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建筑安装业虽在国家众多范畴的法律法规的管理下，其行业规范程度却参差不齐，很多施工企业并没有严格执行财务会计制度的规定，实务操作上也碰到很多疑难。从多年基层税收征管实践看，其中一个最为典型的问题是分包工程营业税扣缴义务会计核算不准确，纳税行为不规范。
建筑工程的工艺、技术的要求千差万别，出现了很多不同的专业施工企业，这样使得同一工程多家承包或一家总承包后再分包给其他单位施工的情况很普遍。因此，施工企业按照承包业务性质不同可以划分为综合施工企业和专业施工企业两类。根据国家基本建设工程的管理要求，一个工程项目如果有两个以上施工企业同时交叉作业，建设单位和施工企业应实行承发包责任制和总分包协作制，在这种规定下，综合施工企业与建设单位签订总承包合同后，由其他专业施工企业承接分包工程成为一种常用的经营方式。
分包工程总承包合同一般包括两层承包关系，即承包合同和分包合同。承包合同是建设单位与总承包方之间订立的合同，分包合同是总承包方与分包方之间订立的合同。按照《合同法》的规定，总承包方应当就承包合同的履行向建设单位承担合法的责任，同时要就分包的工程向建设单位负责；分包方则就其施工的工程向总承包方负责，并与总承包方一起向建设单位承担连带责任。
实际工作中还经常遇到不法的工程转包行为，即施工企业承包工程项目后，在未获得建设单位同意的情况下将其承包的全部工程转包给他人，或者将其承包的全部工程肢解以分包的名义转包给他人，这其中最常见的当数所谓的“项目经理”的工程管理模式或者接受其他施工单位挂靠的方式，施工企业与项目经理或挂靠单位签订转包合同，以工程结算价款扣除一定的管理费、税费等款项作为承包标的额，工程的材料、设备、施工、人员等一切支出概由项目经理或挂靠单位负责。这种转包与分包的主要区别在于，分包工程的总承包方参与施工并自行完成工程项目的一部分，而转包工程的承包方不参与任何工程。由于转包行为大多不对工程的管理、质量等承担责任，《建筑法》等法律法规都明确规定禁止工程转包。
综上所述，工程分包的法律特征主要包括分包行为必须在总承包合同中事先约定或者经建设单位认可，总承包方与分包方对分包工程向建设单位承担连带责任，这些符合合同约定或建设单位许可的工程分包属建筑业正常的经营行为，决定了正确处理分包工程的税务与会计事项的原则和方法。
二、分包工程营业税扣缴义务和计税依据的规定
为了维护国家权益，简化征收手续，有利税收征管，保证税款及时足额入库，根据《营业税暂行条例》的规定，建筑安装业实行分转包形式的，除了总承包方以工程的全部承包额减去付给分包方价款后的余额计算缴纳营业税以外，分转包方提供建筑工程劳务所取得的收入，分包方必须就其完成的分包额承担相应的纳税义务。具体征管措施上采取以总承包方为扣缴义务人，在与分包方办理工程价款结算时，以与分包方结算的工程价款为依据计算并代扣代缴应纳的税款，按规定开具代扣代收税款凭证，分包方以此作为其完税凭证。需要注意的是，这种扣缴义务是法定义务，如果总承包方人不履行法定义务导致少缴税款的，税务机关可以按《税收征管法》的规定对其进行处罚。
总的说来，对总承包方来说，其建筑工程营业税的申报纳税一方面必须对自行参与施工部分的工程价款计缴税款，另一方面还必须对分包方履行扣缴义务进行代扣代缴税款的申报；对分包方来说，也必须对当期取得的分包工程价款申报营业税，并以从总承包方取得的代扣代缴税款凭证作为当期应缴税款的抵减项目。
值得一提的是，由于财务人员对分包工程纳税义务的认识可能有偏差，甚至施工企业劳务发生地与机构所在地的税务机关采取的征管措施也不尽一致，在实际操作中存在总承包方不提供相关凭证或分包方不接受代扣代缴等行为，从而导致会计核算不准确和纳税行为不规范的现象屡屡发生。
如何对分包工程扣缴税款进行正确的核算，在《企业会计制度》、《施工企业会计核算办法》以及2006年颁布的《企业会计准则第15号——建造合同》中均没有作出明确的规定。
在目前施工企业会计实践中，对分包工程代扣代缴营业税的会计处理方法主要有两种方法：
第一种做法是，视分包工程与总承包方没有关系，分包工程的收入和支出均不通过总承包方收支体系核算。
这种做法在以“项目经理”或挂靠方式的管理模式运作的分包工程的会计核算上占了很大的比重。这种做法从表面上看，虽然和《营业税暂行条例》有关“总承包企业以工程的全部承包额减去付给分包方的价款后的余额为营业额”的规定匹配较好，但却没有全面反映总承包方收入与费用。因此，这种分包工程的会计处理方法，违背了工程分包行为的基本法律特征。
第二种做法是，将分包工程收入纳入总承包方的收入，将所支付的分包工程款作为总承包方的施工成本，与自己承建的工程做同样的处理。
这样处理的特点是全面反映了总承包方的收入与成本，与《建筑法》、《合同法》中对总承包方相关责任和义务的规定相符；同时按照这种做法确认的收入与《营业税暂行条例》规定的营业额的正常差异，属于会计规定与税法规定的调整范围，不影响对分包工程的会计核算。
值得说明的是，虽然《企业会计准则第15号——建造合同》没有对分包工程的核算提出明确的、直接的规定，但其中第二十二条中规定采用累计实际发生的合同成本占合同预计总成本的比例来确定合同完工进度时指出分包工程作为总承包方成本的组成部分，同时也为这种做法提供了间接的法律支持。因此，总承包方在核算分包工程时必须按照第二种做法进行账务处理。