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“国家审计免疫系统论”是适应社会经济形势发展而产生的，同时对审计社会实践产生重大影响，其中之一便是促使国家审计更主动地加大绩效审计比重，而逐步实现以合法合规审计即传统的财务收支审计为主向以绩效审计为主转变。绩效审计要求审计机关不仅要重视对违法违规问题的揭露和查处，更要重视剖析问题产生的原因，从根本上提出完善制度，改善管理的改进措施，从而更好地发挥国家审计免疫系统功能（预防、揭露和抵御）。
绩效审计更能体现国家审计免疫系统功能是因为同传统的财务收支审计比较，绩效审计有其特点和优势，绩效审计是对经济活动事前、事中、事后审计，而且强调事前审计的作用。绩效审计的审查范围，也超过了财务会计活动，拓展到对所有的经营管理活动进行评价。绩效审计以建设职能为主，其审计目的是促进被审计单位利用公共资源的经济、效率、效果和其管理水平的提高及相关政策的完善，另外财务收支审计只对过去的事项进行查证，而绩效审计可以对过去、现在甚至未来的事项进行分析、评价和预测。
我国绩效审计近年来取得长足进展，但是，我国绩效审计仍处于起步阶段，且各地发展不平衡，相关法律法规缺乏，审计人员素质结构不适应等严重制约了绩效审计的深入发展。为此，应采取以下措施，逐步完善绩效审计制度，从而使国家审计维护国家经济社会健康运行的免疫系统功能能够得到充分发挥：
1.修改相关法律，明确绩效审计的法律定位。
第一，应明确将我国国家审计划分为财务审计和绩效审计两类，并明确规定财务审计应对部门单位整体财务状况发表审计意见，为绩效审计提供相关数据真实、合法的基础；第二，应明确规定绩效审计目标、内容、范围、标准、方法等；第三，应明确规定国家审计机关重点对政府部门、事业单位进行绩效审计，同时应规定绩效审计的范围可以是部门、单位管理活动的相关方面，而不仅仅局限于财政、财务收支方面。在《审计法》中明确绩效审计的法律定位，为绩效审计的开展提供法律依据，必将有力地推动绩效审计的开展，促进绩效审计的逐步完善。例如投资绩效审计，现行审计法律法规规定，审计机关应当对国家建设项目总预算或者概算的执行情况、年度预算的执行情况和年度预算、项目竣工决算的真实、合法、效益情况，进行审计监督。可见，现行审计法律法规对投资绩效审计规定非常笼统，投资绩效审计定位模糊，没有明确投资绩效审计的目标、内容、范围、标准、方法等。为此，可参照和借鉴《深圳特区政府投资项目审计监督条例》中第五章绩效审计的有关内容，如明确审计机关权力，界定投资项目绩效审计的主要内容等，为公共投资项目绩效审计提供法律依据。
由于绩效审计对象的多样性，导致审计目标的多样性，也就必然导致审计技术和方法的多样性，但这本身也是绩效审计的特点和优势。审计人员在绩效审计中可以灵活地选择与被审计事项相适应的技术和方法进行审计。因此，绩效审计需要多样化和创新的方法。在搜集和评价信息的过程中，除了运用财务审计中广泛使用的审阅、观察、计算等技术和方法以外，更主要地运用调查研究和统计分析技术。调查包括对事实的调查，也包括对特定问题看法的调查。统计分析也是绩效审计中用来了解状况、进行分析的常用方法。在评价经济性、效率性、效果性时，经常用统计分析的方法，分析其中各因素的影响、确定其中的因果关系或者找出存在的差距及原因。审计人员要根据具体情况决定采用的审计技术和方法，除运用传统财务审计方法外，还应在绩效审计中尝试调查、分析等新方法。
另外，开展绩效审计，必须提高绩效审计本身的科技含量，走内涵式发展的路子。在公共投资项目绩效审计中，这一点尤为重要。要以计算机审计和设备辅助审计为重要手段，大力提高投资绩效审计技术水平。在计算机审计中一方面要加强造价等方面审计软件的推广，另一方面要大力推进计算机技术、网络技术在投资审计各项工作、各个环节中的应用。在审计中大力推广设备辅助审计也很有必要。设备辅助审计与计算机审计解决的问题不一样。设备辅助审计主要是采用先进技术和设备、仪器对相关信息进行采集和复核。例如，以往的工程量实测，基本采用手工测量，效率和准确性都不高，对一些地形复杂、特殊手法、隐蔽部位的检验和检测更是束手无策。如果不能获得准确的数据，即便经过计算机计算，最终结果也不准确。但是，如果通过借助先进技术和设备、仪器，如GPS技术和摄像、透视、取样等仪器、设备进行辅助审计，不仅可以大大提高工作效率，更重要的是能够获取准确的数据。
