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案例
A企业2008年通过出让方式取得一宗土地使用权后，经建设规划部门批准，建设商住楼项目。由于A企业没有房地产开发资质，决定与关联单位B房地产开发企业合作，双方签订了委托开发、销售协议。协议约定该开发项目的所有成本、费用均由A企业支付，开发产品委托B企业销售，销售合同由B企业与买方签订，但是销售不动产发票由A企业开具，A企业按照该楼盘销售收入的3%支付乙方开发、销售手续费。
实务中，拥有土地使用权而没有房地产开发资质的情形比较常见，这样与具备房地产开发经营资质的企业进行合作联建就会应势而生。本案例中，A企业自身不具备开发资质，以自身名义取得了《建设工程规划许可证》和《施工许可证》但是无法取得《预售许可证》或《销售许可证》。即便与B企业合作开发，由于此种联建开发的特殊性，也无法直接取得房屋的销售许可。只能在办理完毕产权登记后进行房屋的二次转让。这是本案例中销售阶段要考虑的问题。所以该商住楼的销售主体实质是A企业。B房地产企业只是受托代建和代理销售而已。
大家关心的问题是，在这种情形下，该商住楼开发过程中合作双方应当如何税务处理？
我们知道，该商住楼是以A企业名义自行建造的，没有发生土地权属变更以及转移，在项目竣工前与B房地产企业形式上签署的是委托代建合同。施工阶段除成本费用所签订合同的印花税外，基本没有其他税金。
尽管A企业没有销售资格，如果在项目竣工前已经提前预售，则根据营业税政策的规定也应该按照“销售不动产”计算缴纳营业税。按照土地增值税的规定预征土地增值税。按照《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》国税发[2009]31号文规定计算缴纳企业所得税。
项目竣工A企业办理完毕产权登记后能够转让销售，涉及的也还是“销售不动产”计算缴纳的营业税、土地增值税、企业所得税和印花税。只不过与预售阶段不同的是这时要进行土地增值税的清算和企业所得税实际毛利额的调整。
B房地产开发企业开发过程中涉及哪些税呢？
B房地产开发企业不具有最终开发产品的所有权，不属于共同投资、共同开发、共享成果的合作经营。其合同形式属于代建房屋。而代建房屋必须同时符合以下四个条件：
必须事先与委托方订有委托代建合同，并在合同上载明取费依据及标准；
所建房屋的基建计划与立项审批必须是下达给建设单位的，不发生土地使用权转移；
以委托方名义与负责施工队结算；
不垫付建设资金。
假如B企业符合上述条件，仅仅是利用技术力量帮助A企业管理工程和受托销售，其取得的代建管理费和销售代理费只计算缴纳营业税，如果产生利润，另行征收企业所得税。
但是，这种代建方式实际上存在很大的纳税风险，对于B企业来说，假如未同时具备上述四个条件，主管税务机关可能对其按“销售不动产”税目征收营业税。毕竟关联企业之间的这种运作比较常见，房地产企业以代建合同的名义进行开发销售，实际情况一般不可能不垫付建设资金，特别是销售合同是由B房地产企业与买方签订的，销售主体与实质不符。其中的税务风险需要综合评估。
对于A企业来说，由于其不是房地产开发企业，项目完工土地增值税清算计算扣除项目时，难以享受房地产开发企业加计扣除20%的政策优惠。
对于双方的经营风险也不容忽视，该项目由于不能以有资质的B房地产开发企业名义取得销售许可证，法律要件不完备，难以同正常的商品房相竞价，经营收益会有所减少，在办理产权手续时也极容易与买方产生纠纷。
合作开发是否有更好的途径呢？
笔者研究了改公司的情况后，建议双方可以考虑以下的四种方式。
一、规范联建运作
双方可以约定：A企业出地、B企业出资金，双方合作开发。
这是通常运用比较普遍的联建合作模式。该方案需要注意的细节是：项目开发需要以合作双方的名义向政府部门办理审批手续和各种证件许可。另外B企业投入资金参与房地产开发并享有最终一定成果。同时，A、B双方还需要到国土部门办理土地权属的变更手续，依法将该宗地土地使用权按照合作开发协议约定分成比例变更登记到B的名下。
项目开发完成后，A企业按照所获得房屋的公允价值计算转让土地使用权营业税、土地增值税、印花税和企业所得税。B企业按照分出的房屋公允价值计算销售不动产营业税、土地增值税、印花税和企业所得税并确定土地入账价值。
该方案合作双方都要视同销售，看似没有享受税收优惠，但以A企业为开发主体转变为以A、B双方合作名义上的开发主体，符合开发资质要求，项目经营核算以B企业为主，项目涉及的税金也以B企业为主体计算缴纳。避免了以A企业名义开发带来的一系列问题。
二、直接转让土地使用权
假如在该项目开发过程中，A企业不需要自用开发产品，哪么除联建方式外，A企业可以考虑直接转让土地使用权给B房地产开发企业，完全以B企业的名义立项开发销售，项目开发销售过程中的营业税、土地增值税、印花税、企业所得税以B企业为主体计算缴纳。整个开发过程能够名正言顺。
这种方式下A企业转让土地使用权应当缴纳营业税、土地增值税、印花税、企业所得税。B企业应当缴纳承受土地使用权契税。
三、以土地使用权投资
A企业以土地使用权作为对B房地产企业的投资，项目开发以B企业名义立项。项目开发销售过程中的营业税、土地增值税、印花税、企业所得税仍然以B企业为主体计算缴纳。
对于A企业的影响如下：
1、营业税：《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号）规定“以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。”A企业以土地使用权作为对B房地产企业的投资，不用缴纳营业税。