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1.内部审计质量控制制度不健全。内部审计质量评价和控制体系、责任追究制度、考核奖励机制尚不健全，审计质量评价缺乏统一的量化标准，考核制度难以得到真正落实，内部审计人员的质量控制责任意识比较淡薄。
2.审前准备工作不充分。审计计划不够科学，带有一定的盲目性、随意性，审计覆盖面不够；审前调查不充分，对重要性水平和审计风险未进行初步评估；审计方案制定简单，审计重点不突出，对审计工作缺乏指导作用。
3.审计手段较简单。审计方式方法单一、不科学，对内部控制制度测试不重视，抓不住审计重点，凭经验泛泛而审，对问题查不深、查不透，浪费时间和人力。
4.审计工作标准不高。审计取证方式单一，取证有一定的盲目性，证据的充分性有余，相关性不足；审计工作底稿定性、引规、处理不准确，三级复核制度流于形式；审计建议缺乏针对性、可行性；审计报告的质量和水平不高；审计决定和结论执行不到位；审计问题缺乏深层次的剖析，审计成果利用不到位。
5.审计人员素质不高。一是审计人员敬业精神、责任心不强；二是审计人员业务水平不高。
二、提高审计质量的措施
（一）重视职业能力培训，提高审计队伍整体素质
1.建立良好的职业道德规范。强化对内部审计人员的职业道德及相关审计责任教育，督促内部审计人员廉洁自律，树立业务精湛、廉洁高效、团结精干、充满活力的内部审计队伍形象，增强审计人员的事业心和责任感。
2.加强对审计人员的业务培训。由于内部审计业务涉及的知识面广，更新快，内部审计机构必须抓好审计人员的学习和培训，定期或不定期的举办学习班、请专家授课等多种形式组织内部培训；选派审计人员参加国家、省及上级审计机关组织的业务知识培训班，并与兄弟单位加强业务交流；鼓励审计人员利用业余时间加强自学，提高自身业务素质。
3.加强制度建设，塑造审计良好形象。一是建立和完善统筹配置人力资源的良性机制；二是实行审计轮换制；三是建立党风廉政建设监督员制度。
严格的审计程序是审计质量保障的重要依托，在审计项目执行的事前、事中、事后的各个阶段，都要严格遵守审计工作程序。从制定审计项目计划、下发审计通知书直至被审计单位整改情况检查，要在调查分析的基础上，制定出严谨规范的工作程序，审计中严格按即定程序、规矩办事，审计过程透明，与被审计单位容易协调，避免人情关系参杂其中，做到审计工作制度化、规范化，有利于审计工作有序进行，达到提高工作效率的目的。
1.抓好审计计划的制定。一是突出审计重点，抓好经营业绩、经济责任、建设资金管理使用等常规审计项目，做好审计资源优化配置；二是紧密围绕企业经营管理中的热点、难点，开展审计调查、专项审计等工作，积极参与生产经营过程，改善和加强企业经营管理；三是尝试开展效益审计、风险审计，转变审计思路，丰富和拓展审计内容，最大限度降低管理风险。
2.抓好审计方案的制定。内部审计机构在编制审计实施方案前，应根据审计项目的规模和性质，安排人员对被审计单位的财政财务收支、经营活动等有关情况进行审前调查，在此基础上制订周密的实施方案，明确审计目标，细化审计内容，突出审计重点，确定审计程序和方法，合理安排审计时间和审计力量，明确审计组成员的工作职责。审计组长及部门负责人应对审计实施方案进行审核，确保达到审计目的取得成效。
3.抓好审计实施环节
（2）抓好审计查证环节。
4.抓好审计报告环节。审计报告是内部审计活动的最终结果，审计组应对实施阶段取得的审计资料进行分析研究和加工提炼，对被审计单位提出的意见和建议要符合实际，具有针对性和可操作性；对涉及重大问题的审计情况，要随时报告，切实提高报告的针对性和时效性；审计评价中既要反映被审单位存在的问题，也要反映管理中的优点。
5.抓好审计决定整改落实环节。内部审计机构要善于运用审计成果，一是通过综合分析、提炼，查找规章制度上存在的漏洞，从体制机制上提出审计建议，形成汇总报告或专题报告，引起企业领导的重视，规范经营管理；二是紧盯审计决定的整改落实情况，要对被审计单位决定执行和审计建议采纳的情况进行定期回访，检查整改情况，对未落实到位的事项，要求被审计单位写出原因，再次进行批露，继续督促整改，使内部审计真正起到事后监督和事前防范的作用，切实提高经营管理水平。
1.建立审计报告三级复核制度。建立三级复核制度，要求每一个审计项目的审计报告，按复核程序、复核权限经过审计组长、内部复核组、内部审计机构负责人复核，对审计目标是否达到、审计证据是否充分、审计依据是否可靠等进行确认，严把审计报告质量关，客观、公正、全面、准确的反映问题，控制审计风险。
2.完善审计工作综合考评制度。建立健全审计工作分级负责制度和审计责任追究制度，明确审计各个环节审计人员的负责内容、承担责任事项及责任追究的形式，将审计结果纳入月度审计工作综合考评，激励大家重视审计质量，提高审计质量控制的责任意识。
3.建立审计工作质量互检制度。每年由内部审计机构组织成立检查组，对本级和下级审计部门的部分审计档案，从审计程序的执行、审计文书的应用与规范、审计档案资料的归集三个方面进行检查，提出存在问题和改进意见，起到互相交流、提高审计质量的效果。
4.建立评先选优制度。内部审计机构应坚持每年开展审计先进个人、优秀审计报告、优秀审计项目评选等活动，激励审计人员不断提升审计工作质量。
一是大力推广铁路审计系统V5.0的应用，实施计算机辅助审计；二是充分利用全路财务管理信息查询系统，建立对重点单位或部门财务运行状况实施重点监控机制，提高审计监督的时效性；三是充分利用先进审计方法，包括审计抽样、统计分析、分析性复核等，快速抓住审计重点，锁定高风险内容，提高审计效率和质量。