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笔者在工作中发现，目前中国税收征管信息系统软件与《税收征管法》、《企业所得税法》、《企业所得税法实施条例》中对于查补2008年度的企业所得税加收滞纳金方面存在一些问题。
根据《税收征管法》第三十二条的规定： “纳税人未按照规定期限缴纳税款的，扣缴义务人未按照规定期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。”而根据《企业所得税法》第四十八条的规定： “税务机关依照本章规定作出纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款，并按照国务院规定加收利息。” 《企业所得税法实施条例》第一百二十一条规定： “税务机关根据税收法律、行政法规的规定，对企业作出特别纳税调整的，应当对补征的税款，自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴税款之日止的期间，按日加收利息。前款规定加收的利息，不得在计算应纳税所得额时扣除。” 《企业所得税法实施条例》第一百二十二条也规定： “企业所得税法第四十八条所称利息，应当按照税款所属纳税年度中国人民银行公布的与补税期间同期的人民币贷款基准利率加5个百分点计算。企业依照企业所得税法第四十三条和本条例的规定提供有关资料的，可以只按前款规定的人民币贷款基准利率计算利息。”同时，《企业所得税法》第四十九条规定：“企业所得税的征收管理除本法规定外，依照《税收征管法》的规定执行。”
笔者对《税收征管法》、《企业所得税法》、《企业所得税法实施条例》理解为：对于企业未按照规定期限申报缴纳的2008年度企业所得税，应根据《企业所得税法实施条例》第一百二十一条及第一百二十二条的规定，自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴税款之日止的期间，按日加收利息；而不是根据《税收征管法》第三十二条的规定按日加收滞纳税款万分之五的滞纳金。目前，在实际工作中，对于查补的2008年度企业所得税在中国税收征管信息系统软件v1.1中是根据《税收征管法》第三十二条的规定从滞纳税款之日起按日加收滞纳金，这和《企业所得税法》、《企业所得税法实施条例》中关于滞纳企业所得税应按日加收利息的规定不能配套。