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随着计算机在各个领域的广泛运用，越来越多的企业开始采用计算机来进行财务核算及财务管理，此种做法促进了企业财务核算水平的提高，为企业管理及相关部门提供了更准确、更全面、更及时的财务决策资料。但也同时对注册会计师提出了更高的要求，不仅需要我们具备扎实的审计理论基础、广泛的财经法规知识、深厚的审计经验，还需要注册会计师对会计电算化有透彻的了解，在严格遵循注册会计师审计准则的基础上，掌握一套行之有效的审计方法，更有效的达到审计目的。对一个企业的财务电算化的审计应从以下几方面入手：
一、了解企业电算化的基础条件、系统的运行情况，对企业使用的电算化软件进行基本评测
目前企业所使用的会计电算化软件品种繁多，有比较规范的经有关部门认证的，如用友、金碟、小蜜蜂、万能、博科等等，同时也有企业自己开发或委托软件开发公司及软件开发者自主开发的财务软件，其质量、水平参差不齐，企业使用的会计电算化软件是否符合有关部门的要求，将对注册会计师实施审计程序、审计工作量产生重要影响。故对企业所使用的电算化软件的基本评测，应放在对此类企业进行审计的第一步。
首先，应询问与观察企业所采用的财务软件的种类。财务软件的质量、水平一方面依赖于日常的管理和维护，但另一方面则取决于会计电算化系统开发过程的质量。一旦在开发过程中产生错误，则在系统运行后，将影响到会计数据的加工处理以及会计信息的真实可靠性。并且在运行后，对该错误进行修改也极其困难，所以对财务软件的形成的了解是防止利用计算机舞弊，保证系统运行后的可靠性、效率性的重要一环。若企业使用的是商品化的财务软件，应查询其是否通过了省级以上财政部门的评审；若为企业自主开发或委托他人开发则要对其是否通过了财政部门的“计算机替代手工记帐考核标准”进行核验，并应根据此种情况设计对其财务软件功能的测试程序，以验证企业使用的财务软件准确完成财务运算、形成财务帐薄及报表的可靠性(此步骤的实施可在实质性测试阶段进行)。
其次，应参照财政部印发的《会计电算化工作规范》所规定的标准，对企业实施电算化所拥有的计算机设备、人员素质要求、电算化内控制度、系统运行的基本情况进行相应的测试，从而形成对企业实施电算化水平的基本印象和概念，据此来初步估算审计风险，设计审计计划。
首先应对实施电算化企业的在电算化方面的内部控制制度通过调查问卷法、编制流程图法及其他有效的方法对其进行了解，然后通过观察、重新执行相关业务、穿行测试等方法对其进行测试：一方面测试企业的实施电算化的内部控制制度能在多大程度上确保会计电算化系统中会计记录的正确性和可靠性，如输入、输出的授权控制，业务处理的审核等；另一方面是内部控制的有效执行能在多大程度上保护资产的完整性，通过以上两方面的评价，可以判断企业内部控制系统能在何种程度上防止或发现会计报表中的错误及经营过程的舞弊。
1.是否建立有会计人员岗位职责规范，并符合有关会计电算化规范的规定。
2.会计人员的岗位设置是否符合企业整体相关业务的内部控制制度的要求。
3.是否只有会计主管人员在会计软件中拥有最高操作权限，并按有关法规要求规定上机操作人员对会计软件的操作工作内容和权限，负责对密码的管理，并定期更换密码。
4.是否做到每个上机人员有自己的操作密码，长度六位以上，做到相互保密。
5.是否做到电算维护人员不得参与凭证录入、审核及过帐。
6.是否作到未经审核的原始凭证和记帐凭证不得录入机内帐簿。
7.是否有完善的保证计算机设备安全运行的管理措施和手段。
三、对会计电算化系统的处理和功能的审计，也可称为对会计电算化系统程序的审计
会计电算化系统的核心就是会计软件，会计软件程序质量的高低，直接决定了会计电算化系统整体水平的高低，在这部分里主要审计会计软件程序对数据进行处理和控制的及时性、正确性和可靠性，以及程序的纠错能力和容错能力。
