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非正常损失涉及增值税和企业所得税两个方面的税务处理。《增值税暂行条例》规定，非正常损失的购进货物及相关的应税劳务，非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务的进项税额不得从销项税额中抵扣。《增值税暂行条例实施细则》明确，非正常损失是因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质等损失。《企业所得税法》规定，企业实际发生的与取得收入有关的、合理的损失支出，准予在计算应纳税所得额时扣除。《企业所得税法暂行条例》明确，损失是指企业在生产经营活动中发生的固定资产和存货的盘亏、毁损、报废损失，转让财产损失，呆账损失，坏账损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。
非正常损失的认定
非正常损失涉及增值税进项税额抵扣的处理，非正常损失的认定也是一件颇有争议的事情。例如，对某塑料公司生产过程中的产品报废和某书店滞销书的报废，有人认为属于非正常损失，要求企业作进项税额转出处理，而有人则认为属于正常损失，转出进项税额不妥当。理由是塑料公司的产品报废，属生产经营过程中的正常损耗，书店书本的报废是因为滞销，都不属于因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。对此，《国家税务总局关于企业改制中资产评估减值发生的流动资产损失进项税额抵扣问题的批复》（国税函〔2002〕1103号）明确，原《增值税暂行条例实施细则》规定“非正常损失是指生产、经营过程中正常损耗外的损失”，对于企业由于资产评估减值而发生流动资产损失，如果流动资产未丢失或损坏，只是由于市场发生变化，价格降低，价值量减少，则不属于《增值税暂行条例实施细则》中规定的非正常损失，不作进项税额转出处理。实务操作中，纳税人在遇到货物损失时应区别对待，而不是全部作进项税额转出处理。比如，实施细则明确非正常损失为管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质等损失，而自然灾害也会造成货物霉烂变质。那么，这种霉烂变质到底属于正常损失还是属于非正常损失呢？这种情况下，企业应保留相关证据，或由中介机构出具货物损失鉴证，这样才能确保非正常损失的真实性，税务机关才能相信和认可。
在企业所得税处理中，没有上述的复杂性，不区分正常损失与非正常损失，只要是与生产经营有关的、合理的损失均可在税前扣除。
非正常损失的申报时限
非正常损失既涉及增值税进项税额抵扣的处理，又涉及企业所得税税前扣除的处理，纳税人应注意其相关时限。增值税方面，企业在纳税申报时，非正常损失的购进货物及相关的应税劳务不能抵扣进项税额，如果已经抵扣，应立即作进项税额转出处理。企业所得税方面，《企业资产损失税前扣除管理办法》（国税发〔2009〕88号）明确，税务机关受理企业当年的资产损失审批申请的截止日为本年度终了后第45日。企业因特殊原因不能按时申请审批的，经负责审批的税务机关同意后可适当延期申请。
在实际操作中，企业应把握好损失确认的时限。例如，在资产损失中，因人为管理责任毁损、被盗、政策因素造成损失等，存在一个认定的过程；发生改组等评估损失，需要等待评估结果的出现；永久实质性损害需要特别的鉴定等，都需要一定的时间。同时，企业还应按时确认损失。例如，食品和药品等有明确保质期的，按照相关法规规定其损失年度为保质期到期日；企业改组的评估损失，有明确改组期的，其损失确认年度为评估基准日；国有企业财产损失需要进行报批，其损失确认年度为相关的批准日所属年度。假如，某纳税人2008年资产损失为50万元，政策规定需税务机关审核才能在税前扣除，如果该纳税人在2009年2月15日前，既没有向税务机关申请审批，也没有提出延期报批申请，则其50万元的资产损失不能在税前扣除，纳税人将为此多缴纳企业所得税12.5万元。
非正常损失的税务处理
增值税方面，非正常损失的购进货物及相关的应税劳务不能抵扣进项税额，如果已经抵扣，则要作进项税额转出处理。例如，某企业仓库被盗，损失购进材料20万元，已经抵扣进项税额。则应转出进项税额=20×17%=3.4（万元）。企业所得税方面，与生产经营有关的、合理的损失可以在税前扣除。例如，某纳税人2008年实现利润1600万元，资产损失200万元，责任人赔偿20万元，则资产损失税前扣除金额=200-20=180（万元），应纳企业所得税=（1600-180）×25%=355（万元）。