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一、需缴纳营业税的收费项目
根据国务院发布的《收费公路管理条例》（国务院令第417号）规定，我国现行的收费公路分为两类：一类是县级以上地方人民政府交通主管部门利用贷款或者向企业、个人有偿集资建设的公路，简称政府还贷公路；另一类是国内外经济组织投资建设或者依照公路法的规定受让政府还贷公路收费权的公路，简称经营性公路。
根据《营业税暂行条例》及其实施细则的规定，国家税务总局下发《国家税务总局关于广播电视系统、交通、工商、公安等部门的有关收费项目征收营业税的批复》（国税函〔1998〕766号）规定，交通部门收取的车辆通行费（即过路费、过桥费）是提供营业税应税劳务取得的收入，属于营业税的征税范围。
按照有关文件规定，自2000年10月22日起，凡交通、建设部门贷款或按照国家规定有偿集资修建路桥、隧道、渡口、船闸收取的车辆通行费、船舶过闸费，收费项目由省、自治区、直辖市财政部门会同物价、交通和建设部门审核，收费标准由省、自治区、直辖市物价部门会同财政、交通或建设部门审核后，报同级人民政府审批，收费时要按照有关规定到规定的价格主管部门申领收费许可证，使用省、自治区、直辖市财政部门统一印（监）制的收费票据，所收资金全额纳入财政专户，实行“收支两条线”管理，不缴纳营业税。该文件同时规定，凡国内外经济组织设立公路或城市道路经营企业收取车辆通行费，统一由省、自治区、直辖市物价部门会同交通或建设部门审核后，报同级人民政府审批，收费时要按照有关规定使用税务发票，依法缴纳各项税款。
由此可以认为，目前的税收政策是对经营性公路的车辆通行费应当缴纳营业税；而对政府还贷公路的车辆通行费，在同时满足“经省级政府批准”和“收支两条线管理”两个条件的情况下，不缴纳营业税。另外，不缴纳营业税的通行费必须是由行政机关自己直接收取的，交通部门将收费权转让给其他单位或者委托其他单位收取通行费，由其他收取车辆通行费的单位缴纳营业税。
二、适用税目
现行营业税税目注释并未对车辆通行费以及过路费、过桥费适用何种税目作出十分明确规定，在实际操作中，对车辆通行费是按“服务业”税目，还是“交通运输业”税目缴纳营业税也不是十分清楚。但1994年初，国家税务总局就下发了《国家税务总局关于中外合资××公路桥梁开发有限公司税收问题的批复》，在该文件中明确规定，对企业所建商品路收费站所收取的费用应依“服务业”税目5%的税率缴纳营业税。综上所述，车辆通行费应按“服务业———其他服务业”税目缴纳营业税。
三、适用税率
《财政部、国家税务总局关于公路经营企业车辆通行费收入营业税政策的通知》，自2005年6月1日起，对公路经营企业收取的高速公路车辆通行费收入统一减按3%的税率征收营业税。这里需要注意的是有关文件规定的范围是公路经营性企业收取的车辆通行费，而不是政府还贷公路收取的车辆通行费，并且仅涉及对高速公路车辆通行费减征营业税的问题，而对于不属于高速公路的经营性公路的车辆通行费收入不属于减征营业税的范围，仍然按5%的税率缴纳营业税。