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联网审计是指审计机关与被审计单位进行网络互连后，在对被审计单位财政财务管理相关信息系统进行测评和高效率的数据采集与分析的基础上，对被审计单位财政财务收支的真实、合法、效益进行实时、远程检查监督的行为。
联网审计除了可以实现实时、远程监控的特征，审计署南京特派办的人士认为，联网审计是对被审计单位电子数据的周期性采集，审计人员可以远程查阅被审计单位电子账册，实现事中审计；并与被审计单位协作，通过扫描（拍摄）纸质凭证以及网络视频等方式实现对疑点凭证的远程查阅；还可以通过软件预警功能实现同类问题的自动发现，同时对被审计单位的部分二级单位实现远程审计。
联网审计还具有智能的自动化审计、全面规范的审计作业系统的特点。此外，北京市海淀区审计局还提出，联网审计还具有与财政部门间高度的信息共享，对预选执行单位监控的高覆盖面，系统具有高可扩展性等特征。
实现财政、税务、国库、银行联网审计至少实现了财政预决算预审，加大审计深度，提高审计质量和效率，还可以实现财税库一体化，程序化审计，并可以进行审计数据综合利用。联网审计可以通过财税数据分析，把握本地区经济命脉，准确确定审计重点，让审计更好地为宏观经济服务。由于社保业务设计面广、资金量大，传统的手工审计方式和单机条件下的计算机审计无法满足审计需求，实现审计目标，因此对于社保资金，审计机关必须要逐步开展联网审计。
作为一项新的审计方式，切实可行的组织和管理是完成联网审计的关键，试点单位都在这一方面进行了探索。
首先，顺利实施网络审计试点，选择恰当的审计对象是关键。在考虑合法性、可行性、审计成本等要素基础上，选择试点单位主要应考虑：被审计单位属于经常接受审计的重点单位；被审计单位已经建立较为完善的网络系统，硬件配备水平较高；被审计单位的主要业务通过计算机完成，有关的基础数据和原始资料能够通过网络查阅和传输；被审计单位的内控制度较为完善；被审计单位建立了专门的信息机构，配备了专业的计算机人员。
联网审计组织过程则包括：审前准备阶段，在对被审计单位基本情况、财务管理状况以及相关信息系统主要情况了解的基础上，编制审计工作方案并进行联网审计相关技术准备工作。审计实施阶段包括对业务数据的远程审计和现场取证、交换审计意见两部分。审计终结阶段包括报告编制、审计意见及审计决定的拟定与下发。
联网审计的问题
对于联网审计在三年的试点中遇到的问题主要集中在几个方面：技术环节、法律法规、以及人员素质等。
有试点单位建议，在开展联网审计前，应首先对被审计单位的信息系统进行审计；要探索适用范围更广的公网传输机制；要研究数据库技术、联机分析技术、数据挖掘技术等在联网审计中的应用；要通过与重点行业、重点领域的联网，建立审计数据中心，为审计业务提供支持。
同时，法律法规要对联网审计作出定位；虽然各地联网审计基础情况不同，但审计署可以在系统技术层面上出台建设标准或指导性意见；联网审计的审计程序、审计时限、公文格式等需要进一步规范，要与审计质量控制的相关规定相协调；审计机关原有组织方式要顺应新的形势；联网审计的广度和深度受被审计单位领导认识水平、信息化建设状况、内部管理等方面的限制，审计机关必须努力摆脱这一困境。
有试点单位建议，首先，要构建纵横交错的联网格局。在整合审计资源基础上，在全国范围内构建纵横交错、运行高效的联网格局，实现扩大联网审计覆盖面，畅通监控渠道，高效发挥审计职能的目标。其次，迅速建立联网审计法规。同时，加大复合型人才的培养力度。