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交通运输企业实行机构所在地纳税政策，即不论在哪里承揽业务，都要在机构所在地纳税，这给交通运输企业提供了一定的筹划空间。本文对交通运输企业可以利用的税收优惠政策进行了梳理。
根据2007年海关总署公布的《海关保税港区管理暂行办法》的解释，保税港区是指经国务院批准，设立在国家对外开放的口岸港区和与之相连的特定区域内，具有口岸、物流、加工等功能的海关特殊监管区域。保税港区内可以开展下列业务：保税港区的存储进出口货物和其他未办结海关手续的货物，对外贸易，包括国际转口贸易，国际采购、分销和配送，国际中转，检测和售后服务维修，商品展示，研发、加工、制造，港口作业，经海关批准的其他业务。
保税港区按照海关“一线放开、二线管住、区内自由、入港退税”的监管原则，实行全域封闭化、信息化、集约化的监管，并且做到进口货物入港保税、出口货物入港退税。由于保税港区优惠政策多，目前，全国很多港口都升级成为保税港区。截至2008年底，全国已经批复的保税港区有（上海）洋山保税港区等12个，已提出申请保税港区的港口城市有丹东、营口、锦州等32个城市。
保税港区享有的税收优惠政策主要涉及营业税、企业所得税、关税与进口环节税、出口退（免）税等。
营业税优惠
《营业税暂行条例》第十四条规定，纳税人提供应税劳务应当向其机构所在地或者居住地的主管税务机关申报纳税。但是，纳税人提供的建筑业劳务以及国务院财政、税务主管部门规定的其他应税劳务，应当向应税劳务发生地的主管税务机关申报纳税。从该规定可以看出，交通运输企业营业税纳税地点是其机构所在地或者居住地，不是劳务发生地，不管在哪里发生了运输劳务，都在其机构所在地或者居住地纳税。这就给交通运输企业提供了一个筹划思路，即哪里有营业税免税政策，就去哪里注册。
财政部、国家税务总局《关于上海建设国际金融和国际航运中心营业税政策的通知》（财税[2009]91号）规定，从2009年5月1日起，对注册在（上海）洋山保税港区内的纳税人从事海上国际航运业务、货物运输、仓储装卸、搬运业务取得的收入免征营业税。由于（上海）洋山保税港区最早出台海上国际航运业务、货物运输免征营业税政策，因此出现大量航运公司搬迁至（上海）洋山保税港区的现象。例如，广州市航运巨头中远航运股份公司就在（上海）洋山保税港区设立了全资子公司。在这种情况下，其他港区面临着很大的压力。为此，财政部、国家税务总局下发《关于国际运输劳务免征营业税的通知》（财税[2010]8号），规定自2010年1月1日起，对中华人民共和国境内单位或者个人提供的国际运输劳务免征营业税。国际运输劳务是指：1.在境内载运旅客或者货物出境。2.在境外载运旅客或者货物入境。3.在境外发生载运旅客或者货物的行为。2010年1月1日至文到之日已征的应予免征的营业税税额，在纳税人以后的应纳营业税税额中抵减或者予以退税。财税[2010]8号文件出台后，全国港区的营业税政策基本一致。
企业所得税优惠
由于全国港区的营业税政策已经基本一致，目前，一些保税港区出于招商引资的需要，出台了企业所得税返还政策。因此，哪里的企业所得税返还多，交通运输企业就会搬迁到哪里。
企业需要注意的是，虽然财政部、国家税务总局《关于执行〈企业会计准则〉有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2007]80号）规定，企业按照国务院财政、税务主管部门有关文件规定，实际收到具有专门用途的先征后返所得税税款，按照会计准则规定应计入取得当期的利润总额，暂不计入取得当期的应纳税所得额。但该文件是在旧税法体系下产生的，《企业所得税法》颁布后，该条款是否适用还有待明确。此外，财政部、国家税务总局《关于专项用途财政性资金有关企业所得税处理问题的通知》（财税[2009]87号）规定，符合条件的企业所得税返还，可以作为不征税收入。
1.对税收优惠要件进行规范。包括对实际主营项目是否为交通运输行业，是否有交通运输工具，是否为新办交通运输企业等。
2.对开具发票的真实性进行规范。主要集中在对发票真实性的检查上，即是否存在真实的客户、与运费相关的报价是否合理等。
3.对企业是否存在避税行为进行规范。比如注意企业是否存在转移利润、取得关联企业过高的运费或占用关联企业资源不支付运费的情况。
与海路运输企业轰轰烈烈搬迁到以上海洋山港为首的保税港区不同，陆路运输企业搬迁到西部地区，目前还没有形成潮流。
民族自治地方的税收优惠
