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审计机关对国家建设项目实施跟踪审计由来以久。实践表明，跟踪审计有利于及时纠正和改进有关问题，提高审计监督效能。由于各地对跟踪审计的认识不同，采取的审计方法也各异。有的审计人员参与工程管理和决策，有的审计小组参加工程招标的制定和审查，有的审计机关直接办理工程预算和决算。这些工作看似审计的事前监督，实际是审计行为的一种“越位”，看似审计效果不错，实际审计风险很大。从审计理论上讲，审计是一个独立的监督行为，也就是说审计首先应独立于经济管理活动之外，然后对经济活动进行审计监督，审计如果参与了经济管理活动，不仅失去了审计的独立性，而且也失去了审计监督的基本职能，既当“裁判员”又当“运动员”，监督也就无从谈起。从审计实践上讲，首先，审计不是包打天下的“万能者”，不能替代专业主管部门的职责，存在着行政执法范围上的风险；其次，审计人员由于专业水平、实践经验等方面的限制，他所参与决策和发表意见是否正确值得思考，但在管理活动中却代表了审计部门的意见，这将承担工程管理连带责任和廉政建设风险；再次，审计小组在具体审计事务上主要依靠社会中介组织的专业人员，而这些人员又代表审计部门执法，审计部门在业务上又无法控制执业人员，这样所作出的审计结果存在着审计质量风险。
既要充分发挥优势建设项目跟踪审计的优势，又要切实防范各种审计风险，关键要正确处理好以下几个方面的关系：
一、要处理好监督与建议的关系。监督是审计的基本职能，建设项目跟踪审计要立足于审计监督，通过监督发现问题，针对审计查出的问题提改进的建议。在审计工作中，应采取“审前段改后段”的方法，也就是说要将建设项目按建设情况，合理划分几个时段，定期跟踪审计，形成阶段性的审计报告，并向建设单位通报情况，提出改进的建议，要求有关被审计单位在后期工程建设中加以纠正。
二、要处理好参加与参与的关系。审计部门对建设项目实施跟踪审计，一般情况下，建设单位往往会要求审计部门参加工程建设的重要事项和重要会议。对此，审计人员应当积极参加，其目的就是更好地了解工程情况，为审计工作提供详实的一手资料，以提高审计时效。但参加并不等于参与，大家知道，审计行为是一个组织行为，审计的决定和意见是以审计机关的名义出现，任何审计人员不能代表审计发表建议和意见，因此对于工程管理的具体事项，审计人员只是“傍观”和“知情”，不应作为决策者列入，不应发表与审计无关的意见，不应对某项决策签字划押、举手表决。否则就摆错了审计位置，背离了审计监督的根本。
三、要处理好审计与中介的关系。在建设项目跟踪审计中，往往要聘请社会中介组织的专业人员参加。在处理审计机关和社会中介组织的关系上，应当注意：一是社会中介组织受聘于审计机关，代表着审计机关实施专业审计监督，并由审计机关承担最终的行政执法责任，应当服从和服务于审计机关的监督和管理；二是社会中介组织可按审计工作的要求可对建设项目的预算和决算进行审计，但决不能参与工程预算的制定和工程决算的编制；三是中介组织的审计结果向审计机关报告，替审计机关负责，并纳入审计机关的审计报告和决定；四是审计机关聘请社会中介组织，按“谁委托谁付费”的原则，社会中介组织的服务费应当由审计机关支付。
四、要处理好建设与施工的关系。建设项目跟踪审计的对象是建设管理单位，同时也可以对施工等单位进行审计调查，对于这两种不同范围的审计应当有一个明晰的划分。一是要严格审计程序。建设单位与施工单位不是所属关系，在法律上是平等的合作关系，对不同的法人主体，无论是审计或者是审计调查，都必须履行完整的审计手续，不能用一个审计通知替代所有的审计对象；二是审计调查应着手于施工等单位，着力于建设单位，应围绕建设单位的管理来开展。通过审计调查发现问题，佐证管理单位不规范的管理行为和违纪违规问题。三是在对建设单位违纪违规问题处理时，有时会涉及到施工等单位的经济利益，如工程决算的审计，这就需要在审计中征求施工等单位的意见，有效地保障第三者的合法权益。