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甲公司为增值税一般纳税人，适用增值税税率17%.2月底，因公司更换仓库保管进行了财产清查。清查中发现，库存A原材料短缺5000元，经查短缺的原材料不含运费，是由于仓库管理员管理不善造成；盘存B原材料短缺18000元，其中含分摊的运输费用1500元，经查是由于被盗引起的；由于遭受水灾，损失产成品成本50000元，产成品成本中外购项目金额比例为50%；6000元半成品，因设备更新无法使用，准备削价处理；到期承租经营一车间积压产成品原值50000元，经资产评估减值至20000元。该公司想了解，上述库存原材料、产成品毁损、半成品削价、资产评估减值等情况造成的库存减少或减值，是否均为非正常损失，作进项税金转出处理。
关于非正常损失的购进货物及相关的应税劳务不得抵扣问题，现行《 增值税暂行条例》第十条规定，非正常损失的购进货物及相关的应税劳务及非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务，不得从销项税额中抵扣。《 增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定，条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。
新的《增值税暂行条例》及细则，一是增加了非正常损失的“相关的应税劳务”不得抵扣的规定，是指与购进货物相关的应税劳务，如运输费、加工修理等。二是剔除自然灾害损失。原细则规定非正常损失的进项税额不得抵扣，包括自然灾害损失。三是原细则规定的“其他非正常损失”，因不够明确，不利操作，予以删除。
若企业发生非正常损失的购进货物及相关应税劳务，其进项税额不得从销项税额中抵扣。如果企业在货物发生非正常损失之前，已将该购进货物的增值税进项税额实际申报抵扣，则应当在该批货物发生非正常损失的当期，将该批货物的进项税额予以转出。
首先，企业要对损失存货是否为非正常损失有个正确的判断。其次，是正确计算其涉及的不得从销项税额中抵扣的进项税额。按所涉及的进项税额的计算方式不同，非正常损失存货可分解为：不含运费的原材料、含运费的原材料及产成品、半成品三种典型情况。正确掌握上述两点，处理非正常损失存货时，就能符合税法和企业会计制度的规定。以该企业为例：管理不善造成丢失、被盗的损失，按照《增值税暂行条例》规定，视为非正常损失。上例中，企业丢失非正常损失原材料所涉及的进项税额=5000×17%=850（元），应作进项税额转出。被盗非正常损失原材料所涉及的进项税额=（18000－1500）×17%+1500÷（1－7%）×7%=2917.9（元），应作进项税额转出。
自然灾害造成的损失不需进项税金转出。修订后的细则更加体现人性化观念，将自然灾害损失从原细则规定的非常损失中删除，不需作进项税金转出。假设该部分产成品是非正常损失，则应作进项税额转出的，是其所耗用的购进货物或应税劳务涉及的进项税额，应作进项税额转出=60000×50%×17%=5100（元）。
削价处理产品应计销项税项。因设备更新无法使用，准备削价处理的半成品，不属非正常损失范围，应按该销售额计算的销项税额减去按材料核算的进项税额为应纳税额，不涉及进项税额转出。
资产评估减值不属非正常损失。按《 国家税务总局关于企业改制中资产评估减值发生的流动资产损失进项税额抵扣问题的批复》（国税函〔2002〕1103号）明确：《增值税暂行条例实施细则》规定：非正常损失是指生产、经营过程中正常损耗外的损失。对于企业由于资产评估减值而发生流动资产损失，如果流动资产未丢失或损坏，只是由于市场发生变化，价格降低，价值量减少，则不属于《增值税暂行条例实施细则》中规定的非正常损失，不作进项税额转出处理。因此评估清算减值损失，不需作进项税额转出处理。
同时，按《企业财产损失所得税前扣除管理办法》规定，企业的存货当有确凿证据表明已形成财产损失或者已发生永久或实质性损害时，应扣除变价收入、可收回金额以及责任和保险赔款后，再确认发生的财产损失。该企业发生的上述损失，准予在申报企业所得税时扣除。其中，存货损失和自然灾害损失，按其账面价值扣除保险理赔和责任赔偿后的余额部分，须报经税务机关审批后，方准予扣除。