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（一）存在问题。
1.行政事业单位应税收费项目营业税流失严重。根据财政部、国家税务总局有关行政事业性收费营业税政策的规定，凡未纳入中央及省级财政部门预算管理或财政专户管理的行政事业性收费以及行政事业单位经营性收入均应按税法规定申报缴纳营业税。但目前行政事业单位各项收费征、免营业税的界限不清，涉及征税的收费项目应缴营业税的行政事业单位很少主动到税务机关申报，大部分未纳入正常的税务管理，且应税收费项目没有税务发票，大多使用行政事业性收费收据，有的甚至用自制收据，逃避国家税收。
2.行政事业单位房产租金收入缴纳税款不足。随着市场经济不断发展，行政事业单位利用自身的闲余房产出租给经营者使用的现象普遍存在，但这些行政事业单位的财务核算不够规范，有的单位改变收入项目，将房租收入直接冲减管理费、折旧费，或直接弥补经费不足，或以承租人支付修理费为由不列收入，有的单位干脆由非财务收支的部门（如办公室、工会等）收取，列账外收入（小金库），他们人为降低或不列计税收入，就是要达到不缴或少缴税款的目的。近年来，我们加强了对房产租赁的税收征管，一些行政事业单位意识到房产出租收入是经营性收入应该纳税，在税务部门的宣传辅导下主动申报，但还有一些行政事业单位却置之不理。
3.行政事业单位发放工资薪金的个人所得税代扣代缴不力。我国个人所得税法规定：个人所得税以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或个人为扣缴义务人；在两处以上取得工资薪金或没有扣缴义务人的，纳税义务人应当自行申报纳税。近几年，国家对公务员工资经过几次调整，行政事业单位人员的工资有了较大的增长，一部分行政事业单位的人员工资也超过了缴纳个人所得税的扣除限额，但依法履行代扣代缴义务的行政事业单位并不多。行政事业单位工资发放方式改为由财政部门（由会计委派中心）统一集中发放后，再由财政部门向行政事业单位工作人员发放工资时依法代扣代缴个人所得税，行政事业单位缴纳的工资薪金个人所得税有了较大增长，但仍存在扣缴不规范的现象：一是直接由行政事业单位向个人发放的工资表外的各种津贴、补贴等未按规定计入工薪收入一并纳税；二是一些单位通过不走账、少走账、走假账等手段少列计税项目，逃扣个人所得税。
4.事业单位、社会团体应缴纳的企业所得税申报率低。新的企业所得税法明确规定：事业单位、社会团体是企业所得税的纳税人，因此凡经国家有关部门批准，依法注册、登记的事业单位和社会团体其取得的生产经营所得和其他所得应一律征收企业所得税。但目前事业单位、社会团体能就其生产经营所得和其他所得应纳企业所得税主动到税务机关申报的不多，必须尽快规范起来。
5.行政事业单位拥有车辆缴纳车船税差。新的车船税暂行条例规定：行政事业单位是车船税的纳税人。据统计行政事业单位拥有的办公用车辆数量庞大，但目前几乎没有一家行政事业单位主动到税务机关申报缴纳车船税。由保险机构代收代缴也没有规范履行起来。
6.行政、事业单位建房、房屋装修未按规定取得建筑业发票，导致建筑承包人漏缴地方税收。
（二）原因分析。
1.纳税意识淡薄。由于一些行政事业单位长期以来未纳过税，税收观念较差，总认为自己也是吃“皇粮”的，不需缴纳任何税收，错误认为纳税是企业、工厂、商店、平民百姓的事，“官方”无须纳税，这种观念对其履行纳税义务起到了消极影响。因此，他们对应依法缴纳税收置之不理，对依法必须履行的代扣代缴个人所得税的义务认为是帮税务机关的忙，扣缴不扣缴无所谓。
2.税法宣传不到位。尽管税法宣传年年造声势，如贴标语、发传单、举行咨询，但税法宣传活动只停留在表面，对事不对人，结果花费大、成效小，纳税人听之轻松，忘之脑后。由于纳税事项没有深入细致地宣传、告知到纳税人的心里，由此纳税人对应要缴什么税、如何交、纳税程序不清楚，造成应缴未缴。行政事业单位习惯上认为不需纳税，新税制实施后行政事业单位非预算专户管理的行政事业性收费、经营收入、店租收入等应依法纳税以及履行代扣代缴个人所得税义务并没有宣传落实到位，以致行政事业单位未按规定自觉申报纳税。
3.征管手段相对滞后。一些行政事业单位财务、会计处理不象企业那样健全、规范，造成部分收入隐蔽性强，税源监控难度大，纳税人又不主动如实申报，加上税务部门“硬件”条件有限，缺乏必要的信息技术支持，不能准确核实计税标准，征管手段乏力。
4.代扣代缴制度不健全。由于目前全社会依法纳税的意识淡薄，应税信息互通不灵，我国还缺乏一个完善的社会化协税护税网络，对不履行义务的单位和个人惩处无法到位，影响了税收征管执法的严肃性，使税法规定的代扣代缴义务难以有效执行。