所谓跟踪审计，即跟踪建设项目建设全过程，开展全程审计。跟踪审计是顺着建设程序这条主线，开展对公共工程投资绩效开工前工作的审计、在建期工作的审计和竣工后工作的审计等相关工作，并实现从以资金为主线转移到以项目建设为主线的审计重心转移。传统的建设项目财务审计大多为事后审计，即施工前要认真勘查现场，记录原始地貌，施工中要通过实地测量、拍摄等形式对施工发现的问题，尽力挽回已经造成的损失和影响。为了更好的发挥绩效审计的作用，应实施跟踪审计。公共投资项目由于投资金额大、建设周期长、涉及面广、存在问题多等特点，成为我国目前开展绩效审计的重点领域和突破口。通过实施跟踪审计，可以将事前预防、事中控制和事后监督有机结合起来，尽可能做到及时堵塞漏洞，减少损失浪费，充分发挥审计促进项目管理、控制建设成本、提高投资效益的作用，使国家审计免疫系统功能得到了很好的诠释。
目前，我国公共投资项目绩效审计采用跟踪审计方式应注意以下几点：
首先，鉴于我国审计机关人员少、任务重且人员素质低不适合全面开展绩效审计等现状，应慎重选择审计项目，把财政专项资金投入大和重要的政府投资项目作为跟踪审计的重点。
其次，科学地选择跟踪审计的内容和环节。跟踪审计的内容涉及可行性研究、立项、初步设计、施工图设计、施工、竣工决算等项目建设全过程以及建成后的运行情况。要选择对工程质量、投资、进度、效益影响较大和一些事后不能审计或审计难度较大的内容作为跟踪重点。比如工程开工过程及所用主要材料的质量、品种、规格进行录像，建立项目跟踪审计资料库。尤其对隐蔽工程，一定要在完成前通过拍照、实测等形式记录真实数据，这对于核实材料和工程量至关重要。在选择跟踪审计的内容和重点之前应测试内控制度的可依赖性，内控制度不完善或者执行不好的，应该选择较多的环节和关键点进行跟踪审计，加强跟踪力度。
再次，根据自身特点，选择合适的跟踪审计形式。如有的项目可派专人定期到现场观察记录工程进展情况和有关数据，然后集中力量开展阶段性审计。
4.建立完善绩效审计质量控制体系，促进提高绩效审计质量水平。
西方发达国家审计机关通过实行内部绩效审计和外部绩效审计两种形式，检查绩效审计工作开展情况，同时制定了以绩效审计准则为核心的绩效审计规范体系，有力促进了绩效审计实践的开展和绩效审计质量的提高。审计署早在2003年颁布的《审计署2003至2007年审计工作发展规划》中，就提出了加强审计法制建设、规范审计行为的具体措施。如建立审计质量控制体系，实行审计项目全过程质量控制，明确主要环节的工作目标和质量要求，实行审计责任追究制度，防范审计风险；根据审计质量控制需要，进一步完善各项审计准则，吸取国际先进经验，进一步规范审计管理和审计行为。这些关于规范审计行为的具体措施，与西方主要国家绩效审计管理的基本经验是基本一致的。目前，建立完善绩效审计质量控制体系的主要工作，一是要抓紧研究制定绩效审计准则、指南等绩效审计规范，对绩效审计的程序、内容、形式和报告等做出明确规定，完善我国绩效审计的规范体系，规范绩效审计行为。加快制定绩效审计准则，对绩效审计的一般准则、现场工作准则和报告准则做出规定。加快制定绩效审计指南，重点对绩效审计的特点、目标和权限、总原则、审计目标、审计评价标准、审计程序、审计报告、审计证据、审计方法和绩效审计人员的要求等方面做出规定。二是可考虑建立规范化的审计机关内部审计制度，审计机关按照绩效审计的程序，对本单位和下级审计机关内部管理、审计工作完成情况进行绩效审计，发现存在的问题并提出改进建议，促进提高审计管理水平和审计质量，规范审计行为。
5.建立完善绩效审计信息公布制度，充分发挥社会舆论监督作用。
英美等国建立了全方位的绩效审计信息公布制度，各项绩效审计报告、各种绩效审计管理文件全部对外公开，提高了绩效审计成果的利用水平，充分发挥了社会舆论的监督作用。借鉴国外绩效审计信息公布制度的有益经验，我国应加快建立完善绩效审计信息公布制度。《审计署2008至2012年审计工作发展规划》，对审计结果公告提出了新要求，“坚持和完善审计结果公告制度，逐步规范公告的形式、内容和程序，把对审计发现问题的整改情况作为审计结果公告的重要内容；探索建立特定审计事项阶段性审计情况公告、重大案件查处结果公告制度；按照政府信息公开条例的要求，积极稳妥地推进审计信息公开，逐步实现审计事务公开”。目前，审计署每年向全国人大汇报的年度审计报告都是公开的，但涉及公共投资项目的绩效审计报告远未达到对公众公开的地步。在审计实务工作中，应加快制定绩效审计信息公布制度实施办法。应按照统一领导原则、谨慎性原则、效果性原则和保密性原则稳步推进绩效审计信息公布制度建设，可分为两个阶段进行，第一阶段，有重点地公布社会关注、公众关心的绩效审计项目审计结果和主要的绩效审计管理信息；第二阶段，全面建立审计信息公布制度，公布全部绩效审计项目审计结果和全部绩效审计管理信息。