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一、实行财会集中核算制的作用和意义
（一）推行集中核算制能够保障会计人员依法独立履行职责。核算中心的会计人员受财政部门领导，编制、人事关系不在委托单位，从根本上消除了会计与单位之间的附属关系，使会计人员能够排除行政干扰，依照会计法规赋予的职权办事，对违反财经纪律和财务制度的人和事进行抵制并向财政机关报告，从而有效地维护财经纪律的严肃性，减少经济领域的违纪、犯罪行为；可以保障会计人员依法行使职权、防止因坚持原则而遭受不公正的待遇，以及防止单位任用不称职的会计人员。
(二)推行财会集中核算制有利于防止会计信息失真。 在财会集中核算制下，会计工作的独立性相对增强，政府和政府部门的外部监督通过集中核算制转移到单位内部，这使得会计敢于对会计资料的真实性、合法性、准确性和完整性进行监督，改变了过去“领导定调子，会计填数字的状况”。
(三)推行财会集中核算制有利于防止国有资产流失。实现财会集中核算制，可以降低贪污行贿、挪用公款等犯罪行为发生的可能性，为政府和政府部门了解和掌握国有资产的真实数量和状况提供可靠保证，减少因决策失误可能造成的资产损失和浪费，防止低价转让国有资产和恶意经营等现象的发生，遏止或减少铺张浪费，进而能够提高单位的资金使用效益。
二、财会集中核算制存在的问题
(一)财务管理、监督职能有所削弱，出现“三不管”现象。 单位财务进入核算中心后，单位领导认为会计核算中心会把关，无须严格审核；单位报账员认为自己只是现金收付的出纳员和会计凭证接受、报账的“票据传递员”；而会计核算中心根据“会计主题不变、预算体制不变、理财机制不变”的原则，认为自主权在单位，其职责是核算，监督有难度。于是会计核算中心和结报单位对各自的责任产生了一些模糊的认识，产生“三不管”现象。这使得进行会计集中核算的各行政事业单位财产物资管理薄弱的问题更为突出，对来往款项的核对和清理有所放松。
(二)单位内部制约机制有所削弱。实行会计集中核算制后，单位取消了会计、出纳岗位，设立“报账员”，负责单位日常经费收支，进行记账、报账，保管单位财务印章，领取各种票据，负责单位收款收据的开具、收款和结报工作，使原来分别由会计、出纳、票据管理员承担的不相容职务变成了一人负责，缺少了本单位财务内部的制约环节。
(三)主管部门对所属单位资金专项资金的管理、监督有所削弱。主管部门所属的二级单位，其资金原来是通过主管部门转拨的，主管部门可以对这些资金的使用方向、进度进行监督。而现在进入会计核算中心的二级单位，其相关资金均由会计核算中心直接拨付，致使主管部门不能随时了解、掌握资金的动态，造成监督有一定的难度，专项资金也是如此。
(四)各结算单位没有达到“四统一”的要求。 按照“四统一”政策的要求，市直国家权力机关、国家行政机关、党派团体、国家审判机关、国家法律监督机关和事业单位的经常性经费、专项经费、基本建设经费和单位经办管理的政府专项基金及专项资金均应统一纳入会计核算中心集中核算。然而，一些单位除主管局自身有一套财务账外，下面非一级法人的科室都设有财务账；一些单位仅将主管局自身的财务账纳入集中核算，而科室财务账仍留在单位；一些单位仅将经常性经费纳入集中核算，而其他经费则留在本单位；一些单位还将原本一并核算的收入分割出一部分转移到下属机构入账；部分单位将财政性资金流入所属的工会、学会、协会等社会团体。所有这些，都逃避了财政监督，成为单位超发奖金、补贴和违规支出的避风港。
(五)会计核算与财产物资管理相脱节。集中核算将记账、算账、报账等工作进行了集中，而对实物、资产、合同等需要反映的经济事项分散在单位，造成会计管理职能难以深入，虽然强化了会计核算职能和监督职能，但弱化了会计管理职能。单位的会计活动是财政管理的重要组成部分，撤销会计机构，取消会计岗位，等于取消了财政工作的基础，给财政的会计管理工作带来很大的影响,如果不加强解决预算单位财产物资管理，又将造成新的腐败之源。
三、改进财会集中核算制的措施
(一)进一步明确“三不变”原则，完善监督体系。各核算单位要继续加强本单位的财务管理，按照会计集中核算办法做好本单位的日常管理和结报工作。鉴于原单位的会计核算，监督职能已部分转移至会计核算中心，财政部门要根据《会计法》的原则，明确界定会计核算中心与报账单位在会计处理、会计监督等方面的责任，以便各司其职、各负其责。同时，核算单位要建立内部牵制制度，一要配备相关人员，改变目前“报账员”集会计、出纳及“票管员”与一身的现状；二要充分发挥单位纪检机构、纪检人员的作用，使其承担财务支出真实性审核工作。
(二)进一步明确和扩大核算内容，确保“四统一”落到实处。 一是限期取消各单位下属非独立法人的科室财务账，将其一并纳入单位财务账在会计集中核算中心集中核算；二是限期已进入会计核算中心的各单位将未纳入集中核算的专项资金、基本建设经费等统一纳入集中核算；三是建议政府通知各单位对下属独立法人机构或经济实体进行财务自查，凡属本单位的各项收支往下转移的应限期整改；四是扩大核算内容，将与单位有关的工会、学会、科协、研究会等社会团体的经费一并纳入会计核算中心集中核算。
(三)加强和完善财政监督职能。对于招待费、车辆费、会议费等支出项目，财政部门应当建立健全一个完整有效的监督体系，制定出切实可行的控制制度，明确开支范围和报销标准，从源头上、制度上预防和治理腐败。明确重大对外投资、资产处置、资金调度等事项的审批程序和手续，防止擅自或超权处置而造成国有资产损失。加强基本建设、维修装潢工程等支出的合法性、合规性审查，有关单位应及时提供工程设计、招标、项目前期费用、预决算及价款结算等相关资料，经审核无误后方可办理资金拨付。
(四)完善行政事业性收费的核算工作。由于采取“票款分离”的管理模式，核算上完全依照原来的各自独立核算的方法有困难，因此要结合实际有所创新。可由单位定期与预算资金管理中心核对当期收入数，正确无误后由单位将核对表连同相应的收据记账联交会计核算中心，由其统一核算并保存会计资料。
(五)完善内外监控制度，确保财政资金、财产物资的安全。要建立大额费用审批制度、超指标审批制度、超用款计划审批制度、大额借款审批制度以及预算单位的财产物资管理制度等内部控制制度，明确责任。同时，会计核算中心还要主动接受外部监督，向预算单位反馈资金支付的信息，与单位形成相互牵制的机制，接受财政、审计等职能部门的监督，保证财政资金、单位财产物资的安全。