5.执法刚性不强。尽管新征管法赋予税务机关诸多的执法权，但对一些也是权力、执法机关的行政事业单位来说，由于其所处的同属政府管理部门，都是吃“公家饭”的特定社会位置，在工作关系方面与政府领导、部门有较多的接触和来往，彼此熟悉，税务机关在征收税款时碍于某些政府部门的干预，只能收多少算多少。税务机关查处的行政事业单位偷税、欠税，除要求补缴税款外，一般只处以少量罚款，更不用说采取税收保全或强制执行措施，这无疑助长了他们偷、欠税行为的发生。
针对目前行政事业单位的地方税收征管中存在的不足，为维护国家税法的统一性和严肃性，巩固税制改革成果，增加税收收入，应切实加强对行政事业单位的税收征管。
（一）加大税法宣传力度，提高纳税意识。
1.坚持普遍宣传与重点宣传相结合的原则。在做好广泛宣传增强公民纳税意识的基础上，有针对性对行政事业单位做深入细致的税法宣传，税务人员要将有关文件发放下去，把税收政策送到他们的手中，帮助行政事业单位克服其认为“行政事业单位不是纳税人”的错误认识，并做好办证、纳税申报等纳税程序的耐心细致辅导工作，促使其增强纳税观念。
2.加强对行政事业单位财务人员的税法学习。召集行政事业单位财务负责人、办税人员采取集中培训、座谈会等方式对税收政策进行学习，让他们在进行财务管理时依法正确执行税收政策法规，依法履行代扣代缴义务，如实申报各项应缴税款。
1.规范税务登记管理。税务登记是表明纳税人已经纳入税务机关监督管理的一项证明，因此地税部门应会同财政部门按照营业税有关政策的规定，对行政事业单位的收费项目进行清理，鉴别其征税和不征税的范围，凡确定有应纳营业税收费项目和经营性收入的行政事业单位，督促其必须到地税机关办理税务登记（其他行政事业单位也应按规定办理扣缴个人所得税的扣缴税款登记），接受税务机关税务管理。
2.建立行政事业单位纳税档案。对行政事业单位的税务管理，要和企业管户一样建立分户台账，纳入正常管理，要登记分户底册，掌握纳税进度，对其应税收入做到心里有数。
3.抓好行政事业单位的税款申报和征收。
（1）对应税行政事业收费应征的营业税管理，对行政事业单位房产出租收入应征的房地税、营业税、土地使用税、印花税管理，对事业单位、社会团体应纳的企业所得税管理，税务机关都必须列入日常的税收征管。税务人员要经常到单位了解情况，检查报表、收入账簿，掌握出租房产数量，掌握应缴税额，限期申报。对能主动上门申报的及时开票入库，给予鼓励、表扬；对不能按时申报的，依据征管法规定进行处理，加收滞纳金，必要时按法定程序采取税收保全措施和强制执行措施，将税款追缴入库，为今后规范其纳税申报和缴纳行为打好基础。
（2）对行政事业单位建房、房屋装修的工程竣工后一定要督促其向对方取得建筑业发票进行结算，才能入账，促使基建承包者自觉到税务部门履行纳税义务。对没取得合法凭证，造成税款流失，除责令其补缴税款外，给予严肃处罚。同时，税务机关要加强对行政事业单位基建项目的（项目登记）监控管理，委托行政事业单位在支付款项时代征建安营业税等。
4.对行政事业单位应税收费项目用税务发票取代财政收据，实行“以票管税”。根据规定，行政事业单位凡涉及征税的收费项目，均使用税务发票，对不征税的收费项目应使用省级以上财政部门统一印制或监制的收费收据，但目前一些行政事业单位使用的票据混乱，很少到税务部门领取所需用的发票，大部分是到财政部门领取行政事业性收费收据，有的甚至用自制收据。税务部门要积极与财政部门联系，请他们予以支持，对有应税收费的行政事业单位在领取收费收据时督促其到税务机关领用发票。同时，税务机关要加大对票据使用的检查力度，对应使用税务发票而仍使用收款收据代替的，除补缴税款外，视同白条予以处罚；对利用白条收费的，给予严重处罚，促使有应税收费的行政事业单位能自觉到税务机关领取发票，并按规定使用、申报纳税。
5.规范保险机构扣缴行政事业单位的车船税。新的车船税条例规定从事机动车交通事故责任强制保险业务的保险机构为机动车车船税的扣缴义务人，应当依法代收代缴车船税，税务部门要加强与当地从事机动车强保业务的保险机构联系，督促其尽快履行代收代缴职责，对不依法履行义务的按法律程序予以处理，真正把车船税征收规范起来。
（三）加强代扣代缴个人所得税管理。
对行政事业单位个人所得税征收，目前要做好两方面工作：一是继续抓好由财政部门代发行政事业单位工资时代扣代缴个人所得税的工作，税务部门应派专人进行管理，负责与代发工资部门共同计算好每个人扣缴税额，及时开票入库。二是对未实行代发工资或虽实行代发工资但扣缴不全的行政事业单位告知必须建立支付个人收入的申报制度，依法履行代扣代缴义务。
（四）加大打击力度，维护税法尊严。
当前，加强行政事业单位的地方税收征管，要在做好宣传、纳税辅导工作的同时，对行政事业单位缴税情况进行专项检查清理。在检查中，要坚决顶住以言代法、行政干涉的压力，对查出单位偷漏税款的要补税重罚，对个人偷漏税款除补税罚款外，按照党员、干部带头纳税的有关规定建议有关部门给予撤职、降级的处分，要使他们尝到不依法纳税必须付出的代价，真正使行政事业单位、人员从此转变纳税观念，自觉履行应尽的义务，理顺税收征纳双方的关系，共同维持税法的严肃性，从而维护国家和人民的利益。