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一、案例：一个老高新技术企业的税率大跃进
北京HBCC公司，成立于2003年9月2日，注册于北京市中关村科技园区丰台园。
依据《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第七十五条第一款第六项，以及《国务院关于〈北京市新技术产业开发试验区暂行条例〉的批复》（国函[1988]74号）的规定，试验区内的新技术企业自开办之日起，三年内免征所得税，经北京市人民政府指定的部门批准，第四至六年可按15%或10%的税率，减半征收所得税，试验区设立的外商投资企业，符合新技术企业标准的，适用以上税收优惠。这里的新技术企业在实践中已经演变为高新技术企业。《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）规定，新企业所得税法及其实施条例施行后，上述“三免三减半优惠政策”列入过渡优惠，2007年3月16日以前成立的老企业可以执行上述优惠到期满。
按照主管税务机关批复，在2004至2006年度，HBCC公司享受免税政策（三免期间），2007至2009年度可申请办理减半征收企业所得税的手续（三减半期间），减半征收的优惠手续已办妥。在此期间，HBCC公司顺利通过了历次高新技术企业年审，最后一次换取高新技术企业证书是2007年上半年，有效期为二年。2008年下半年，北京市要求园区内所有高新技术企业需按照新企业所得税法的要求重新认定。HBCC公司不在新税法规定的国家重点扶持的高新技术领域范围内，因此没有参加认定。
2009年2月当地召开所得税汇算清缴会议时，税务机关明确，HBCC公司的高新技术企业证书2009年上半年才到期，2008年全年尚处在证书有效期内，因此2008年可以按照过渡优惠政策的要求，在原国函[1988]74号规定的15%税率的基础上减半征收，实际税率是7.5%。2009年4月，税务机关给HBCC公司发来减免税备案登记书，该登记书要求公司在享受减免税的期限内按规定期限进行纳税申报，对其已备案的减免税事项，税务机关保留检查权。2009年5月，公司到税务部门递交2008年度所得税汇算清缴有关报表时，税务专管员却说该公司减免税备案登记书已经作废，理由是该公司未在2008年12月31日前重新认定高新技术企业，按最新发布的国税函[2009]203号文件的规定，应按25%税率全额缴纳企业所得税。从7.5%到25%，HBCC公司经历了一次刻骨铭心又措手不及的税率大跃进！
二、待遇：高新技术企业可以享受三类企业所得税优惠
欲厘清上述案例的是是非非，必须先对与高新技术企业有关的企业所得税优惠政策做一个梳理。按照企业所得税法及其实施条例等的有关规定，与高新技术企业属性有关的企业所得税优惠主要有三种：
第一种：企业所得税过渡优惠政策。依据是前面提到的国发[2007]39号文件。该文件规定，2007年3月16日以前成立的老高新技术企业可以享受两类过渡优惠。一类是和HBCC公司类似的北京市新技术产业开发试验区（中关村科技园区）企业的“三免三减半”过渡优惠可以继续执行至期满；另一类是根据《国务院关于实施〈国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）若干配套政策的通知〉》（国发[2006]6号），在国家高新技术产业开发区内新创办的高新技术企业经严格认定后，自获利年度起两年内免征所得税。这类高新技术企业如果成立于2007年3月16日之前，也可以享受过渡优惠至期满。这两类高新技术企业都是形成于2008年1月1日新的高新认定标准执行之前，为保持政策的连续性，对其原有身份在有效期内继续认可，允许其享受优惠到期满。因此，企业能否享受原有优惠与其是否通过新的高新标准认定没有关系。
第二种：高新技术企业15%的低税率优惠。符合企业所得税法实施条例第九十三条规定的条件，依据科技部、财政部、国家税务总局联合发布的《高新技术企业认定管理办法》（国科发火[2008]172号）文件，经认定的高新技术企业可以适用15%的高新技术企业优惠税率。2008年以前已经认定为高新技术企业的纳税人，必须依据国科发火[2008]172号重新认定才可以享受此项优惠。
第三种：过渡性税收优惠。《国务院关于经济特区和上海浦东新区新设立高新技术企业实行过渡性税收优惠的通知》（国发[2007]40号）规定，对深圳、珠海、汕头、厦门、海南经济特区和上海浦东新区内在2008年1月1日（含）之后完成登记注册的国家需要重点扶持的高新技术企业（以下简称新设高新技术企业），在经济特区和上海浦东新区内取得的所得，自取得第一笔生产经营收入所属纳税年度起，第一年至第二年免征企业所得税，第三年至第五年按照25%的法定税率减半征收企业所得税。该类过渡性税收优惠仅适用于上述“5+1”特定地区，与北京中关村科技园区没有关系。