《企业所得税法》第二十九条规定，民族自治地方的自治机关对本民族自治地方的企业应缴纳的企业所得税中属于地方分享的部分，可以决定减征或者免征。自治州、自治县决定减征或者免征的，须报省、自治区、直辖市人民政府批准。《企业所得税法实施条例》第九十四条规定，《企业所得税法》第二十九条所称民族自治地方，是指按照《中华人民共和国民族区域自治法》的规定，实行民族区域自治的自治区、自治州、自治县。对民族自治地方内国家限制和禁止行业的企业，不得减征或者免征企业所得税。
财政部、国家税务总局《关于贯彻落实国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》（财税[2008]21号）第三条规定，根据《企业所得税法》第二十九条有关“民族自治地方的自治机关对本民族自治地方的企业应缴纳的企业所得税中属于地方分享的部分，可以决定减征或者免征”的规定，对2008年1月1日后民族自治地方批准享受减免税的企业，一律按《企业所得税法》第二十九条的规定执行，即对民族自治地方的企业减免企业所得税，仅限于减免企业所得税中属于地方分享的部分，不得减免属于中央分享的部分。民族自治地方在新税法实施前已经按照财政部、国家税务总局、海关总署《关于西部大开发税收优惠政策问题的通知》（财税[2001]202号）有关减免税规定批准享受减免企业所得税（包括减免中央分享企业所得税的部分）的，自2008年1月1日起计算，对减免税期限在5年（含5年）以内的，继续执行至期满后停止；对减免税期限超过5年的，从第6年起按《企业所得税法》第二十九条规定执行。
也就是说，民族自治地方对企业所得税地方分成的40%有减免权，如果地方行使这一权力，交通运输企业的实际税率水平就会降至15%.这无疑对交通运输企业有很大的吸引力。
在今年的7月，中共中央、国务院在北京召开西部大开发工作会议。会议确定了西部大开发今后10年的发展目标，并指出，继续对西部地区给予税收优惠扶持。今后10年，对西部地区属于国家鼓励类产业的企业，继续减按15%税率征收企业所得税，对煤炭、原油、天然气等资源税由从量征收改为从价征收。
由此看来，国家对西部地区的优惠会继续执行。在此之前，原西部地区还有对新办交通企业的税收优惠政策。
财税[2001]202号文件规定，2001年1月1日起，对在西部地区新办交通且项目业务收入占企业总收入70%以上的，可以享受企业所得税如下优惠政策：内资企业自开始生产经营之日起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税；外商投资企业经营期在10年以上的，自获利年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。新办交通企业，是指投资新办从事公路、铁路、航空、港口、码头运营和管道运输的企业。西部地区包括重庆市、四川省、贵州省、云南省、西藏自治区、陕西省、甘肃省、宁夏回族自治区、青海省、新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团、内蒙古自治区和广西壮族自治区（上述地区以下统称“西部地区”）。湖南省湘西土家族苗族自治州、湖北省恩施土家族苗族自治州、吉林省延边朝鲜族自治州，可以比照西部地区的税收优惠政策执行。
需要注意的是，国家税务总局《关于执行西部大开发税收优惠政策有关问题的批复》（国税函[2009]411号）明确指出，财税[2001]202号文件第二条第三款规定的新办交通企业，是指投资新办从事公路、铁路、航空、港口、码头运营和管道运输的企业中的交通企业，即是指投资于上述设施建设项目并运营该项目取得经营收入的企业。
减税政策的继续实施，将会吸引更多外交通运输企业来西部进行投资。
流转税的混合销售政策有重大变化
财政部、国家税务总局《关于增值税、营业税若干政策规定的通知》（财税字[1994]26号）第四条第二项规定，即“从事运输业务的单位与个人，发生销售货物并负责运输所售货物的混合销售行为，征收增值税”的规定已经被财政部、国家税务总局《关于公布若干废止和失效的营业税规范性文件的通知》（财税[2009]61号）规定自2009年1月1日失效。
根据《营业税暂行条例实施细则》（财政部、国家税务总局令2008年第52号）第六条规定，一项销售行为如果既涉及应税劳务又涉及货物，为混合销售行为。除本细则第七条的规定外，从事货物的生产、批发或者零售的企业、企业性单位和个体工商户的混合销售行为，视为销售货物，不缴纳营业税；其他单位和个人的混合销售行为，视为提供应税劳务，缴纳营业税。《营业税暂行条例实施细则》第二十八条规定，本细则自2009年1月1日起施行。因此，自2009年1月1日起，从事运输业务的单位与个人，发生销售货物并负责运输所售货物的混合销售行为，视为提供应税劳务，缴纳营业税。
运输业务混合销售行为从缴纳增值税变为缴纳营业税，税负下降了许多，运输企业将大有可为。