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随着我国财会制度改革力度的逐步加大，近年来越来越多的事业单位进行了改制，与市场的关系越来越密切，将会直接面对来自国际国内市场的激烈竞争。事业单位走向市场，实行企业化管理势在必行。由于企业会计制度更利于事业单位竞争和体制改革的要求，因此事业单位会计制度向企业会计制度进行转变是必然的趋势。根据新的仕业财务通则》规定，改制后的事业单位比照适用修订后的《企业财务通则》进行会计一核算。在事业单位会计制度向企业会计制度进行转变过程中，事业单位原有的一些财务、会计管理理念需要重新认识，有些财务、会计内容需要进一步完善和创新。
1、企业会计和非盈利性的事业单位会计是构成现代会计的两大体系，事业单位会计属于预算会计的一种。随着市场经济的建立和经济社会的发展，经济和财政改革的不断深入和完善，预算会计的职能也随之相应拓宽和发展，预算单位会计主体地位不断地变化和加强，非盈利组织的事业单位作为一个独立的特殊体系，与企业会计的差别逐渐减少，二者有着逐渐趋同的发展方向。
2、事业单位会计制度与企业会计制度存在诸多的相同点。首先是两种制度的会计前提相同，主要包括会计主体、持续经营业务活动、会计分期和货币计量：在会计核算的原则方面，二者也遵循着大体相同的原则，例如真实性原则、相关性原则、可比性原则、一贯性原则等；两者在会计要素方面虽然有着一定的差异，但是两者在内容和方法大体一致，例如企业会计要素包括资产、负债、所有者权益、收入、成本费用和利润六项。事业单位会计要素包括资产、负债、净资产、收入和支出五项。各要素的界定、内容及特征相同。另外，在会计科目的设置、各会计科目核算的内容以及财务分析方法的应用上具有一致性。
3、随着我国经济和财政改革的不断深入和完善，事业单位从单纯由国家拨付经费收支向核定收支、定额或者定向补贴、超支不补、结余留用的管理模式转变，收支项目和内容呈多元化发展，逐渐强调成本核算，注重现金收付与资金使用效率并重。在企业会计制度和事业单位会计制度所规定的内容具有一定程度的一致性，在信息质量要求、报表要素确认和计量原则、报告方法和内容等方面来看，其对资产、负债、收入、支出等方面的规定也大同小异，各项核算原则、方法基本一致，报表构成也基本相同，所有者权益、利润、净资产和结余实际上是资产和负债以及收入和支出计量的结果，本质上是一致的。所以，企业与事业单位不仅在核算和报告原则上有一致性的理论指导，而且在确认、计量方法上也有一致性的原则。
1、资产核算方式方面。在现行事业单位会计制度的资产核算方式方面，固定资产不计提 折旧，只核算账面原值，通过提取修购基金来保证事业单位固定资产的更新和维护。现行事业单位会计制度对固定资产计价、固定资产增加、固定资产转出、固定资产的盘亏、盘盈等会计事项规定了详细的核算方法，但对固定资产在使用过程中的价值损耗核算的规定却不明确。由于不反映固定资产净值，存在很多问题固定资产的账面价值与净值，会随着使用时间的延长，发生价值背离固定资产原值，不反映固定资产的磨损，虚增资产总量，使资产负债表中净资产指标不能反映资产的实际状况。由于成本不包括折日费用，使得成本核算不完整。一方面事业单位在购建固定资产时，借记“事业支出一设备购置费”澎专用基金一修购基金“或”专款支出“等科目，这样核算虚增了事业成本；另一方面固定资产不计提折旧，人为降低了取得相应收入的成本，虚增了盈余，且不能真正体现会计核算的配比原则。
2、会计核算基础方面。《事业单位会计准则试行》第十六条规定“预算单位会计核算一般采用收付实现制，但经营性业务核算可采用权责发生制”。在收付实现制下，事业单位经常存在一些会计年度内收支项目不配比的情况，导致一些事业单位采用收付实现制来核算不能真实完整地反映该单位的经济业务。如，事业单位在一些非经常性的费用支出方面，在发生费用的时期，支出增大，造成结余减少。使当期收支不配比，计算的结余也不是真正的结余。尤其是实行政府采购和国库集中支付制度以后，采购环节和付款环节相分离，使得项目的实施与货款的支付存在一定时间间隔，如按现行的事业单位会计制度处理，在采购和支付间隔跨年度时，会出现比较严重的账实不符，不能真实反映单位的经济业务。