第三种优惠和第二种优惠的共同之处在于，都是只适用于依据新税法进行认定的高新技术企业。第三种优惠与第一种优惠虽然都具有过渡色彩，但却有本质区别。第一种优惠适用于新所得税法公布前设立的老高新技术企业，第三种优惠适用于新所得税法实施后成立的新高新技术企业。HBCC公司享受的是第一种优惠，不是第二种优惠，更不可能是第三种优惠。
三、争议：享受第一种优惠的高新技术企业到底要不要重新认定？
国税函[2009]203号文件的全称是《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》，该文件第四条要求，“认定（复审）合格的高新技术企业，自认定（复审）批准的有效期当年开始，可申请享受企业所得税优惠。企业取得省、自治区、直辖市、计划单列市高新技术企业认定管理机构颁发的高新技术企业证书后，可持高新技术企业证书及其复印件和有关资料，向主管税务机关申请办理减免税手续。手续办理完毕后，高新技术企业可按15%的税率进行所得税预缴申报或享受过渡性税收优惠。”从表面上来看，对HBCC公司最具“杀伤力”的就是这条规定。按照HBCC公司税收专管员的解释，HBCC公司只有按照该条规定，取得新的“高新技术企业证书”才可以继续享受尚未期满的过渡性优惠。但笔者认为，该文件第四条强调的经过认定才可以享受的明显是本文讨论的第二种“15%的优惠税率”和第三种“过渡性税收优惠”，而绝不是国发[2007]39号文件规定的“企业所得税过渡优惠政策”，显然，第二种优惠和第三种优惠与HBCC公司根本就没有关系，HBCC公司根本不会也不应该受到国税函[2009]203号第四条的约束。
可能会有人提出质疑，国税函[2009]203号第二条规定，“原依法享受企业所得税定期减免税优惠尚未期满同时符合本通知第一条规定条件的高新技术企业，根据《高新技术企业认定管理办法》以及《科学技术部财政部国家税务总局关于印发〈高新技术企业认定管理工作指引〉的通知》（国科发火[2008]362号）的相关规定，在按照新标准取得认定机构颁发的高新技术企业资格证书之后，可以在2008年1月1日后，享受对尚未到期的定期减免税优惠执行到期满的过渡政策。”笔者认为，这个规定其实是指“原依法享受企业所得税定期减免税优惠尚未期满”的那部分纳税人如果通过了新税法下的高新技术企业认定，不一定非得享受15%的优惠税率，而是仍可以继续享受原企业所得税定期减免税优惠至期满，因为享受这部分优惠比高新技术企业的15%优惠税率要划算，所以并不会因为获得了新的高新技术企业认定就剥夺了这部分纳税人享受原有优惠的机会，也绝不是要求这些企业必须获得高新认定后才可以继续享受原企业所得税定期减免税优惠。
同样的道理，国税函[2009]203号第三条还规定，“2006年1月1日至2007年3月16日期间成立，截止到2007年年底仍未获利（弥补完以前年度亏损后应纳税所得额为零）的高新技术企业，根据《高新技术企业认定管理办法》以及《高新技术企业认定管理工作指引》的相关规定，按照新标准取得认定机构颁发的高新技术企业证书后，可依据企业所得税法第五十七条的规定，免税期限自2008年1月1日起计算。”对该条规定，也不可误解为这些老高新技术企业必须依据新税法认定后才可以享受原过渡优惠政策，该规定是指这些老高新企业如果获得了新税法下的高新技术企业资格，也不必非得按照新税法享受15%的优惠税率，而依然可以选择适用对自身更有利的原过渡优惠政策（两年免税）。
国税函[2009]203号第二条、第三条之所以要做出上述规定，是因为这两条对应的是本文总结归纳的第一种优惠即“企业所得税过渡优惠政策”，而这种优惠与新企业所得税法下的“高新技术企业15%的优惠税率”存在一定交叉，应当允许企业自行选择对自身最有利的优惠政策。
上述分析充分说明，按照国发[2007]39号文享受企业所得税过渡优惠政策的高新技术企业根本不需要重新认定即可在其高新技术企业资格证书有效期内享受过渡优惠政策至期满。HBCC公司的原高新资格证书在2008年度是有效的，2009年6月才告失效，因此，HBCC公司可以于2008年度享受原过渡优惠政策，2009年度无法享受该优惠。
据笔者了解的情况，HBCC公司已经按照25%的税率完成了2008年度企业所得税汇算清缴，但是争议却一直没有停止，和HBCC公司有类似遭遇的企业在北京市中关村科技园区还有许多。HBCC公司已经依法向国家税务总局申请信息公开，以明确有关政策适用问题。