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行政事业单位作为国家政策的直接贯彻和执行者，其收入基本来源于财政资金；由于经济业务较企业简单，因此，在内控制度建设上普遍存在一些问题，制约了行政事业单位的工作效率，影响了会计信息的真实性。本文就行政事业单位的内部控制建设谈些看法。现行政事业单位内部控制工作的确存在诸多问题。这些问题的存在，既制约了行政事业单位的工作效率和效果，同时也影响了财政“节流”任务的完成和部门预算制度的实施，迫切需要引起重视和强化行政事业单位内部控制工作的调查研究，并在此基础上制定适合行政事业单位特点和管理模式的内部控制规范框架。
1.1 费用支出缺乏有效控制。目前，行政事业单位对于行政经费的支出（特别是招待费、办公费、会议费等）普遍缺乏严格的控制标准；即使制定了内部经费开支标准，但仍较多采用实报实销制，只要有相应审批人员签字同意，会计人员就予以报销。专项经费被挤占、挪用现象也较普遍，致使专项资金未能发挥其应有的资金效益。
1.2 固定资产管理比较薄弱。实行政府集中采购制度以后，行政事业单位固定资产的购置得到了有效控制，但对资产的使用管理仍缺乏相关的内部控制，重购轻管现象比较普遍。如相当部分行政单位未按规定建立起定期财产盘点制度，对于购置的固定资产未能及时登记入账，未按规定登记固定资产明细账和实物卡片，资产保管责任不明确等，极易导致资产账实不符及资产流失，账外资产也时有发生。
1.3 财务与业务管理脱节。财务部门只起到“核算”、“付款”作用，对单位重要事项的决策、实施过程和结果均不了解，未能对业务部门实施必要的财务管理和内部监督。如一些行政事业单位财务部门对于房租收入，往往只负责对收入登账核算，而对收入额确定是否合理、是否按合同及时收取、是否做到应收尽收等却未能实施必要的财务监控。
1.4 票据管理不够严格到位。票据的购、领、用、核销未按规定建立相应台账；对票据使用情况未建立定期或不定期抽查制度，导致一些执收部门延期上缴相应收入，甚至出现挪用公款问题；对使用后票据未能及时办理交验、核销，容易导致收入不入账、私设“小金库”等问题。
1.5 岗位设置不够合理。由于行政事业单位编制有限，人员紧张，岗位安排不尽合理，许多单位存在一人多岗、不相容岗位兼职现象。记账人员、保管人员、经济业务决策人员及经办人员没有很好的分离制约，存在出纳兼复核、采购兼保管等现象，出现管理漏洞。
1.6 预算控制比较薄弱。随着部门预算改革的推进，预算控制得到了一定程度加强，但仍较薄弱，主要表现为：一是预算编制还比较粗糙。目前部门预算的编制一般仍根据当年财政状况、上年收支实绩、预算单位自身的特点和业务进行核定，大部分都还没有细化到具体项目，预算支出达不到逐笔进行核定的要求。二是预算刚性不够。预算的计划性、科学性不强，预算调整追加较为频繁，资金使用缺乏预见性，削弱了预算的约束控制力。
2 行政事业单位内控薄弱的主要原因
2.1 内控意识淡薄。良好的内控意识是内部控制制度得以健全和实施的重要保证。但从有关情况看，一些部门（单位）领导对内部控制制度重要性的认识还不够到位，内控意识淡薄。重事业发展、轻内部管理,甚至缺乏对内部控制知识的基本了解。有的认为，现在财务方面反正有会计核算中心把关，单位内部控制不再那么重要了；有的则把内部控制看成仅是财务部门的事；行政事业单位长期实行的“一支笔”制度流于形式。