3、成本核算方面。目前，在事业单位体系中，经营性事业单位存在经营性业务，而两者采用不同的会计基础进行核算。一般情况下，事业单位对经营性业务采用权责发生制进行成本核算，对非经营性业务采用收付实现制，不进行成本核算。由于不计算成本，难以对非经营性业务进行正确的资金使用绩效评价与考核。另外，实际工作中由于两种业务不易区分，使得费用难以合理分摊，造成成本不能准确核算。这不仅不利于事业单位的内部管理，不利于国家预算资金的有效使用，而且很容易造成国有资产的流失。因此，经营性事业单位进行全面的成本核算更有利于节约资金和提高运行效率。
1、设置合理、统一的会计科目。在事业单位企业化改革的过渡阶段，从会计核算的规范要求来看，经营性事业单位会计核算内容将会向两边分化经营性事业单位中，事业型的单位其会计核算规范将进一步向预算会计靠拢，而具有施工性质、需要企业化管理的事业单位或者部门将向企业会计靠拢。在事业单位企业化后，可以对国家拨付的事业费管理采取事业单位财务准则进行核算，事业单位在会计科目的设置上，应按照新会计制度的要求，结合事业单位企业化管理的特点，采用新会计制度中通用的科目。对于不能够反映事业单位财务活动的，但在事业单位会计工作中又十分重要的科目，则可以统一另行设置。根据拨付资金的性质，通过设置二级明细科目进行核算。如，“所有者权益类”科目中，没有能够确切地反映事业单位资金来源的科目，则可以根据其资金来源的特点，设置一个科目“实收资金”，以反映一个事业单位实际收到的各种资金。此外，还可以根据需要设置“事业公积”科目，属于“所有者权益类‘翎于反映事业单位通过各种渠道得到的，用来发展本单位建设的自有资金。以及在”财务费用“和”管理费用“之外，还可以加一个”事业费用“科目，以核算某些事业单位在发展本单位的事业过程中发生的各种费用。
2、建立科学的固定资产核算方式。事业单位企业化后应当根据企业会讨一制度建立固定资产核算方式，在固定资产的构建、使用、处置方面进行设置，选择合适的固定资产折旧办法，并增设“累计折旧”科目，使得会计核算能正确反映固定资产的价值损耗。根据不同情况，在转制事业单位的成本核算中列支折旧费用，对不实行成本核算的事业单位可只提折旧不列支出。具体做法是，在每一个财务年度末填报决算表时，要认真填列一份详细地反映固定资产增减情况报表，并根据年末固定资产实际折旧总额，填报第一年度的预算报表，申列折旧基金计划，申报预算拨款中取得折旧基金，并列入专款专用的科目，以备后用。在需要更新固定资产时，同样需报请上级主管单位批准，经审查核实确需要更新时，方可从折旧基金中支付使用。
3、构建合理的成本核算模式。针对如何构建合理的成本核算模式，事业单位会计核算一般采用收付实现制，但一些业务出于管理要求和成本核算的考虑，比较适应权责发生制的，可采用权责发生制核算基础。适度采用权责发生制核算基础，有利于加强成本控制，体现事业单位业务活动运营效果，实现计划、预算、控制和报告的一体化。以权责发生制作为事业单位会计核算的基础，兼顾国家拨付事业费的管理仍采用事业单位财务准则进行核算，建立可行的内部控制制度，严格区分经营性收入和财政收入。在事业单位企业化管理初期的会计核算中，采用以企业财务准则为主，事业单位财务准则为辅的方法进行会计核算。即在总账和报表中采用企业财务准则反映，事业经费采用事业单位财务准则以附表和辅助说明的方式进行反映。
另外，事业单位企业化管理之后，许多财务人员的财务意识一时无法适应新形势的发展，普遍存在财务意识不到位，一味注重资金管理、增量管理和财务合规性管理，而轻视资产管理、存量管理和资产绩效管理，会计核算混乱，财务信息失真等问题突出。因此，实行企业化管理后的事业单位应该加大对财务人员的业务培训，及时更新财务人员的业务知识，提高会计核算水平，逐步使事业单位的财务管理走向规范化，尽快适应事业单位财务的企业化管理。