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电算化审计是对电算化会计方式下的电子凭证、电子账薄、电子报表及适应电算化方式的内部控制制度等进行的审计工作。在会计电算化过程中，由于在计算工具、存储介质、账务处理程序、内部控制制度等方面与手工方式存在差异，使得电算化审计工作面临许多新问题。
一、电算化审计面临的主要问题
在我国审计实务中，审计人员不审查机内程序和文件，只审查输入的数据和打印输出的资料。这实际上是审计人员对当前会计电算化系统所采用的一种手工审计方法，不涉及计算机软硬件知识。由于不对计算机程序处理过程进行审计而只对有限的部分数据进行审计，因此可能具有片面性。审计对象受到计算机操作人员的限制，后者完全可以只提供他们愿意被审查的信息，其他敏感性信息则极有可能被人为掩藏。审计人员处于被动地位，难以获取充足的审计证据支持其审计结论，难以保证计算机环境下的审计质量，只是一种过渡性的被动审计方法。这种方法必将被计算机审计所替代。
目前计算机在审计中的运用主要采用通用的办公自动化软件，即运用Windows的资源管理器进行审计文档管理；运用Word文字处理软件编制审计计划、审计总结及审计报告等综合类底稿；运用Excel制表软件进行试算平衡、编制审定会计报表等。这些软件定义方便、自由度较大、不易统一，难以形成所内统一的操作模式，规范程度较低，缺乏系统性，难以做到各底稿间的有机连接，尤其是难以做到与被审单位的计算机信息系统连接以直接获取审计所需数据。
即使有先进的电算化审计方法、功能完善的专业审计软件，仍需由专业审计人员制定审计计划，执行审计程序，分析审计结果，出具审计报告。计算机技术不能替代专业人员审计，这要求审计人员不仅要有丰富的会计、财务、审计知识和技能，熟悉财经法律以及其他的审计准则，而且还应当掌握计算机知识及其应用技术，掌握数据处理和管理技术。不仅要掌握审计软件的操作方法，而且还应当根据审计过程中所出现的种种问题及时编写出各种测试、审查程序模块。然而我国目前的审计人员总体水平远远没有达到这一程度。
二、电算化审计的对策与建议
计算机审计准则是对电算化审计的标准化，是衡量审计工作的标准、提高审计质量的保证。在制定标准和准则时要在考虑我国国情的前提下大力借鉴国外先进经验。主管财政部门在评审某会计软件时应同时规范、指定与之相适应匹配的审计软件。在制定具体准则时应侧重于对计算机系统内部控制的评价、对审计人员应具备的资格、电算化审计过程和相关的审计技术以及证据收集等方面做出规范。顺应经济全球化趋势，我国的电算化审计准则应逐步向国际审计准则靠拢，使我国的审计工作与国际审计工作协调一致，更好地为对外开放服务。
借鉴推行会计电算化实践经验，实行软件商品化是电算化审计的有效途径。在实施会计电算化初期，会计软件自行开发自行使用，发展缓慢。1988年实行会计软件通用化、商品化后，组建了几百家专门开发与营销会计软件的专业公司，开发出一批通用软件，形成庞大的会计软件市场，在激烈的竞争中促进了会计软件整体水平的提高，推动了会计电算化事业的迅猛发展。
因此我国发展电算化审计需要大力发展审计软件专业公司，推行审计软件的商品化，培育完善的审计软件市场。把审计软件推向市场，通过竞争促进审计软件水平的不断提高和审计工作电算化的迅速发展。
（三）提高从业人员素质，培养电算化审计专业人才
制约我国电算化审计进一步发展的关键环节是高素质专业人才缺乏。
1、加快发展审计后备力量，尤其是高校大学生。高校增设电算化审计专业，扩大注册会计师专门化专业的规模，增强该类专业师资力量。课程设置中把审计类与计算机类课程作为两大专业核心课。加快造就一大批年轻的复合型人才，充实、壮大我国的审计队伍。
2、加大计算机的培训力度。应该让审计人员真正看到计算机的好处。通过使用，使他们对计算机的功能有进一步的了解，产生更大的兴趣，提高自觉学习的积极性，然后分阶段、分层次对现有专职审计人员再计算机知识、会计电算化系统的控制及计算机审计的技术方法等方面加以培训，使他们能胜任计算机审计工作；在注重普及计算机知识的同时，还应该积极培养具有复合性知识结构的计算机审计系统开发人员，让计算机技术人员学习会计和审计的基础知识，使他们也加入到审计队伍当中，成为电算化审计的专业人员。