总经理领导下，各职能部门之上，有一定的独立性。③在总会计师（或主管财务的副总经理）领导下，与其他职能部门同级，独立性较低。④在财务部门设置内审机构，几乎没有独立性。我国应根据具体实际选择①②种类型，以提升内审机构层次，保障内部审计的独立性。
健全、完善有效的内部控制是现代企业制度的重要特征，也是现代企业管理的一种重要方法和需要。内部控制制度可以综合反映出一个企业的管理水平和高层管理者的管理能力。而在内部控制的监督过程中，内部审计发挥着越来越重要的作用，既是企业内部控制的一个重要组成部分，也是监督内部控制其他环节的主要力量。因此，在政策上、资金上加大对内部审计工作的支持；在机构设置、人员配置、工作安排等方面重视内部审计工作，将内部审计工作的结果作为决策和考核的重要依据。
抓紧制订内部审计的法规和条例，将内部审计制度用法律的形式固定下来，进一步明确内部审计的重要性和必要性；用法律形式明确内审人员的法律责任和权利；制定相应的实施细则和行业、部门内审规章制度；用法律规定内审机构的地位、结构、层次。使内部审计纳入法制化轨道，用法律保障内部审计的独立性。也只有内部审计的法律建设完善了，内部审计协会才能很好地依法开展工作。
总之，在现代经济飞速发展的时代，内部审计代表管理层对内部经济活动和经营管理活动进行监督，为企业负责人掌握经营情况和决策服务的同时，必须准确定位，以帮助企业实现其组织目标，促进企业和整个国民经济持续、健康的发展。