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当前医疗行业税收征管存在的主要问题：
一、非营利性医疗机构取得非医疗服务收入未申报纳税。根据《中华人民共和国营业税暂行条例》及其实施细则和财政部、国家税务总局《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》规定：非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征营业税。在检查的非营利性医疗机构中，非营利性医疗机构从事非医疗服务取得的收入，如租赁收入、培训收入、管理费收入等未按规定申报纳税。非营利性医疗机构与其他社会组织或个人合资合作设立的非独立法人营利性的“科室”、“病区”、“医疗项目”等，其合作的“科室”、“病区”、“医疗项目”取得的收入未单独核算，未按照规定缴纳地方各税。
二、医疗机构少代扣代缴个人所得税。出于内部管理的需要，医疗机构实行内部目标考核，考核工资由科室领导负责分配，考核工资资料不保留，职工个人收入差距拉大，医疗机构则降低税率，按平均代扣代缴个人所得税，造成医疗机构支付职工工资、薪金所得少代扣代缴个人所得税。此外，医疗机构支付外聘专家会诊、坐堂费用未按“劳务报酬所得”代扣代缴个人所得税，而是按税率低的“工资、薪金所得”代扣代缴，造成少代扣代缴个人所得税。另外，医疗机构按合同、协议支付个人投资设备分成收入未代扣代缴“财产租赁所得”个人所得税。
三、医疗机构未按规定缴纳印花税。一直以来，医疗机构游离在税务部门的正常监管之外，导致医疗机构从业人员纳税意识淡薄，甚至许多医疗机构的负责人和财务人员都认为医疗机构是国家规定的免税行业。多数医疗机构在签订租赁合同、建筑安装工程合同、药品采购合同等合同时未缴纳印花税，有的医疗机构甚至连经营帐簿也未贴花。
四、营利性医疗机构利润不实、偷逃所得税。由于营利性医疗机构在发票管理、成本费用管理上较为滞后，加上人们在思想观念上未把接受医疗服务作为一种有偿消费，因此，营利性医疗机构在开具、取得的票据上，很少有正规发票，取得收入未开具发票，购进药品大多以白条、收据入账，同时营利性医疗机构未按“权责发生制”正确核算利润，而是按“收付实现制”核算利润，造成利润严重不实，偷逃所得税。
针对以上情况，笔者认为应从以下几个方面着手，堵塞医疗行业税收漏洞：一是强化日常税收征管，加强对医疗机构的税法宣传与纳税辅导。首先，税务征管部门思想上要提高认识，要重视以上所述税收漏洞情况，加强与卫生行政主管部门的协作，及时了解和掌握医疗机构第一手资料。其次，要加强对医疗机构的税法宣传与纳税辅导，提高医疗机构负责人及财务人员的纳税意识，对无帐可查或帐务混乱、收入凭证、费用凭证残缺不全难以查账的，主管税务机关可采取核定方式征收。二是加强发票管理。营利性医疗机构提供医疗服务与其他服务、非营利性医疗机构提供非医疗服务取得收入，一律要使用地方税务机关统一监制的医疗机构服务专用发票。对未按规定开具、取得发票的行为，严格按发票管理的有关规定进行处罚。三是加大税务稽查力度，重点打击涉税违法犯罪行为。对那些有意隐瞒应税行为或通知申报拒不申报纳税的单位，一经查实，从严处罚；构成犯罪的，及时移送司法机关追究刑事责任。