2.2 内部控制体系不够完善。财政部制定的《内部会计控制规范》主要是针对企业的，对行政事业单位的适用性较差，行政事业单位迄今为止也没有内部控制制度。有些单位用一般财经规章制度代替内控制度，一些专项经费管理制度、办法，仅就其开支范围、标准加以限制，单位资金安全性问题依然存在；有的单位对一些问题的处理仅凭经验、贯例办理，随意性较大，业务流程控制往往过于简单；有的单位虽然制定了一系列内控制度，但未能严格执行，对制度的执行及效果缺乏必要的监督，导致有章不循、违章不究，内控制度未能发挥应有的作用。此外，没有建立规范的内审制度，如何审，审后怎么处理，都没有明确的规定，部分单位根本就没有内审部门。
2.3 与会计核算中心的沟通衔接不够，影响了单位财务管理的及时有效实施。行政事业单位会计集中核算后，由会计核算中心对行政事业单位集中办理会计核算和监督业务，由于会计主体单位与核算部门不一致，双方沟通衔接不够，极易形成账物分离的资产管理现状，造成核算中心管账不管物、核算单位管物不管账、账物不符的问题，在一定程度上影响了单位财务管理的有效实施。
2.4 部分单位财务管理人员业务素质不高，不能很好适应内部控制工作之需要。人是一切工作成败的关键因素，内部控制工作也同样，内控制度的制订和贯彻落实都离不开人，尤其需要有较高素质的专业人员；但现阶段，由于行政事业单位会计核算较为简单，财务管理的地位未能有效体现，因此对会计业务素质要求不如企业那么高。还有许多单位的财务人员由业务人员兼任，对财务知识不了解，难以实施内部财务监督责任。
3.1 增强内控意识，强化单位负责人的会计与内控责任单位负责人在单位内部控制体系中居于主导地位。按照《会计法》和《内部会计控制基本规范》的规定，单位负责人是单位财务与会计工作的第一责任主体，对本单位财务会计报告的真实性、完整性以及内部控制制度的合理性、有效性负主要责任。但要真正确立起单位负责人对财务会计工作和内部控制制度建设的“第一责任主体”意识，还必须强化对行政事业单位主要负责人及一些相关领导在内部控制方面的培训学习。为此，各级会计管理机关即财政部门应当联合有关部门，分期分批和分类型地对一级预算单位和二级预算单位的主要负责人及相关领导举办相关的研讨班，使他们在了解把握内部控制基本知识的基础上，提高对单位内部控制制度建设重要性的认识，培养良好的内部意识和内部控制环境。
会计基础工作薄弱严重制约了行政事业单位的内部控制制度建设和部门预算的实施效果。因此，要提升行政事业单位内部控制水平，为财政“节流”奠定坚实的基础,还必须重视改进行政事业单位的会计基础工作，强化会计系统的控制作用。强化会计工作基础，需要财政机关加强对行政事业单位会计人员的会计基础工作规范的培训教育，并在此基础上建立对行政事业单位的会计基础工作的全面检查制度，并建立相应的奖惩制度。
3.3 完善部门预算制度，强化预算控制在行政事业单位内部控制中的功能作用财政预算制度从过去的功能预算到现在的部门预算，是对行政事业单位预算控制的一次重要改革和重大进步。
行政事业单位财务会计工作和内部控制工作的效果，需要有一套科学合理的制度体系来支持和保证。目前，财政部制定的《内部会计控制规范》虽明确指出其适用范围包括行政事业单位，但实际上是针对企业制定的。
由于没有考虑行政事业单位的特点，也没有体现行政事业单位资金和经费管理体制上的特殊性，诸如收支两条线管理、部门预算、政府采购、国库单一账户体系、国库集中支付和国库直接支付等，实际上对行政单位的适用性是比较差的。鉴于行政事业单位内部控制制度体系不健全、不完善的状况，财政部门应当组织有关专家学者，研究制定体现行政事业单位特点的《非盈利组织内部控制指引》，促进行政事业单位建立健全内部控制的制度体系，并不定期地进行监督检查。
同时，财政部门是会计与内部控制工作的主管部门，审计部门是重要的保证体系，因此,在健全完善行政事业单位内部控制体系的过程中，财政和审计部门应当发挥十分重要的作用。各级财政部门应当成立相应的组织机构，加强对行政事业单位内部控制制度建设的组织与指导，并拨出专项经费，为内部控制制度建设提供经费支持。