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1.1 学校会计的特点
学校会计的主体是与国家预算的组织体系相适应的。它以国家预算执行为中心构成集中统一的预算会计体系。学校会计既有相对的独立性，又有统一性和广泛性，各级各类学校都各自产生独立的会计报告，同时学校会计核算内容必须与各级国家预算保持一致性，不得各自为政；学校会计学校会计是按照国家预算所规定的用途开支的，应该与国家预算保持一致，一般都实行收付实现制；学校会计现阶段主要核算预算资金收支及其余额，一般不计算成本和固定资金折旧；学校会计贯彻专款专用原则，一般通过学校预算，分配各项经费支出的份额，并按预算执行；学校会计是若干会计实体的结合，现阶段一个学校有关教学、科研、生活、生产、建设往往分别执行不同的会计制度。
1.2 学校会计的组成与发展
（1）有关教学活动（包括科研活动）一般执行事业单位预算会计来处理。
（2）有关学校食堂一般都单独成为会计实体，独立经营，自负盈亏，单独核算，单独编制报表。
（3）有关学校的建设活动，一般视为建设单位。规模较大的单独作为一个建设单位。规模较小的则由主管部门作为建设单位。
2.1会计主体多元化
由于预算体制不同， 教育经费的主体与基建经费的主体分别核算， 不利于全面反映学校的财务状况。目前中等学校会计制度中没有“在建工程”这个科目， 所以只有当工程竣工决算后才能反映到事业单位的资产负债表中；有的工程已完工并交付使用， 但未办理竣工决算手续，不作为学校的固定资产核算， 这样导致学校会计不能全面反映学校的经济资源。
2.2 固定资产信息失真
固定资产科目本身以原值入账导致资产的实际价值与其账面价值相背离， 造成了资产信息的严重失真， 这种核算方式难以反映固定资产的净值，资产的实际价值与其账面价值相背离，造成了资产信息的严重失真，不能真实反映学校的资产状况。不能反映学校的真实费用， 不利于加强经济核算，不利于促进固定资产利用率的提高，不利于保证固定资产的更新。
当前，学校财务管理职能未能得到充分发挥，如何利用现代网络技术，以集中会计核算为平台，以信息化为抓手，实现财务管理模式创新，成为各级学校面临的重大问题。
2.4 资产负债表的信息不能反映学校全部的资产、负债、净资产的实际情况
基本建设会计信息游离于学校会计报表之外，会计报表不完整。现行学校会计报表反映的信息不够完整，不利于不同投资主体和单位领导对基建项目的监督和管理，容易给会计报表阅读者产生误解。同时，由于学校会计制度未设置“在建工程”科目，学校日常基建支出发生时均作为“自筹基建支出”列入了当年“事业支出”，竣工交付使用时才同时增加固定资产和固定基金，容易造成当年未完工的基建投入虚减资产、净资产。
2.5 各项行政事业性收费收入核算存在漏洞
学费收入依据收付实现制原则，只对已收部分作为收入处理而应收未收部分不予反映，这样既不能准确核算学校的应收学费规模，也不利于学费的催缴，极易造成学费流失。同时“事业收入”会计信息反映时间上不及时，不能如实地反映学校实际拥有的资产，实际上是会计核算上的一个漏洞，报表上无法反映，内部管理部门也不能清晰了解单位真实的资金情况。票据管理稍有疏忽，财务人员就有可能利用制度缺陷，公款私存私分利息。
2.6 其他长期资产的核算零散、不明晰
由于学校购置小额资产都是一次性计支出，而不计资产增加，特别是对未构成固定资产标准的长期耐用小额低值易耗品的核算，造成该类资产分散零散，给统计带来很大难度处于无人管理状态，同时这些资产在报表上也没有得到任何反映，造成严重的账实不符，不利于会计报表使用者了解真实的财务情况。
3.1 采用权责发生制来弥补收付实现制的不足
随着学校收入来源和支出的多样化，为了强化教育成本管理核算，权责发生制是一种必然的选择，在实行收付实现制的同时，根据学校内部核算的需要，部分地利用权责发生制来弥补收付实现制的不足。学校日常会计核算采用权责发生制，固定资产计提折旧、无形资产按期摊销、收入与支出按权责制确认、区分权益性支出和资本性支出，保障资产、负债、净资产报表数据的客观性。
3.2 增设现金流量表
企业单位的报表体系的主报表有三份：资产负债表、损益表、现金流量表。其中前二份按照权责发生制编制，后一份以现金收付为基础编制的，实质就是收付实现制为基础。学校可以照此方法，从而达到既按权责发生制使会计信息真实可信、又照顾到国家预算收付实现制的需要。
增设在建工程情况表，不再单设基建财务报表。改革现行的基本建设会计信息游离于会计报表之外的做法，报送基建报表以报表附表的形式出现。资产负债表中增设“在建工程”科目，基建投入不再在“自筹基建支出”列支，而是在发生时计入“在建工程”，完工后计入固定资产，取消“固定基金”科目。
在财会工作实践中学习利用现代信息技术，钻研财务管理信息化业务，以计算机网络技术为抓手，以会计集中核算为平台，加快财务管理信息化建设步伐，为教职工和学生提供更加及时、准确、真实、全面的会计信息。
现阶段，会计人员已不能仅是一个简单的核算型会计，而应当成为一个管理型会计。会计电算化的巨大作用是将财会人员从繁重的记帐、算帐工作中解脱出来，充分利用会计电算化的优点，加强财务指标分析体系模块，加强计算机的查询功能，提供及时有用的信息，以供分析决策之用，降低投资成本和风险，提高资金使用效益。
校长主管审计工作，保持内部审计机构的独立性，其所处的位置更加客观公正开展内部审计工作；建立正常审计制度，定期或不定期地开展事业收入、经费支出检查或其他专项检查工作；学校应建立会计部门监督、财会人员监督和全体教职工监督相结合的内部综合监督机制，并严格按照国家有关规定对违纪违规行为进行惩处；审计部门应对学校的资产、负债、权益等一切账务进行审核，还要对工作的职责、权限、工作的程序和方法进行审核，定期向校领导汇报，同时向主管部门进行汇报，及时纠正问题。