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保税区、出口加工区、保税物流园区、保税物流中心（B型）是4类具有代表性的海关特殊监管区域。在本文中，我们将选取这4类区域，区分它们之间在区域功能与税收政策上的不同。
保税区与出口加工区
1.相同点：一是进入出口加工区的货物减免税收政策基本是参照保税区现有政策制定；二是保税区外企业从区内企业购进原材料开展加工贸易享受现行的退（免）政策，它与出口加工区内、外企业开展加工贸易是相同的。
2.不同点：一是保税区主要从事保税仓储、国际转口贸易、出口加工等业务，而加工区的功能单一，仅限于生产、加工以及新增的物流配送和研发、检测、维修等业务。二是国内货物通过保税区出口到境外，采用“离境退税”的原则，而出口加工区采用“入区退税”的原则。三是国内货物运入出口加工区视同出口，海关按照有关规定办理报关手续，并签发出口货物报关单（出口退税专用联），区外企业可以凭此申请办理出口退（免）税手续，而运入保税区的货物不予退（免）税（进区仓储复出口的货物除外）。四是出口加工区运往区外的货物，海关按照进口货物的有关规定办理报关手续，并按制成品征税，而保税区内企业运往区外的货物实行退（免）税。五是国家对出口加工区内企业加工的产品和应税劳务免征增值税、消费税。
保税区与保税物流园区
1.相同点：在区域功能上都具有国际配送与国际转口贸易的能力。
2.不同点：一是，保税物流园区具有国际中转、国际配送、国际采购、国际转口贸易4大功能，与保税区相比，其功能“加二减一”，增加国际中转和国际采购，减少了生产加工功能。二是，保税物流园区享有保税区和出口加工区的叠加政策，较之保税区有了新的突破。区外企业运入保税物流园区的货物视同出口，海关签发出口货物报关单（出口退税专用），区外企业凭此申请办理出口退（免）税，而运入保税区的货物不予退（免）税（进区仓储复出口的货物除外）。
保税物流中心（B型）与出口加工区
1.相同点。保税物流中心（B型）与出口加工区的进出口税收政策基本相同。另外，还有保税物流园区、保税港区、综合保税区、出口监管仓库、珠海跨境工业园区、霍尔果斯边境合作区等。
2.不同点。在功能扩展经营项目上，与出口加工区相比，保税物流中心（B型）集保税仓储、国际物流配送、简单加工和增值服务、检验检测、进出口贸易和转口贸易、商品展示、物流信息处理、口岸等为一体，较出口加工区的经营项目要齐全，而出口加工区不具备仓储功能。