对于此部分的审计，注册会计师可根据1994年财政部发布的《会计核算软件基本功能规范》中的要求，对会计软件所具备的功能衡量和测试。除了需具备基本的输出、输入、查询等功能外，此部分的重点审计事项应放在对会计数据的处理功能上面，会计软件对会计数据的处理是基于会计准则和企业的核算原则，从系统数据的初始化、凭证与凭证关系、凭证与帐簿关系、帐簿与报表关系、成本费用的归集与分配、各相关科目之间的相互结转等要严格遵循会计准则及企业的核算方法，数据处理虽然是不可见的，但处理的过程注册会计师必须清楚，即凭证录入后，经会计软件加工的结果要与这些凭证遵循会计准则及企业的核算方法通过手工处理的结果必须一致。注册会计师可以通过抽查部分会计凭证与相应的帐簿及处理的过程中生成的单据核验、抽查部分帐簿与相应的总帐和报表核验，以验证其处理过程的准确性。当然如果注册会计师能够使用审计软件，将企业会计数据通过接口程序结转到审计软件之中，利用审计软件进行分析、复核，则更能提高审计效率。
由于会计数据真实性、正确性、可靠性，直接影响到会计信息的真实性、正确性和可靠性，所以这一部分的审计是至关重要的，它将直接关系到审计结论的正确与否。从本质上讲对此步骤的审计，其实相当于常规审计中的实质性测试阶段所实施的审计。如果注册会计师没有相应的审计软件，则只能通过传统的方法来进行审计。即注册会计师可采用抽查原始凭证与机内凭证相对比，抽查打印日记帐和机内日记帐相核对、验算等，从而形成审计结论。但随着计算机在各个行业中的普遍运用，有些软件公司开始开发了一些审计软件，注册会计师可利用此类软件替代一些传统审计的过程，但由于商品化的审计软件目前从功能方面还不够完备，尚须不断完善。笔者认为有实力的事务所可与软件开发单位共同开发适合的审计软件以利用在审计工作中。此类软件应能实现如下功能：
1.能和会计电算化系统相关联，并直接通过会计电算化系统中的接口程序取数。经验证后，直接从会计电算化系统中取数，形成审计工作底稿中的未审数；如果会计电算化系统能形成附注，则取附注形成工作底稿中的附注，否则审计软件应能形成初步的附注。各明细表应能从会计电算化系统中取数，如应收帐款的帐龄，应能从应收帐款模块中取数，期间费用明细表，也应能从会计电算化系统中取数。
2.应能让审计人员的工作量大大减少。以前审计人员很多时间都消耗在抄抄写写和计算中，而计算机审计软件应能将这些工作减到最少。审计软件应能直接从报表模块中取数并进行各项财务比率的计算；形成会计报表的趋势分析、变动分析等等。抽样时，可以利用审计软件中的抽样工具设定条件由计算机自动生成抽样列表。抽样检查底稿中的部分项目，也可由计算机审计软件自动取数生成。如凭证号、对应科目、金额等等。总之，尽可能让计算机去处理一些抄写和计算的工作，审计人员应做的事，应只是进行分析、职业判断一些职业性强的事务处理。
3.审计软件应能形成一个资料库。资料库应包括各项法规、审计程序、企业以前的财务数据和基本情况资料等等。并在审计中随时可以调出相关项目的法规和规定。给审计人员工作提供最完善的资料。
4.审计软件应能自动完成某些审计工作底稿的整理功能，如某项审计导引表的数据自动过到某项相关联的审计导引表，由审计导引表自动生成审计差异调整表、试算平衡表等。并可将项目经理的复核、主任会计师的复核工作融入其中，对复核过程自动记录，对更改数据自动生成正确的经复核的数据。
5.审计软件应有扩充功能，应能对审计事务进行管理。如审计日程的安排，工时的计算，底稿管理，审计收费管理等等。
未来的审计软件应具备上述功能，这也将是实现审计无纸化的前奏。
计算机的发展影响到我们生活的方方面面，同时也会对我们的工作提出了新的课题，事务所做为中介机构，行使其独立审计的社会监督职能，若使该职能发挥的更好，就该对电算审计做为一个课题加以研究，同时吸引一些计算机人才加入注册会计师的行列，并加强对注册会计师计算机知识技能方面的培训，以适应知识经济时代对注册会计师行业的要求。