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企业股权投资收益的取得主要有以下两种：第一，企业通过股权投资从被投资企业所得税后累计未分配利润和累计盈余公积金中分配取得的股息、红利性质的投资收益。第二，企业因转让或处置股权投资的收入减除股权投资成本后的余额，为企业股权投资转让所得或损失。根据《企业所得税法》的规定，企业取得的股息、红利等权益性投资收益为应纳税收入，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入;转让企业股权取得的所得为应纳税所得，缴纳企业所得税。但何时确认股权转让的纳税义务?股权转让的应纳税所得额如何确认?股权转让的损失何时得以扣除?本文对此作如下分析：
一、股权转让的纳税义务发生及应纳税所得的确认
《企业所得税法》对何时确认股权转让的纳税义务，如何确认股权转让行为的应纳税所得，《企业所得税法》和条例仅作了一般性规定。最近，《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函[2010]79号)文件对此作了明确，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
例：2006年，甲企业用现金出资1200万元(持股比例为60%)，乙企业以实物出资800万元(持股比例为40%)共同设立A公司，A公司注册资本2000万元。2009年12月，A公司所有者权益总额为2600万元，其中实收资本2000万元，未分配利润600万元，A公司成立后一直未进行利润分配。2009年12月，甲企业将持有的A公司股权以1580万元的价款全部转让给B公司，并与受让方签订转让协议(协议签订之日生效)，2010年1月完成股权的变更手续(本例中的企业均为居民企业)。
由于现行税法对股息、红利收益和股权转让收益实行不一样的税收待遇，所以，甲企业在股权转让过程中，被投资企业A公司所获得的利润是否向股东进行分配，这将影响甲企业股权转让所得或损失额的确认并产生税负差异。
情况一：甲企业在A公司没有向股东分配利润的情况下转让股权
《企业所得税法实施条例》第十六条规定，企业所得税法所称转让财产收入，是指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等财产取得的收入。甲企业转让股权取得的1580万元为财产转让收入，根据国税函[2010]79号的规定，于转让协议生效且完成股权变更手续的时点规定，即虽然2009年12月份签订协议并已生效，但该企业于2010年1月份才完成股权的变更手续，因此，股权转让收入确认的时点应为2010年1月份。《企业所得税法实施条例》第七十一条规定，企业在转让或者处置投资资产时，投资资产的成本，准予扣除。通过支付现金方式取得的投资资产，以购买价款为成本。甲企业的投资资产成本为1200万元。根据国税函[2010]79号文件的规定，甲企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
甲企业股权转让的应纳税所得为380万元(1580-1200)。
股权转让应纳所得税额为95万元(380×25%)。
情况二：A公司向股东分配利润后，甲企业转让股权
根据《企业所得税法》第二十六条的规定，企业取得的符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入，不征企业所得税。
2009年12月，A公司将未分配利润600万元向股东进行分配，利润分配后甲企业股权转让应纳税所得为20万元[1580-(600×60%)-1200]。
股权转让应纳所得税额为5万元(20×25%)。
甲企业在A公司利润分配后转让股权比利润分配前转让股权少缴企业所得税90万元(95-5)。
由此说明，体现在留存收益中的税后利润对居民企业来说，虽然为免税收入，但是，如果不进行利润分配而随着股权一并转让，就不视为免税收入，因此，在甲公司取得的股权转让收入1580万元中，所含的股息、红利收益360万元(600×60%)也由免税收入变成了应税收入，多交了所得税。
二、股权投资损失的确认
企业对外进行股权投资所发生的损失如何在所得税前扣除，自《企业所得税法》实施后，引起了大家的关注和争议。《国家税务总局关于印发的通知》(国税发[2009]88号)文件对此从资产损失角度作了规定，企业发生的股权(权益)性投资资产损失，应在按税收规定实际确认或者实际发生的当年申报扣除，不得提前或延后扣除。
例：甲企业2009年度应纳税所得1000万元(不包括转让A公司股权的损失)，A公司2009年12月份会计账面未分配利润600万元，2009年12月份，由于该企业尚有其他不良资产，甲企业只能将持有的A公司股权以1250万元的价款转让给B公司。假设，甲企业与B公司在年度内签订转让协议并完成股权的变更手续。
1、甲企业在A公司没有向股东分配利润的情况下转让股权
甲企业转让A公司股权投资所得为50万元(1250-1200);
应纳税所得1050万元(1000+50);
应纳所得税262.5万元(1050×25%)。
2、甲企业在A公司向股东分配利润后转让股权
甲企业转让A公司股权投资损失为-310万元[1250-(600×60%)-1200].
根据国税发[2009]88号文件的规定，甲企业2009年发生的股权投资损失应该在本年度确认并税前扣除。
应纳税所得690万元(1000-310);
应纳所得税172.5万元(690×25%)。
甲企业在A公司利润分配后转让股权比利润分配前转让股权少缴企业所得税90万元(262.5-172.5)。
通过上例可以看出，企业股权转让时，无论是股权转让收益还是股权转让损失，被投资企业的未分配利润分配予否都是投资企业能否享受所得税优惠的关键，在不影响被投资企业其他经济利益的情况下，投资企业在发生股权转让行为时，应尽量要求被投资企业对获取的利润进行分配，以减少企业的税收负担。