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自2001年以来，经国务院批准，财政部、国家税务总局先后发布财税〔2001〕72号、财税〔2006〕102号、财税〔2009〕148号3份文件，对以农林剩余物为原料生产加工的综合利用产品增值税即征即退政策作出调整，特别是2009年1月1日开始执行的《关于以农林剩余物为原料的综合利用产品增值税政策的通知》（财税〔2009〕148号），对进一步完善综合利用产品增值税优惠政策，促进农林剩余物的综合利用，贯彻落实科学发展观，建设资源节约型社会意义重大。
“十五”、“十一五”期间，国家对以农林剩余物为原料的综合利用产品增值税优惠政策主要有以下六大变化：
一、农林剩余物范围扩大。财政部、国家税务总局《关于以农林剩余物为原料的综合利用产品增值税政策的通知》（财税〔2009〕148号）的一大变化是综合利用产品的原料范围扩大，规定对以三剩物、次小薪材、农作物秸秆、蔗渣4类农林剩余物为原料自产的综合利用产品，均实行增值税即征即退办法，而此前2个文件仅限于以三剩物和次小薪材2类林业剩余物为原料生产加工的综合利用产品。
二、即征即退的综合利用产品目录调整。按财政部、国家税务总局《关于以三剩物和次小薪材为原料生产加工的综合利用产品增值税优惠政策的通知》（财税〔2001〕72号）规定，实行增值税即征即退的综合利用产品目录覆盖较广，达15类之多。自2003年7月1日起，根据国税函〔2003〕840号文件批复，又增加了以沙柳枝为原料加工生产的沙柳箱纸板。2006年～2008年即征即退的综合利用产品目录仅为6类产品，即木（竹）纤维板、木（竹）刨花板、细木工板、活性炭、栲胶和水解酒精、炭棒。2009年1月1日起，实行增值税即征即退的综合利用产品目录重新明确为8类，增加了以农作物秸秆、蔗渣等2类农业剩余物为原料生产的综合利用产品，即秸秆纤维板、秸秆、蔗渣刨花板、沙柳箱纸板和以蔗渣为原料生产的纸张。
三、优惠政策执行期限缩短。财税〔2001〕72号文件执行期限为2001年1月1日~2005年12月31日，一定5年。财税〔2006〕102号文件执行期限为2006年1月1日~2008年12月31日，为期3年。财税〔2009〕148号文件执行期限自2009年1月1日~2010年12月31日，仅2年。政策执行期限缩短，便于根据客观条件的变化，及时调整税收政策，同时也预示此项优惠政策将逐步取消。
四、退税比例下调。2001年～2008年即征即退政策按100%足额退还，财税〔2009〕148号文件规定，退税比例2009年为100%，2010年为80%。退税比例的下调，对企业的盈利水平有一定影响。
五、是否违反环保法成退税重要指标。财税〔2001〕72号文件对即征即退规定的主要条件是：“应单独核算该综合利用产品的销售额和增值税销项税额、进项税额，未单独核算或不能准确核算的，不适用即征即退政策。”财税〔2006〕102号文件规定即征即退的主要条件是2条，除增加应单独核算综合利用产品的“应纳税额”内容，还要求“先将所生产产品送交由省级以上质量技术监督部门资质认定的产品质量检验机构进行质量检验，并取得该机构出具的符合产品质量标准要求的检测报告。凡未取得相关质量检测合格报告的，不予办理即征即退手续。”财税〔2009〕148号文件明确，申请办理增值税即征即退的纳税人，除必须符合原来规定的2个条件外，还要求纳税人“2008年1月1日起，未因违反《中华人民共和国环境保护法》等环境保护法律法规受到刑事处罚或者县级以上环保部门相应的行政处罚”，同时要提交“自2008年1月1日起未因违反《中华人民共和国环境保护法》等环境保护法律法规受到刑事处罚或者县级以上环保部门相应的行政处罚的书面申明”的相关材料，否则不予即征即退。
从2006年1月1日起，原规定的“自营出口或委托、销售给出口企业和市县外贸企业出口的综合利用产品，不适用即征即退增值税政策”停止执行。
六、对虚报资料、骗取退税行为处罚更为严厉。财税〔2001〕72号文件没有明确税务机关对增值税即征即退管理的要求。财税〔2006〕102号文件则要求税务机关不定期对企业经营情况进行核实，凡经核实产品质量不符合质量标准要求的，停止其继续享受增值税即征即退政策的资格，但未对追缴已骗取的退税做出明确规定。财税〔2009〕148号文件第四条规定：“税务机关应加强增值税即征即退管理，不定期对企业生产经营情况和退税申报资料的真实性进行核实，凡经核实有虚报资料、骗取退税等行为的，追缴其此前骗取的退税款，并取消其以后享受上述增值税优惠政策的资格。”