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对增值税检查时，查处的调增或调减增值税税额，应通过“应交税费——增值税检查调整”专户进行核算。该账户专门核算在增值税检查中查出的以前各期应补、应退的增值税税额，借方登记检查调减的销项税额、检查调增的进项税额，贷方登记检查调增的销项税额、检查调减的进项税额、检查调增的进项税额转出及检查调增的小规模纳税企业应交增值税税额，余额可能在贷方，也可能在借方，期末应对其余额按如下办法进行处理：
若余额在借方，且“应交税费——未交增值税”（小规模企业为应交增值税，下同）账户余额也在借方，则期末将“应交税费——增值税检查调整”专户借方余额直接转入“应交税费——未交增值税”账户的借方。
若余额在借方，且“应交税费——未交增值税”账户余额在贷方，应比较两者大小分别处理：当前者大于后者时，应在缴纳了未交增值税贷方余额后，将增值税检查调整专户的借方余额转入未交增值税账户的借方；当后者大于前者时，应先将增值税检查调整专户的借方余额转到未交增值税账户的借方，然后按两者差额缴纳增值税税款。
若余额在贷方，且“应交税费——未交增值税”账户余额也在贷方，则期末应将“应交税费——增值税检查调整”专户的贷方余额直接转入“应交税费——未交增值税”账户的贷方，并按两者之和缴纳增值税税款。
著余额在贷方，且“应交税费——未交增值税”账户余额在借方，也应比较两者的大小分别处理：当前者大于后者时，应将增值税检查调整专户余额转到未交增值税账户的贷方，并按两者的差额缴纳增值税税款；当后者大于前者时，只能按增值税检查调整专户的贷方余额，直接缴纳增值税税款。
二、增值税纳税检查账务调整的方法
第一，年终结账前查补进项税方面的账务调整。（1）扣税凭证取得不合法。如果取得的进项凭证不合法而企业抵扣了该进项税，检查发现后应做如下账务调整：借记原材料、库存商品等，贷记应交税费——增值税检查调整。（2）抵扣范围擅自扩大。企业购进用于非应税项目的货物不应抵扣进项税额，如果企业进行了抵扣，检查发现后应做如下账务处理：借记应付职工薪酬等，贷记应交税费——增值税检查调整。（3）非正常损失的货物进项税应转出而未转出。如外购货物及在产品、产成品等发生的非正常损失，企业应负担的进项税应从进项税额中转出，经检查发现未做转出处理的，应做如下账务处理：借记待处理财产损溢等，贷记应交税费——增值税检查调整。（4）少抵扣进项税额。在税法规定的期限内，如果企业少抵扣了进项税额，依照规定在计算出少抵扣的税额后，做如下账务处理：借记原材料等（红字），贷记应交税费——增值税检查调整（红字）。
第二，年终结账前查补销项税方面的账务调整。（1）价外费用未计销项税额。如果企业价外向购货方收取代收款项等符合税法规定的各种性质的价外费用未计提销项税额的，应按新售货物适用的税率计算出应补的增值税后，做如下账务处理：借记其他应付款（代收、代垫款项）、本年利润（价外费用款项），贷记应交税费——增值税检查调整。（2）视同销售业务未计销项税额。如果企业将自产的产品用于发放非货币性职工薪酬、无偿赠与他人等发生的视同销售业务未计提销项税额的，应按当期同类货物的价格或按组成的计税价格计算销售额后计提销项税额，并进行如下账务处理：借记应付职工薪酬、本年利润（应计入损益的部分），贷记应交税费——增值税检查调整。（3）适用税率有误。企业因税率使用错误造成少计销项税的，借记本年利润，贷记应交税费——增值税检查调整；如果发生多计，则用红字做上述分录。
[例1]M企业系增值税一般纳税人，增值税税率17％，20×8年6月份销项税额为30万元，购进货物的进项税额为35万元，“应交税费——未交增值税”账户借方余额为5万元。20×8年7月10日，税务机关对其检查时发现以下业务会计处理有误：6月4日，用自产的甲产品一批用于对外投资，成本价98万元，无同类产品售价，成本利润率为10％，企业做如下会计分录：
借：长期股权投资 980000
贷：库存商品 980000
6月22日，购进用于发放非货币性薪酬的商品52万元，企业做如下会计分录：
借：应付职工薪酬 444444.44
应交税费——应交增值税（进项税额） 75555.56
贷：银行存款 520000
对上述问题，应做如下查补税的分录：企业将自产的甲产品用于对外投资，应视同销售业务，在无同类产品售价的情况下，按组成的计税价格计算出销项增值税183260元[980000×（1+10％）×17％），调账分录如下：
借：长期股权投资等 183260
贷：应交税费——增值税检查调整 183260
企业用于非应税项目的货物，其进项税额不得抵扣。调账分录如下：
借：应付职工薪酬 75555.56
贷：应交税费——增值税检查调整 75555.56
结转“增值税检查调整”科目余额：
借：应交税费——增值税检查调整 258815.56
贷：应交税费——未交增值税 258815.56
计算补交税款=258815.56-50000=208815.56（元），做如下分录：
借：应交税费——未交增值税 208815.56
贷：银行存款 208815.56
第三，年终结账后对以往年度增值税查补的调整。对以前年度增值税进行检查补税，如果涉及损益科目，应将查增、查减相抵后应补的增值税，借记利润分配——未分配利润，贷记应交税费——增值税检查调整；如果涉及非损益科目，按结账前的有关账务处理方法进行调整。
[例2]N公司系增值税一般纳税人，适用17％的增值税税率、25％的所得税税率。20×9年7月3日税务机关对该公司上年交纳增值税情况进行稽查，发现该企业20×5月业务会计处理有误：将边角料出售，取得收入价款123000元，企业会计分录为：
借：银行存款 123000
贷：其他业务收入 123000
购进用于非应税项目的固定资产（折旧期5年，无残值），支付价款340000元，取得增值税专用发票。企业账务处理为：
借：固定资产 290598.29
应交税费——应交增值税（进项税额） 49401.71
贷：银行存款 340000
经税务机关计算查补的增值税额为：出售边角料应补交增值税17871.79元[123000÷（1+17％）×17％]，购进固定资产不得抵扣进项税额49401.71元，两项合计67273.50元。企业应按照会计差错准则的要求进行账务调整。
如果属于非重大会计差错，账务处理如下：
借：固定资产 49401.71
其他业务收入 17871.79
贷：应交税费——增值税检查调整 67273.50
20×8年6月至×9年6月，应补提固定资产折旧10703.70元（49401.70÷5÷12×13）。
借：管理费用 10703.70
贷：累计折旧 10703.70
如果属于重大会计差错，账务处理如下：
借：以前年度损益调整 17871.79
固定资产49401.71
贷：应交税费——增值税检查调整 67273.50
补提折旧：20×8年度5763.53元（49401.70÷5÷12×7），20×9年度4940.17元（49401.70÷5÷12×6）。
借：以前年度损益调整 5763.53
管理费用 4940.17
贷：累计折旧 10703.70
20×8年度多交企业所得税5908.83元[（17871.79+5763.53）×25％]。
借：应交税费——应交所得税 5908.83
贷：以前年度损益调整 5908.83
借：利润分配——未分配利润 17726.49
贷：以前年度损益调整 17726.49
同时，企业还应相应调减盈余公积等项目的计提数并调整有关报表的年初余额。