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《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）第一条规定：“增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。”第二条规定：“实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）”先比对后抵扣“管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。未实行海关缴款书”先比对后抵扣“管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日后的第一个纳税申报期结束以前，向主管税务机关申报抵扣进项税额。”
基于以上规定，纳税人取得的增值税发票必须在开具后的180天之内进行认证并申报抵扣，可是，在实践当中，总是存在各种客观原因，即不是纳税人可以可控制的各种客观原因，导致取得的增值税发票超过开具后的180天，能否进行抵扣一直是广大企业所关心的问题，如何解决这个问题，国家税务总局下发《关于废止逾期增值税扣税凭证一律不得抵扣规定的公告》（国家税务总局公告2011年第49号）和《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号），对《国务院办公厅转发国家税务总局关于全面推广应用增值税防伪税控系统意见的通知》（国办发[2000]12号）第三条中“凡逾期未申报认证的，一律不得作为扣税凭证”的规定进行了否定。即从2011年10月1日起， 根据《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法》和《关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号）的规定，增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的，可向主管税务机关申请办理逾期抵扣进项税额，具体的税务处理如下：
（一）逾期抵扣凭证范围必须是2007年1月1日以后开具的增值税扣税凭证，包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和公路内河货物运输业统一发票。
（二）逾期抵扣适用情形增值税一般纳税人必须发生真实交易，且由于客观原因造成增值税扣税凭证逾期的才能申报抵扣，否则还是不能抵扣。逾期可抵扣情形如下：
1.因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；
2.增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；
3.有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；
4.买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；
5.由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；
（三）逾期抵扣审批程序逾期且符合客观原因的扣税凭证，必须经主管税务机关审核、逐级上报，再由国家税务总局认证、稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，才能继续抵扣其进项税额。
（四）一般纳税人在逾期抵扣审批过程中需要提供的相关资料
1、《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》；
2、增值税扣税凭证逾期情况说明。纳税人应详细说明未能按期办理认证或者申请稽核比对的原因，并加盖企业公章。其中，对客观原因不涉及第三方的，纳税人应说明的情况具体为：发生自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因的，纳税人应详细说明自然灾害或者社会突发事件发生的时间、影响地区、对纳税人生产经营的实际影响等；纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期的，纳税人应详细说明办理搬迁时间、注销旧户和注册新户的时间、搬出及搬入地点等；企业办税人员擅自离职，未办理交接手续的，纳税人应详细说明事情经过、办税人员姓名、离职时间等，并提供解除劳动关系合同及企业内部相关处理决定。
3、客观原因涉及第三方的，应提供第三方证明或说明。具体为：企业办税人员伤亡或者突发危重疾病的，应提供公安机关、交通管理部门或者医院证明；有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，导致纳税人不能正常履行申报义务的，应提供相关司法、行政机关证明；增值税扣税凭证被盗、抢的，应提供公安机关证明；买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证的，应提供卖方出具的情况说明；邮寄丢失或者误递导致增值税扣税凭证逾期的，应提供邮政单位出具的说明。
由于税务机关自身原因造成纳税人增值税扣税凭证逾期的，主管税务机关应在上报文件中说明相关情况。具体为，税务机关信息系统或者网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据的，主管税务机关应详细说明信息系统或网络故障出现、持续的时间，故障原因及表现等。
4、逾期增值税扣税凭证电子信息；
5、逾期增值税扣税凭证复印件（复印件必须整洁、清晰，在凭证备注栏注明“与原件一致”并加盖企业公章，增值税专用发票复印件必须裁剪成与原票大小一致）。